一、赔偿的计算方式有四种
《专利法》第六十条规定：“侵犯专利权的赔偿数额，按照权利人因被侵权所受到的损失或者侵权人因侵权所获得的利益确定;被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定的，参照该专利许可使用费的倍数合理确定。”该条规定了专利侵权赔偿的三种计算方式：1、被侵权人因侵权受到的损失，2、侵权人因侵权获得的收益，3、按照专利许可费的倍数确定。
《最高人民法院关于审理专利纠纷案件适用法律问题的若干规定》(下称高院规定)第二十一条：“被侵权人的损失或者侵权人获得的利益难以确定……没有专利许可使用费可以参照或者专利许可使用费明显不合理的，人民法院可以根据专利权的类别、侵权人侵权的性质和情节等因素，一般在人民币5000元以上30万元以下确定赔偿数额，最多不得超过人民币50万元。”这条规定了第4种计算方式，即法定赔偿。
专利侵权赔偿和商标侵权赔偿不同的是多了一种计算方式：按照专利许可费的倍数来计算。
高院规定第二十条：“人民法院依照专利法第五十七条第一款的规定追究侵权人的赔偿责任时，可以根据权利人的请求，按照权利人因被侵权所受到的损失或者侵权人因侵权所获得的利益确定赔偿数额。”同商标侵权赔偿一样，专利被侵权人可以选择第一种或者第二种方式来计算侵权赔偿。在第一、第二种方式不能计算的情况下，可以选择适用第三种计算方式，如果第三种计算方式仍不能适用的话，那么再选择第四种计算方式，所以这四种计算方式是有前后适用顺序的。
二、第一种计算方式(侵权人因侵权获得的利益)的适用
高院规定第二十条第三款：“侵权人因侵权所获得的利益可以根据该侵权产品在市场上销售的总数乘以每件侵权产品的合理利润所得之积计算。侵权人因侵权所获得的利益一般按照侵权人的营业利润计算，对于完全以侵权为业的侵权人，可以按照销售利润计算。”
这个规定和商标差不多，计算方式比商标要明确一些，而且还多了一种依据，如果侵权人以侵权为业的，按照销售利润计算，在会计制度上营业利润和销售利润是不一样的，销售利润应该是大于营业利润的，而且销售利润也比营业利润好计算一些，这样的规定给被侵权人提供了计算的便利。
三、第二种计算方式(被侵权人因为侵权而受到的损失)的适用
高院规定第二十条第二款：“权利人因被侵权所受到的损失可以根据专利权人的专利产品因侵权所造成销售量减少的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积计算。权利人销售量减少的总数难以确定的，侵权产品在市场上销售的总数乘以每件专利产品的合理利润所得之积可以视为权利人因被侵权所受到的损失。”
专利被侵权人因为侵权而受到的损失同商标侵权一样一般来讲也是很难计算的，但是专利的规定比商标的规定具有可计算性，以侵权人的销售数量乘以专利权人每件专利产品的合理利润显然比较好计算，并且也大大减小了专利权人的举证难度，只有找到侵权人的销售数量就可以了，不必象商标那样还有找到依据计算单个侵权产品的利润，也排除了侵权人的销售并没有下降，而损失无法计算的情形。