谜案之一 与宋美龄的真假爱情
关于蒋介石和宋美龄的婚姻问题，一直有很多传闻。最广泛的说法是，蒋宋之间是一场政治婚姻，两人并没有真正的爱情。尤其是后来有美国人出书，称蒋介石偏安重庆时期，宋美龄曾与美国总统罗斯福的特使温德尔·里维斯·威尔基有过一段婚外情等，更给蒋宋的婚姻蒙上了一层迷雾。
在蒋介石的日记中，屡屡流露出对妻子宋美龄的顾念之情。夫妻短暂分别时，他曾在日记中写下"平时不觉夫妻乐，相别方知爱情长。’别后更觉吾妻爱夫之笃，世无其比也”这样的句子。在涉及到宋美龄在家庭中的地位时，他更在日记中直言“凡认余为父者，只能认余爱妻美龄为母”。
蒋介石日记开放至1955年，那时他已68岁，宋美龄也已58岁。可以说，至此他们的婚姻问题可基本定性。杨天石教授通过研究蒋介石的日记，认为“蒋介石和宋美龄的婚姻，有很深厚的爱情基础”。
谜案之二 因何成为基督徒
伴随蒋介石日记开放的，还有一本手抄的《圣经》首次曝光，非常引人注目。这本文言文版的《圣经》，是由蒋介石的侍从秘书手抄而成，共6册。《圣经》里时有蒋介石的圈点、眉批，眉批后，还标有日期。从已发黄的《圣经》可以看出，蒋介石不仅读了多遍，而且几乎爱不释手。
此前，人们都说蒋介石之所以成为基督徒，是他当年要娶才貌兼备的宋美龄为妻付出的信仰代价。然而根据蒋介石最新公布的日记来看，事情并不是这么简单。年轻时，蒋介石也曾一度崇拜共产主义，醉心马列思想。在与宋美龄婚后，虽然承诺受洗，一开始蒋介石仍不是虔诚的基督徒。在战乱年代的两次偶然化险为夷之后，蒋介石认为是祈祷起了作用，自此决定全身心信奉基督教，后来竟然到了近乎荒唐的地步。
谜案之三 “二二八事件”中有没有下过屠杀令
1947年的“二二八事件”是台湾一段沉重的记忆。“事发时，蒋介石是否下过屠杀令”，一直成为台湾蓝、绿阵营互相攻讦的政治议题。每到台湾选举日或“二二八”纪念日，这场血案就会被民进党拿出来当悲情牌，打击国民党。
杨天石教授分析说：“‘二二八’悲剧的造成，蒋介石无疑要负责任。他迷信军队的作用，但考察蒋介石在这一时期的日记、与军方的来往函电，都没有发现他下达过屠杀、诛戮的命令。国民党军队显然做不到令行禁止，滥捕、错杀屡有发生。”