2005年8月11日,阿里巴巴雅虎在北京宣布签署合作协议。雅虎以雅虎中国全部资产和10亿美元换得对阿里巴巴40%股份。“阿里巴巴收购雅虎中国”让马云再次成为风云人物。
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2005年8月12日,马云与张纪中在杭州录制节目时,比武论剑。
2007年11月6日,进行架构调整,拆分B2B业务的阿里巴巴,将B2B公司在香港挂牌成功上市。融资16.9亿美元,一度成为中国市值最高的互联网公司。
2008年马云追加20亿投资淘宝,淘宝也不负众望,在2008年中国经济寒冬的情况下,淘宝网的交易量接近1,000亿元人民币,上升了131%。在之后的几年,高速发展的淘宝成为中国C2C电子商务的垄断平台。