行政处罚时效制度是规范行政机关行使行政处罚权的制度。超过时效期限，行政机关对违法行为不得再作处罚，人民法院对申请强制执行处罚决定的不予受理。由于药品监管法律法规对有关时效未作规定，所以应按《行政处罚法》的有关规定执行。
追诉时效
《行政处罚法》第29条规定，违法行为在二年内未被发现的，不再给予行政处罚，法律另有规定的除外。上述二年期限即是对违法行为给予行政处罚的追究时效。药品监管部门对违反《药品管理法》和《医疗器械监督管理条例》等法律法规的行为给予行政处罚的追诉时效，适用于《行政处罚法》规定的二年时效。二年时效制度的适用条件是，违法行为发生后在二年内行政机关没有发现。超过二年才发现的，行政机关丧失处罚的权力。值得探讨的是，如何界定“发现”。我国《刑法》第88条规定，在司法机关立案侦查或受理案件之后，犯罪嫌疑人逃避侦查或审判的，不受追诉期限的限制。行政机关对违法行为的“发现”也应当以是否立案作为界定的依据，即在违法行为发生之后二年内，如行政机关已立案调查，就不受二年时效的限制。为防止违法行为人利用二年时效制度逃避法律的追究，行政机关对于违法嫌疑人下落不明的重大违法案件应依法予以立案，使追诉时效中断，便于今后有效地行使行政处罚权。追诉时效期限起点的计算，《行政处罚法》第29条第二款规定从违法行为发生之日起计算，违法行为有连续或继续状态的，从行为终了之日起计算。
裁决时效
行政处罚的裁决时效是指行政机关立案调查后必须作出行政处罚决定的期限。《行政处罚法》未规定严格意义上的裁决时效，一些行政法规和部门规章有相关规定，如《药品监督行政处罚程序》（将于7月1日废止）第26条规定，药品监管部门应当在立案之日起三个月内作出行政处罚决定。上述规定实为办案期限，是对行政机关办案工作效率的要求，而并非法律意义上的裁决时效，因为并没有规定未能在法定期限内办结案件的法律后果。为了提高行政效率，及时处罚违法行为，制定严格意义上的行政处罚裁决时效是必要且可行的。
执行时效
执行时效是指行政机关强制执行或申请人民法院强制执行行政处罚决定的期限。《行政处罚法》未对行政处罚决定的执行时效作出规定。由于大多数行政机关本身并无自行强制执行的权力，只能申请人民法院强制执行。因此，这里探讨的执行时效是指申请人民法院强制执行的时效。《行政处罚法》第51条、《药品监督行政处罚程序规定》（将于7月1日起施行）第59条规定，当事人在法定期限内不申请行政复议或不提起行政诉讼又不履行处罚决定的，药品监管部门可申请人民法院强制执行。最高人民法院《关于执行〈中华人民共和国行政诉讼法〉若干问题的解释》第88条规定，行政机关申请人民法院强制执行具体行政行为，应当自被执行人的法定起诉期限届满之日起180日内提出，逾期申请的，除有正当理由外，人民法院不予受理。超过此时限，行政机关则丧失申请强制执行的权力。