这是一个没有月亮也没有星星的夜晚，媚香楼中昏暗的烛光映照着两个难舍难分的人儿，时间一点一点地过去。侯方域几次想挪动脚步可都又停下来，怀里紧紧抱着李香君，眼中满是凄切。他叹了一口气，说：“人生难得一知己，天下伤心是别离，为何我们不能不分离!”
李香君强忍着夺眶而出的泪水，安慰情郎道：“有别离的苦楚，才有重逢的喜悦，好男儿志在四方，岂可在媚香楼中消磨了豪情壮志。况且人生离合，在乎心而在不在形，彼此倘若不能心心相印，即使日日同床共枕，亦如相隔千里，只要你我永结同心，虽然远隔干山万水，照样可以魂来梦往!”
李香君的一番话给了侯方域一份坚毅、一份力量，他终于挥泪离开了南京城，渡江北上，投奔到正督师扬州的史可法麾下。史可法是侯方域父亲的门生，为人忠贞耿直，在扬州加紧操练兵马，准备抵挡清军的南下。侯方域被安排在史可法身边做文书工作，为抗清报国而效力，使侯方域壮志得酬。他与南京的李香君频频书信往来，倾诉相思，畅谈报负，彼此的心紧紧连在一起。
自侯郎去后，李香君征得李大娘的同意，洗尽铅华，闭门谢客，天天凝视着那把订情的绢扇。明确表示要一心等侯公子归来，有许多猎奇好艳的达官显贵偏偏不肯死心，纷纷上门打她的主意，无奈此女吃了秤砣铁了心，以坚决的态度予以回绝，客人们只好望楼兴叹。
可是，不久又出了个难以对付的人，此人就是佥都御史田仰，他督运漕粮由扬州来到南京，为弘光皇朝帮了一个大忙，成了弘光帝器重的红人。马士英与阮大钺为弘光臣子举行盛大的酒筵为田仰接风洗尘。席间，田仰表示久闻秦淮河名妓李香君艳名，此行想顺便把她收为侍妾。这一下可让阮大钺逮住了机会，他早就想报复侯方域和李香君了，可惜侯方域闻风远走，害得他无从下手;如今若把李香君送给田仰为妾，一方面讨好了田仰，一方面也撕散了他们那对鸳鸯，聊泄心中积愤，岂不是一箭双雕!
第二天，阮大钺派人携带重金前往媚香楼行聘，李香君毫无商量余地地一口拒绝，她说：“侯公子虽然飘泊在外，但总有回来的一天，以前我就拒绝了很多人的盛情，今天当然也不可能接受田大人的聘礼。”
谁知这里还在劝来推去，那边迎娶的花轿已经吹吹打打地来到了媚香楼下，这便是阮大钺订下的强娶之计。娶亲的队伍人多势众，李大娘阻拦不住，已直冲进楼里，大有不抬走人决不罢休的劲头。李香君被逼得无路可走，只好佯装答应下来。声言先回屋打扮，妆成立即上轿。娶亲的人在楼下客厅中坐等了好一阵子，猛听得楼外“呯”地一声闷响，接着传来侍婢的惊呼：“不好了，小姐跳楼了!”屋里的人猛吃一惊，连忙跳起来跑到外面查看，只见盛妆华服的李香君横卧在院子里，一动也不动，一股鲜血从头上流出，染红了她的面颊和衣襟。怀里还抱着那把侯方域赠送的白绢扇，上面也溅上了斑斑血迹。
娶亲的人见闹出了人命案，吓得不敢再纠缠，一声不吭地抬着花轿溜回去了。
李大娘与媚香楼的姐妹将李香君抬回屋中，又急忙打发人找医生。住在附近的杨龙友闻讯赶过来，院中已空寂无人，只有那把带血的绢扇孤零零地落在地上。杨龙友拾起绢扇，端视良久，深为李香君的贞烈品性感慨嘘啼，一个奇妙的构思在他脑海中形成。进屋探视过昏迷不醒的李香君后，杨龙友带着绢扇离开媚香楼，回到自己家里，立刻在书房中坐下，取出一枝不曾用过的羊毫笔，就着扇面上的血迹稍作点染，血迹便成了一朵朵鲜艳欲滴的桃花，再以墨色略衬枝叶，一副灼灼动人的桃花图便完成了。杨龙友对扇沉吟良久，又在扇面上题下三个小字——桃花扇，准备等李香君伤愈后还给。
