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大明万历二十年的一个深夜，一名提着蒙古马刀的刺客入宫行刺皇帝，被锦衣卫诛杀；与此同时，市井之中有十几个百姓也被人暗杀于家中。
更让明神宗惊诧万分的是，在同一个晚上，他所倚重的一品大员宋阁老也被残杀在家中。一时间，朝野上下沸沸扬扬，惊恐不安。
对于宋阁老被杀一案，他的义子史秦还有众多门徒故旧，都把矛头指向了武将刘刚他们。因为几天以来，他们一直在为要不要出兵朝鲜而争得面红耳赤。
前几天，朝廷得到情报，日本倭寇正在备战，似乎有进兵朝鲜的迹象，以刘刚为首的主战派请求万历皇帝尽快发兵援朝。在他们看来，倘若倭寇得手，他们便可乘虚而入，直取辽东，那么大明朝的北大门就会被打开。
案子很棘手，明神宗想到了一个人。此人名叫魏源，乃是神宗三年的进士，曾在京城做了一任小官，颇有审案断狱的才华，但却性格刚烈，桀骜不驯，把朝中文武大臣几乎得罪了个遍，后被朝廷以莫须有的罪名罢了官。
案发现场都被保护得很好，没有被破坏，魏源却依然没有发现凶手的蛛丝马迹，可是，他却从刘刚的身上发现了一些疑点。宋阁老被杀的当天晚上，刘刚并不在家中。他的解释是有友人要离京去泉州，他出城相送，所以不在家中。然而，守城的官兵却无论如何也回忆不起那天晚上曾经见过刘刚出城。
朝野上下恐怖的气氛越来越浓密。很多平民已经有了逃离京城的打算，尽管皇帝已经派出锦衣卫高手保护，可他们还是不放心，于是自己出银子招兵买马，护卫家院。然而，魏源却在他们的这一举动中，发现了一些不一样的东西。
此时，尽管每个主战派都有嫌疑，可他们依然逢朝必谏，让明神宗尽快下旨出兵援朝。而近来皇帝的心思却似乎偏向了主和派，淡然道：“量朝鲜弹丸之地，生死之间与我大明朝能有多大瓜葛？此事以后再议吧。”说罢，打了一个哈欠，由太监扶着下朝了。刘刚重重地叹了一口气，瞟了一眼站在旁边得意洋洋的史秦等人默默离开了大殿，而魏源却一直注目于他。
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深夜，魏源的书房还亮着烛火，原本平稳的烛火抖动起来。等到魏源疑惑地看向紧闭的门窗的时候，却大吃一惊。只见刘刚一身夜行侠者打扮，手上提着一把钢刀，正站在门前怒视着魏源。“刘，刘大人怎么如此打扮？深夜到此，有何见教啊？”魏源不安地问。
刘刚并不答话，径直走过来，将手中的刀一下子放到了魏源的手上，魏源一阵疑惑。“我知道魏大人一直都在怀疑是我杀了宋阁老他们，不相信我，便可一刀结果了我的性命。”不想，听了此话，魏源却哈哈一笑道：“史秦的话说得很对，你最有嫌疑，可你也最没有嫌疑。我隐约觉得我们的周围还有一股神秘的力量，就是这股力量先杀宋阁老他们，然后再让朝廷怀疑你们，然后引起内讧，从而达到他们不可告人的目的。”说着，魏源将刘刚的刀放回了他腰上的刀鞘之中。
“多谢魏大人的信任。”刘刚施了一礼。“可是我尚有一个疑点不知道你肯不肯相告？”“什么疑点？”“我们的皇帝向来多疑，满朝忠臣又何止你一人，为什么他会担保你？宋阁老被杀的当天晚上你到底在哪？还有，那天晚上入皇宫行刺皇上的到底是什么人，这等大事，皇上为什么不发一语？”
面对魏源的一连三问，刘刚叹口气道：“时候未到，恕不能相告。”
第二天一大早，明神宗上朝，刘刚又劝谏出兵朝鲜，再次遭到了皇帝的拒绝。刘刚忧心忡忡，而魏源却一脸的淡定。
回到府衙，魏源在自己的书房里走来走去，显得有些焦虑。很快，窗外有了黑夜的身影。他叹了一口气，向书房外喊了一声：“进来吧。”一个捕快走了进来：“大人请吩咐。”“今天晚上，我让你去给我盯一个人，走一步跟一步，去过哪个茅厕也要回来告诉我。”“盯谁？”魏源不答，而是在纸上挥毫写下了那个人的名字，捕快吃惊地看着魏源。
