人类利用进行发的历史可谓由来已久，大家是否知道，烤面包和酿造酒等活动在几千年前就已经开始了呢？
早在公元前6000年，古代萨马人和巴比伦人已经知道喝啤酒了；“开门七件事——柴、米、油、盐、酱、醋、茶”，我国酱（油）制造始于秦朝，距今已有2000年历史了，而制醋则始于周朝，也有二千多年的历史。
但是，现代概念的微生物发酵工程是本世纪40年代随着抗生素工业的建立才兴起的。
从50年代起，柠檬酸、氨基酸、核苷酸、酶制剂、甾体激素、细胞蛋白和生物农药等独立的工业体系也相继兴起。这些看似复杂的产品，实际上都是人们利用微生物的特定性状，如微生物菌体含有丰富的蛋白质，微生物代谢过程中可以产生一些对我们非常有用的物质（象青霉素、头孢霉素、甘油、有机酸、维生素等），从而生产出对我们有用的物质。也可以把微生物直接用于工业生产，这就是现代意义上的微生物发酵工程。
按照我们应用的目的和范围，微生物发酵工程大致包括四个内容，即：对微生物菌体的生产和利用，如用淀粉、糖蜜、造纸废液、石油等作发酵原料生产单细胞蛋白；微生物菌种选育技术，如过去用物理或化学的诱变方法从原始的野生菌种中筛选出优良菌株，现在则幸运地有了细胞融合和基因工程技术，可以定向选菌种了；微生物代谢产物的生产和应用，如前面提到的氨基酸、抗生素、核苷酸、甘油等；对微生物机能的利用，如对有毒化合物和高分子化合物的净化、细菌冶金、化学转换、有机废水（渣）的处理，提高石油开采率等。这些小小的微生物，却为人类作出了不可估量的巨大贡献。