一、劳动者是否加班该由谁承担举证责任？
加班，是指在规定的工作时间外继续工作。举证责任则是指当事人对自已提出的主张要提供证据进行证明，否则应承担不利后果。在民事诉讼中，举证责任一般是按照谁主张谁举证的原则，即谁提出请求，谁就要证明该请求的合理性，否则就得不到法律的支持。而在劳动争议纠纷案件中的举证责任，并不完全依照民法上的谁主张谁举证原则，而是规定了一部分举证责任应当由用人单位来承担。《劳动争议调解仲裁法》第六条规定：“发生劳动争议，当事人对自己提出的主张，有责任提供证据。与争议事项有关的证据属于用人单位掌握管理的，用人单位应当提供；用人单位不提供的，应当承担不利后果。”
《工资支付暂行规定》规定：“用人单位应当按照工资支付周期编制工资支付记录表，并至少保存二年备查。工资支付记录表应当主要包括用人单位名称、劳动者姓名、支付时间以及支付项目和金额、加班工资金额、应发金额、扣除项目和金额、实发金额等事项。”
因此，在与用人单位因加班产生劳动争议案件中，劳动者可以提请仲裁委要求用人单位提供工资表，以证明劳动者的工资内是否包括有加班费。如果有加班费，公司应当提供加班费的计算依据。实务中，劳动仲裁委或者法院也会根据案情或者依据地方规定要求单位提供相应的考勤表，因为工资的发放一般是依据考勤情况作出的，如果考勤记录中表明劳动者存在加班，而用人单位又没有相反的证据证明该加班无效，则应当支持劳动者的主张。
二、用人单位应如何做好员工的加班管理工作？
一般情况下，用人单位应该合理安排劳动者工作量。一个企业如果多数员工都需要经常加班，这不是一种正常的现象，必须引起重视。如果用人单位因企业自身生产特点无法避免加班情况的，建议用人单位因做到如下几点，以减少类似纠纷：
（1）制定合法有效的企业规章制度。用人单位应当制定合法有效的规章制度，建立健全加班审批管理制度，严格加班申请流程。确因工作需要进行加班的，应由所在部门将加班申请交人力资源部审核后，报公司总经理批准后才可以进行加班，规定员工非因特殊情况未经批准不得擅自在公司加班。要求员工充分利用规定的工作时间完成工作量，提高工作效率，严格控制加班。并核准员工加班工资，实行加班与绩效考核相挂钩的薪酬制度，尽量避免不必要的加班情况的发生。为了更好的向劳动者公示，用人单位也可以将加班审批制度约定在劳动合同中。
（2）正确计算劳动者加班工资。建议用人单位在劳动合同中具体载明劳动者的工资数额，这样也避免了将来争议不清的状况。在发放工资时必须制定包含加班工资在内的工资对帐结算单，由员工亲笔签字后才能领取当月各项工资。这样做的好处是有效保存了相关证据，避免了以后员工随便追索加班工资情况的发生。
（3）利用调休取代休息日加班费。《劳动法》第四十四条第二项规定，“休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬”。因此，如果用人单位安排劳动者休息日加班的，有权优先选择安排劳动者补休代替支付加班费。