所谓行政诉讼时效的证明责任，也就是解决由谁来证明原告的起诉是否超过时效的问题。民法理论对时效的举证责任倾向于适用“谁主张、谁举证”的证据规则，由于我国民法对诉讼时效采取的是胜诉权消灭主义，因此，在起诉阶段原告对其起诉是否超过时效不负证明责任，民事诉讼时效的证明责任，只是因被告行使时效抗辩权时才发生。行政诉讼因为其本身的特点，因而有关时效的证明责任也有别于民事诉讼。
1、关于原告的证明责任
行政诉讼时效采取的是起诉权消灭主义，因此原告在起诉阶段即负有证明其起诉未超过时效的证明责任。《解释》第四十四条规定“有下列情形之一的，应当裁定不予受理；已经受理的，裁定驳回起诉：（七）起诉超过法定期限且无正当理由的”，这就是说，原告在起诉时，有义务证明自己的起诉未超过时效，否则面临其诉讼不被法院受理或者受理后被驳回的可能。
2、关于被告的证明责任
《解释》第二十七条规定“原告对下列事项承担举证责任：（一）证明起诉符合法定条件，但被告认为起诉超过起诉期限的除外”，这就是说在审查起诉阶段，原告证明了其起诉符合在法定期限内后，如被告仍行使时效抗辩权，则应由被告承担举证责任。
3、关于第三人的证明责任
《解释》对第三人的证明责任是有所疏漏的。笔者试以审判实践中一案例加以说明，原告王某要求撤销某镇政府的婚姻登记，本案列原告之妻为第三人，被告因某种原因，无所谓婚姻登记的撤销与维持，因此对本案是否超过时效并不在意，由于婚姻登记的撤销与否与第三人有利害关系，所以当第三人就原告的起诉是否超过时效提出异议时，法院就应当要求第三人对此举证，第三人有权利也有义务举证。此时，第三人就成为时效举证责任的主体。
4、关于行政诉讼时效利益的抛弃
诉讼时效期满后，享受时效利益之人，对于因时效完成蒙受损害之人，不以时效完成为事由予以抗辩，属时效利益的抛弃（4）。民事诉讼时效利益的抛弃，是民事主体处分自己既得民事权利之行为，无害于社会公益及法律秩序，对此民法通则第138条规定，“超过诉讼时效期间的，不受诉讼时效限制”。行政诉讼时效期限界满后，被告行政机关不行使抗辩权，应如何处理？笔者认为，这不能参照民法通则的做法。具体行政行为以国家强制力为保障，体现国家行政管理职权，行政诉讼时效制度目的之一是维护行政法律关系的稳定，行政机关不行使抗辩权，虽有可能“保护”了原告的利益，但却是对法律规定的时效制度的践踏，违背了时效制度的立法本意，因此法庭审理中，应不予支持。