说到经费，这是一个更为严重的问题。生物研究是非常昂贵的。不但需要昂贵的显微镜等大型设备，而且会消耗大量的试剂与耗材。因为无菌的需要，枪头、培养皿等等所有的器材都是一次性的，不可以重复使用。所以经费对于生物实验室的意义非常重要，一旦一个实验室断了经费
大量的从业人员争取这些有限的经费，使得竞争非常的严峻。更糟糕的是生物研究是否会有好的进展，极大程度上由技术发展与实验室设备条件所决定。有没有好的成像设备，能不能做RNA测序，有没有某某蛋白的抗体反而成了实验室能做出什么工作的关键。何况生物实验依然缺少有效的技术，往往高投入而低回报。于是有钱的实验室容易做出好的工作，也就更容易申请到经费，然后做出更好的工作；而没钱的实验室难以做出好的工作，经费也更容易青黄不接。这形成了马太效应。但那些没钱的实验室，并不是在一个市场化的竞争之中被淘汰，而是在大学中苟延残喘，继续招人。
如果有一天生物学家开始联合起来，像高能物理一样将零散的实验室资源整合起来，整合好的设备与人去发展更好的实验技术，减少空耗，迈入大科学时代，那么可能以上问题都会好很多。现在的状况只是通过合作实现了小范围的资源整合，实质问题并没有得到解决。
但即使这些问题都可以解决，还有很多问题摆在生物学的研究面前。生物的多样与复杂使得生物学研究无比艰难。这首先带来的是对科学方法的冲击：证伪验证无法再得到保证了。因为生物的多样和复杂，使得很多实验无法被重复。而生物实验的昂贵和耗时也使得很多实验不会被人重复。一个PhD学生只有8年左右的时间，他不可能毁掉自己全部的学术生涯去重复另一个人历时8年的工作，即使花费1年时间也不现实，因为对他而言没有丝毫原创性的工作带不来任何收益，而从重复劳动组成的实验中也几乎无法获得技能上的提高。而更令我惊讶的是这个行业的从业人员对这一问题的容忍。对于生物学家来说，实验不符合是一件正常的事。尽管实验设计严谨可查，但一个实验结果却不能否定别人的理论，证伪已经失去了意义。
于是出现了我最常听到而且最让我诧异的两句话：“实验发现不对不代表真的不对。”以及“生物学是宗教。”
于是在生物领域，结论完全相反的研究工作比比皆是。
而且，生物的研究方式其实也有很多问题。轻视数理基础与统计，轻视逻辑，使得很多从业者并没有意识到自己所面对的问题的复杂性，思想也没有受到相应的调整。生物的复杂性已经远非通过100年前机械还原论的思想所能理解。对于生物这样的复杂系统而言，只盯着其中一个点是看不到什么的。我一直认为要解决这些问题，需要引进更多新的思路和想法，甚至新的数学。然而，大量的生物学研究依然在尝试通过解析每一种蛋白质的结构和功能、知道每一片DNA序列的功能来阐明生物的所有谜团。当年人类基因组计划是基于此思想，现在又有了人类蛋白质组计划，虽然这些工作的确必须有人去做，但我可以肯定的说，即使蛋白质组计划完成，我们基本上依然对生物一无所知。如果去参加些纯生物的学术会议，看看poster，会发现还是几乎所有研究都在宣称某某蛋白在某某过程中起到某某作用，研究方法依然是“敲除基因我们发现XXX，过表达基因我们发现XXX”。但这其实能说明的问题很有限。生物系统是高度耦合的，这个结论是不是只是在系统的某个特定状态下呈现？对这个基因的调控是不是只影响到了宣称的那一点点问题？甚至研究者有没有选择性无视那些不合自己心意的结果？在证伪都几乎失效的情况下，这些都无从得知。
最后作为类比，读者可以做一个思考题来感受一下这种复杂：如果我们取消增值税，对经济会有什么影响？你真的说得清楚么？