不少人安装散热器的时候忘记涂抹硅脂或者涂抹不正确，结果造成系统运行不稳定，甚至烧毁处理器的严重后果，因此用好硅脂是非常必要的。在使用硅脂之前需要仔细做好涂抹面的清理工作。我们应该用干净的棉布或者脱脂棉球，仔细擦拭处理器表面。如果污垢比较多，可以使用酒精等一些易挥发、无残留的溶剂，用量不要太大，感觉到棉布潮湿就可以了。碰到较厚的污垢，要避免用过分坚硬的东西去刮，以免影响表面的平整。擦拭干净后，将处理器充分风干，保证表面干燥。
散热器的底面多是铜铝材质，如果没有抛光工艺它们也会生锈。生锈的底面被一层灰蒙蒙的金属氧化层覆盖，失去光泽，导热性能变差，影响散热器的性能。所以建议大家在清理好处理器和散热器之后立即涂抹硅脂并安装，不要放置太长的时间。有些散热器由于长时间保存原因，或者多次安装，底面已经有一定程度的氧化。这时候大家可以使用细砂布，统一朝一个方向轻轻打磨，直到底面露出金属光泽为止。打磨后仍然要进行上面提到的清理工作。 硅脂的主要作用是填充处理器和散热器之间的空隙，所以涂抹得越薄越好。很多朋友特意在处理器上涂了厚厚一层，其实越厚导热性能也就越差，还容易出现气泡等影响性能。最好的涂抹工具是硬塑料片，例如产品的透明包装，或者幻灯机用的透明片之类材料，用剪刀剪出一个长条状，宽度比处理器稍宽。
先在处理器靠近边缘点上少许硅脂，然后用透明片向一个方向均匀涂抹反复几次，只要处理器表面都被硅脂覆盖就足够了。如果是白色硅脂，能看到处理器上薄薄地覆盖一层半透明的膜，厚度就刚刚好。至于近乎液体的硅脂，需要给手指戴上一个乳胶指套，然后蘸取少许硅脂，均匀涂抹在处理器表面即可。不管是什么硅脂，在拆掉散热器后，都需要重新处理各个表面，涂抹新的硅脂后才能安装。