幸亏媚香楼不高，摔伤后的李香君经过一段时间的精心调治，伤势总算痊愈了，这时田仰已离开南京，娶妾之事也就不了了之。
然而阴险恶毒的阮大钺并不想就此放过她，弘光皇帝完全是昏庸无能之人，国难当头，不思治军理国，反而日夜沉醉在声色享乐之中。他嫌宫中歌姬所唱的歌内容单调乏味，阮大钺便大献殷勤，亲自执笔撰写歌词剧本，再到秦淮河畔的歌楼妓院里挑选出色的歌妓，送入宫中给弘光帝取乐。等李香君伤愈后，阮大钺立即打着皇上圣谕的幌子，将她征入宫中充当歌姬。
这一招李香君着实无法抵挡，她一个青楼女子，哪里敢违抗圣上呢!宫门一入深似海，何时能再见到日夜思念的侯郎呢?她好想托鱼雁捎封信给远方的情郎，让他回来见上自己一面，可此时战事正紧，交通全部断绝，书信根本无法送去。带着无限的眷念和遗憾，李香君进了皇宫，怀里紧紧抱着那把鲜血写成的桃花扇。
不久后，清兵攻下扬州，直逼南京，弘光帝闻风而逃，最终被部将劫持献给了清军，随后南京城不攻自破。
南京城破之时，李香君随着一些宫人趁夜色逃出了“牢笼”，市街上已是一片混乱，清兵烧杀抢掠，难民四处逃窜。李香君高一脚、低一脚地向秦淮河畔走去，只见到处火光冲天，夜空映得一片血红。好不容易来到长板桥上，站在桥头，向媚香楼方向望去却发现媚香楼也已隐入一片火海之中。李香君心里一沉，脚下发软，一下子跌坐在桥面上，脑子里一片空白。
正巧，这时当年为李香君教曲的师傅苏昆生路过长板桥，无意中发现了坐在地上发傻的李香君，连忙将她扶起，才知她已无处可去，便带着她随逃难的人流，奔往苏州。
其实，这天夜里侯方域也正在南京城里，他是在扬州兵败后脱身返回南京的。到达时正逢清兵肆虐屠城，他心里焦急地挂牵着李香君的安危，火烧火燎地赶到秦淮河边，却看到媚香楼燃成一团烈焰，熟悉的人一个也没见着。他在媚香楼附近徘徊寻找了整整一夜，却没能见到李香君的影子;其实那时李香君就坐在离媚香楼仅有一箭之遥的长板桥上，无奈老天戏弄人，偏偏没让他俩相遇。
李香君在苏昆生的照顾下来到苏州，由于一路颠波劳苦，精神上又极度悲伤，她已身染重病。苏州情况还比较平静，几经周折，李香君找到了昔日好友卞玉京。卞玉京原本也是秦淮名妓，与李香君交情甚好，两年前她迁居苏州，在虎丘的山塘置下一座清雅的小院。见到好友逃难至此，卞玉京热情收留了李香君在小院住下，并请来名医为她诊治。几经诊察，才知李香君患的是肺痨，这种病在当时是无药根治的，只能滋养调理，勉强延续着生命。
病中的李香君深深地思念着侯郎，她日夜捧着那把血染的桃花扇，回忆着侯郎的音容笑貌，泪水浸透了衣襟。
苏昆生是个古道热肠的人，见李香君痛不欲生，他等局势稍微平静一些，就返回南京打听侯方域的消息。经多方探问，证实了侯方域曾在南京寻找过李香君，了无结果之后，失望地回老家商邱去了。
苏昆生得到消息后立刻赶到苏州告诉了李香君，李香君倦卧病榻，一副憔悴虚弱的可怜模样。见此情景，苏昆生心中痛惜之极，自愿提出要北上商邱，为一对有情人传递消息。
在苏昆生北上不久，李香君开始咯血，病情一日重于一日，终于气息难继。弥留之际，她挣扎着让卞玉京为自己剪下一绺青丝，小心翼翼地用红绫包好，再把它绑在比生命还珍贵的桃花扇上，然后交给卞玉京，请她转交给侯方域，并留下遗言说：“公子当为大明守节，勿事异族，妾于九泉之下铭记公子厚爱。”
侯方域得到苏昆生送来的消息，立刻启程，赶往苏州。可惜，当他来到卞玉京的小院，李香君已于前夜咽下了最后一口气，只给他留下一片挚情，令他心伤欲绝。