1、排除了对责任人的追究。
由于和解无须、甚至也无法严格坚持法律规则，和解把纠纷主体的意志置于判断纠纷主体行为合法性以及处置纠纷权益关系的法律规则之上。因此，尽管和解可以消除纠纷，但其却也常常排斥了本应介入的公权力机关对相关责任人的追究。
由于医疗事故往往存在民事责任、行政责任和刑事责任的竞合，在发生竞合情况下，当事人间的和解可能就排斥了卫生行政部门和检察机关对相关主体的责任追究，从而使责任人逃避法律制裁。实践中，限制这种消极影响的办法是为通过和解解决医疗纠纷划定恰当的适用范围，规定属于行政机关和检察机关职权范围内的事项不适用和解。
2、通过和解解决医疗纠纷的局限性还表现在其他方面：
(1)运作中的随意性使得人们对和解的公平性、合法性信心不足。
(2)和解协议效力不足也容易导致更大的风险和重复成本。
因此，在通过和解解决医疗纠纷的时候，应一方面鼓励医疗纠纷当事人采用要式和解协议，并通过公证或担保等形式以加强和解协议的法律效力;另一方面应协调和解和其他医疗纠纷解决方式之间的衔接，一旦和解破裂就及时通过其他纠纷解决方式解决医疗纠纷，如此才能更好的发挥和解在医疗纠纷解决过程中的作用。