王仙芝失败后，起义军重新会合，大家推黄巢为王，又称冲天大将军。
当时，官军在中原地区力量比较强，起义军进攻河南的时候，唐王朝在洛阳附近集中大批兵力准备围攻。黄巢看出敌人企图，决定选择官军兵力薄弱的地区，带兵南下。他们顺利渡过长江，打进浙东。起义军一路上势如破竹，接连打下越州、衢州（今浙江衢县）；接着，又劈山开路，打通了从衢州到建州（今福建建瓯）的七百里山路。经过一年多的长征，一直打到广州。
起义军在广州休整以后，岭南地区发生瘟疫。黄巢决定带兵北上。唐王朝命令荆南节度使王铎、淮南节度使高骈（音ｐｉáｎ）集合大批官军沿路拦击，被黄巢起义军一个个击破。起义大军顺利地渡过长江，吓得高骈推说得了中风症，躲进扬州城不敢应战。
起义军渡过淮河，向官军将领发出檄文，说：“我们进攻京城，只向皇帝问罪，不干众人的事。你们各守各的地界，不要触犯我们的锋芒！”
各地将领接到檄文，害怕起义军，都想保存实力，不愿为唐王朝卖命。消息传到长安，唐僖宗吓得朝着大臣哭哭啼啼。
公元880年，黄巢带领六十万大军，浩浩荡荡开进潼关。潼关周围满山遍野，飘扬着起义军洁白的大旗，一眼望不到边。守潼关的官军还想顽抗。黄巢亲自到阵前督战，将士们见了，一齐欢呼，声音在山谷间回响，震天动地。官军将士听了心惊胆战，哪敢抵抗，纷纷烧掉营寨，四下逃命。
起义军攻下潼关，唐王朝惊慌失措，唐僖宗和宦官头子田令孜（音ｚī）带着妃子，逃到成都去了，来不及逃走的唐朝官员全部出城投降。
当天下午，黄巢坐着金色轿子，在将士的簇拥下，进入长安城。长安百姓扶老携幼，夹道欢迎。起义军大将尚让当场向大家宣布说：“黄王起兵，本来是为了百姓，不会像姓李的（指唐朝皇帝）那样虐待你们，你们可以安居乐业了。”兵士们看到人群里的贫苦百姓，就把自己得到的财物散发给他们。
过了几天，黄巢在长安大明宫即位称皇帝，国号叫大齐。
起义军经过七年的斗争，终于取得了胜利。
但是，黄巢起义军长期流动作战，占领过的地方，都没留兵防守。几十万起义军进入长安以后，四周还是官军势力。没有多久，唐王朝调集各路兵马，包围长安。长安城里的粮食供应发生了严重困难。
黄巢派出大将朱温驻守同州（今陕西大荔）。但是在起义军最困难的时候，朱温竟投降了唐朝，做了可耻的叛徒。唐王朝又召来了沙陀（古代西北少数民族）贵族、雁门节度使李克用，率领四万骑兵进攻长安。起义军十五万迎战，遭到大败，只好撤出长安。
黄巢带领起义军撤退到河南，又遭到朱温、李克用的围攻。公元884年，黄巢在攻打陈州（今河南淮阳）失败之后，受到官军紧紧追赶，最后，退到泰山狼虎谷，英勇牺牲。