吴清源到日本后，日本棋院只给他“三段格”（即只有三段资格，还不算正式三段，其实他的实力远不止此！他到日本不久，就和当时唯一的“九段”本因坊秀哉连下三盘。照棋院的规则，入院之前必须经过考试，三段与九段对局是“二三二”，即第一盘让二子，第二盘让三子，第三盘让二子，吴清源连胜三局。接着他与日本棋院从三段至六段的少壮棋士下过十局，都是下平手，十局总结，吴清源九胜一负，震动日本棋院。第二年他首次参加日本棋坛的“大手合”（即公开赛），以全胜晋升为四段。至十九岁又再升为五段。二十岁时，他创了围棋新布局法，打破了以前“金边银角石肚子”的观念。（以前下棋最重视的是占边，其次是占角，腹地最不受重视，故有“金边银角石肚子”之称。）日本棋坛称他为“鬼才”，怀疑他是日本棋圣本因坊道策的再生。道策被日本人推许为有“十一段”的实力，即是说他要比最高的等级（九段）还高出两段。由此也可见日人对吴清源的推崇了。
吴清源打遍日本无敌手，但却很迟才升九段（一九五0年二月，日本棋院才正式授他九段），他的后进藤泽库之助还比他先登九段之尊。论者以为这是日本棋院“小气”的表现。因为：吴清源虽入日籍，但到底是中国人，所以故意抑他。
但天才是抑不了的，吴清源与藤泽同为九段，两雄决赛十八局，吴清源大胜（比数为吴胜十四负三和一），而且第一局就以“中押”胜！（中押胜即不待一局下完，至中盘就肯定能得胜利了，）入院棋士推算精确，往往只输一二子即于中盘罢战，自认“中押”败。在吴清源胜藤泽之前，日本有一个围棋组织，叫作“击败吴清源之研究会”，专研怎样去破吴清源，结果还是不能将他击败。
吴清源下棋极快，日本以前高手对弈，每人每局有取至二十四个钟头的，吴清源那次和藤泽的对局是每人每局限定为十三小时。现在十个钟头，吴清源往往只用五六个小时就够了！我还记得他输给藤泽库之助的那盘棋，吴清源用了七小时又十五分钟。藤泽却用了十二小时又五十九分钟，只差一分钟就到限定时间，真可说是费了九牛二虎之力。才能赢这一盘。
今年七月间，梅兰芳先生到日本表演，曾会见吴清源。吴清源向他建议，请他转达我国文化当局，派有围棋天才的少年到日本留学，吴愿意负责悉心指导。
梅、吴两大艺人会见，还有一件有趣的事。吴清源说：“我三十年前曾在北京大方家胡同李先生家里见过你。”梅兰芳说：“是呀！我还记得那时候你和一位老先生下棋，那位老先生想半天才下一子，你却一会吃糖，一会嚼花生，好像满不在乎，是不是？”三十年前之事，两人都记得如此清楚，他们的记忆力真值得佩服！