事后，曹锟大夸吴佩孚是个人才，将他提拔为炮兵第三团团长，这样吴佩孚也就成为高级军官，当时他38岁。
随后的一系列战役中，吴佩孚表现了自己出色的军事才能，几乎没打过一场败仗。
1916年，吴佩孚跟随曹锟围剿护国军，再次救了曹锟一命。曹锟由于轻视护国军实力，被高洞场的护国军引诱包围在峡谷中不足一里的范围，性命危在旦夕。吴佩孚率领几十名骑兵冒死杀入重围，将曹锟救出来。曹锟对吴佩孚非常感激，再次提拔他为第六旅少将旅长。
1916年6月6日，袁世凯病死，北洋军由此分裂形成直系，皖系，奉系三大派别，争夺中国的领导权。乱世出枭雄，此时就是曹锟和吴佩孚的好机会！
1917年，吴佩孚部参加围攻张勋复辟军，吴佩孚旅一马当先，领兵由彰仪门进攻天坛，驻守天坛的三千辫子军全线溃散，大部投降。张勋部随即土崩瓦解，吴佩孚战后被提拔为第3师师长，中将军衔。
1918年，吴佩孚率领第3师去湖南讨伐护法军，在短时间内击败护法军大将黎天才，刘公，连续攻占岳州，长沙，衡阳，获得辉煌的胜利。此战中，曹锟已经不再实际指挥战斗，他将吴佩孚任命为前敌总司令。其实曹锟心里清楚，吴佩孚的军事才能比他强多了。此战之后曹锟基本将直系军权交给了吴佩孚，自己专管政治方面。
1919年直系一号人物冯国璋病死，曹锟就成为直系的头号人物，而吴佩孚成为直军的实际领导人，这一文一武成为直系的掌舵人。直军在吴佩孚的控制下，有了大规模的发展，一举从5个混成旅扩大为9个旅，成为中国第二强大的军阀。
1920年，规模空前的直皖战争爆发，当时中国最强大的皖系军阀先发制人，全线进攻直系军阀。
此时的吴佩孚坚持忠于曹锟，拒绝了皖系的拉拢，并且率领所部从湖南急行军赶到河北。吴佩孚还是很厉害的，他一举击溃皖系大将段祺瑞，活捉皖军名将第1师师长曲同丰。
可以说，这次直皖战争中，吴佩孚毫无疑问的立了头功。皖系军阀经过此次打击以后一蹶不振，段祺瑞也通电引咎辞职，直系军阀开始成为中国头号军阀团体，兵力猛增到10多万人。
战后，曹锟被任命为直、鲁、豫三省巡阅使，吴佩孚为副使，并受封上将军衔，成为中国军阀中的领袖人物。
1922年，吴佩孚再次立大功，他在第一次直奉战争中大败奉军。
之前直系内部面对奉军优势军队，都大为恐惧，甚至出现本文开始那一幕。
吴佩孚从容不迫的行为稳定了军心，曹锟将信将疑的将大军交给吴佩孚，战争结果让所有人都非常吃惊。
吴佩孚像古代的诸葛亮一样运筹帷幄，他了解奉系大军的弱点，知道他们虽然兵精粮足，装备很好，但中低级军官多是土匪马匪，都没有受过正规战争的训练，战斗力其实是有限的。
吴佩孚认为奉军这种部队只能打顺风仗，不能打逆风仗。他命令直军一部主力在正面战场和奉军激战，目的是吸引奉军的注意力，另外一部精干部队则包抄奉军后路，切断他们的补给线。
于是正面战场直军经过固安战斗、永清战斗、长辛店战斗、霸县战斗等战斗，虽然伤亡不轻，却成功的将奉军主力吸引过来。
那边直系精兵迂回数百公里，一举击溃奉军虚弱的后卫部队，切断了奉军补给线。奉军大将第十六师邹芬见事不好，立即临阵倒戈。
此时奉军主力其实并没有太大损失，只因为他们中低级军官大多无能，发现补给线被切断以后，奉军立即全军自发崩溃。
张作霖放弃河北河南全线溃败，吴佩孚率领一路紧追，还命令直系海军和空军在渤海湾沿岸猛烈攻击撤退的奉军，打得撤退中的奉军人仰马翻，连张作霖也差点在秦皇岛被海军火炮炸中。
奉军狼狈溃败回山海关外，建制还保存完好的仅有2万多人，剩下10万大军不是被歼灭被俘，就是一窝蜂的冲出山海关跑得没影子了。
直军继续追击，却被奉军中最有战斗力的郭松龄部阻挡，暂时不能前进。
按照吴佩孚的意思，只要再激战几天肯定能击溃郭松龄，随后直军攻入东北，就可以占领东三省。
此时直系后台老板英美列强和奉系后台老板日本人纷纷反对，当时直系大部分军火物资都依赖于英美秘密提供，如果英美停止供应他就无法打仗。吴佩孚被迫停止追击，没有继续进军关外，这也是民国历史上罕见的以弱胜强的大胜。
此战让吴佩孚的名望达到顶点，也毫无争议的成为直系军阀的领袖。