其实这一步主要是指修改PE的注册表，可以直接修改PE注册表，也可以修改配置文件。
1、修改内部注册表的方法：
用前面修改PECMD.INI的方法将内部注册表的文件提取出来：
WXPESYSTEM32CONFIG*.*
WXPESYSTEM32SETUPREG.HI_(
这是CAB压缩包，将它解开成SETUPREG.HIV)
REGEDIT/sREG文件名
运行注册表编辑器REGEDIT.EXE，鼠标点击HKEY_LOCAL_MACHINE，然后点“文件”-“加载配置单元”，打到提取出来的注册表文件(需要改哪个就加载哪个)，打开，提示挂载名时随便输入取一个名字如“WinPE”，展开HKEY_LOCAL_MACHINE后里面就有一项WinPE，然后就跟普通的注册表操作一样了，改好后用鼠标点一下“WinPE”项目，然后“文件”-“卸载配置单元”，这个文件就改好了。
用改过的注册表文件替换原来的。
2、修改配置文件的方法：
对于普通的不依赖于外置程序目录结构的注册表项目，可以用常规方法将修改项写成REG文件(可以直接从XP系统中导出，然后在其基础上修)。在外置程序目录下有个RegDoc.cmd，这个文件是毛桃用来注册外置程序文档关联的(就是改注册表)，可以用记事本打开它，加入一行:
则PE加载外部配置时它会自动导入。
这是最简单的改注册表的方法。但是如果要修的项依赖于外置程序的目录结构(比如要在右键菜单中添加用UltraEdit32打开)，就不能用上面的方法了，因为外置程序的绝对路径是不确定的(不同的机器中盘符不能确定)。
这种情况就需要用原始的REG命令来做了(就跟毛桃在REGDOC.CMD中的做法一样)，这个命令的语法比较艰涩，且注册表键值的表示方法跟REG文件不同。在命令提示符下通过/?参数可以获得它的用法(中文的哦)，提醒一下/?参数是个以多层使用的，如REG/?得到的是基本参数的说明，如用REGADD/?则可得到ADD这个参数的用法……
有了这个命令的基础后，我们来看看是怎么解决不定路径问题的。
在REGDOC.CMD中有一个环境变量%TP%，代表的是REGDOC.CMD这个文件所在的路径。我们可以通过%TP%..表示它的上层目录，%TP%....表示它的上两层目录。用此方法可以索引到外置程序目录内的所有路径，而不用考虑外置程序目录本身的绝对路径。
(还有个方法就是在WinPE.INI中用PECMD的REGI命令一行行添加，这个比系统的REG命令好理解些，同样可以用%CurDir%环境变量来索引外置程序目录内的所有路径)
直接修改的好处是启动PE就是所需要设置，不依赖外部配置文件，PE的加载速度也比较快，但麻烦。修改配置文件则比较简单，但要依赖配置文件加载过程(直到加载到那些语句时才会生效)，启动时需要额外的时间加载，相当于给系统打补丁去修改默认设置。
一般情况下不推荐直接修改PE注册表，麻烦，重新打包也比较花时间。但有些跟系统紧密的键必须直接修改才有效，比如屏幕分辨率，虽然在外面也可以修改有，但在登录时加载到它之前是无效的，那么在登录的过程中屏幕就会因切换分辨率而闪烁。
自己修改注册表的前提是自己要知道所希望的改变要修注册表中的哪些键值。可以上网搜索，现在网上的这些资源多得是，实在找不到的话可以还可以用RegMon之类的注册表监视软件来定位。
比如修改记事本的自动换行，又不知道相应的键值在哪。可以先开启RegMon，然后在记事本中改变换行的选项，看RegMon的监视结果，来定位是哪个键值。因为系统本身也在不断的更改注册表，RegMon中的显示会很多，但是通过不断的改变记事本中的设置，最终是可以找到的，这个过程需要的是耐心和细心。