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将近三更天的时候，捕快回来了。魏源将一只笔递到他的手中：“写下他去过的地方。”捕快点了点头，在纸上写下了“九间酒楼”四个字。捕快一走，魏源又把管家唤了进来：“准备一下，我要连夜进宫面见皇上。”“这都三更天了。”“如果我不去，那么大明朝的社稷也就要快到三更天了。”管家一怔。
对于魏源的深夜闯宫，神宗皇帝很恼火，可是当他看完魏源早就写好的一封绝密谏书的时候，脸色变了：“你确信无疑了吗？”“如果臣这次错了，请皇上诛臣九族。”跪在地上的魏源不容置疑地回答。“你想让朕怎么办？”“皇上，臣斗胆问一句，那天晚上入宫行刺皇上的是不是元朝王室的后裔？”
“你，你怎么知道？”神宗的脸色再次一变。“因为我听皇宫里的人说行刺的人用的是一把蒙古马刀，再加上前几年你曾经派刘刚剿灭了一股元朝王室的造反势力，所以，我大胆断定刺客应该就是元朝王室的后裔，他们一直在寻找机会光复前朝。”听了魏源的话，神宗叹了一口气：“没错，刺客就是铁木真的后代。他的目的也的确如你所说。只可惜他们势单力薄，妄想颠覆我大明简直就是做梦。
第二天，不到一天工夫，元王族后裔入宫行刺皇帝，试图颠覆大明，负伤在逃的消息就传遍了朝野。朝野上下再次掀起了震动的波澜。此时，魏源关于宋文等大臣被杀一案的调查有了新的发现。他说，宋文他们被利刃刺破心脏之前都服过毒药。毒药尚未发作之时，他们便惨遭毒手。这意味着要杀他们的有两拨人，史秦等人吃惊不小，赶忙让管家加派人手，护卫家院。
夜深了，史秦仍没有睡意，守在一旁的管家却直打瞌睡。忽然，外面传来轻微的敲门声。管家一怔，赶忙开门，而门开的一刹那，一股白雾吹在他的脸上，管家轰然倒在地上。
史秦大吃一惊，尚未反应过来，蒙面人就已经跃在了他的跟前。”你，你是什么人？“史秦不安地问。蒙面人慢慢扯下了脸上的黑罩，露出一张粗犷的脸。他没有回答史秦的话，而是走到书桌旁，端起史秦刚刚用过的茶杯，淡然一笑道：”你刚刚喝的茶里我下过毒，你已经喝了四杯了。“蒙面人的话让史秦万分惊慌，再次问：”你到底是谁，为什么要这样做，我和我义父跟你到底有什么仇？“
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”你们跟我没仇，可是你们的皇帝跟我有仇。我乃是大元朝王族后裔都塔。你们的刘刚等大人都已经成了我的手下，你只要归顺我，以后就有享不尽的荣华富贵。要不然你就只有死路一条。“说着，哗地一声抽出长长的蒙古马刀一下子砍掉了桌子的一角，史秦大吃一惊，一下子瘫坐在椅子上，此刻，他似乎已经感觉到毒药正在他的血液里流动了。
史秦一直坐到了天亮，似乎下定了决心，让清醒过来的管家火速备轿，他要去面见皇上。
进宫后，史秦将昨夜发生的一切全都告诉了神宗。史秦的话印证了魏源之前的判断。神宗皇帝勃然大怒，半个时辰后，刘刚等人全被魏源押进了大牢。面对刘刚的斥骂，魏源笑而不答。
数日后，丰臣秀吉带领一队倭寇浪人，乘着船大摇大摆地向朝鲜进发而去。
又数日后，并没有毒发身亡的史秦坐在书房里思考着这一切。就在这时，管家惊慌失措地跑了进来大声喊：”见鬼了，见鬼了。“”何事惊慌？“”刘，刘刚刘大人和魏源魏大人来了。“”一派胡言，刘刚已经死了。“史秦呵斥了一句。话音未落，魏源和刘刚真地出现在了他的面前。史秦张大了嘴巴，一脸惊恐：”刘大人，你，你还活着？“刘刚淡然一笑：”不但还活着，这几日还带领我们大明朝的军队出兵朝鲜，痛击日本倭寇，斩首几百人。“史秦无比吃惊地看着刘刚。魏源淡然一笑说：”史大人听到自己的同类死了这么多，心里头一定非常伤感吧？“”魏大人，你，你这话什么意思？“”好了，秋泉一郎，不要再跟我们演戏了。你的身份，九间酒楼的老板早在几天前就已经全部招认了。据他交代，倭寇早就有入侵大明的想法，所以，他们早在去年就选派了数个精通我中原语言和文化的人潜入京城，刺探情报，扰乱政治中枢的安宁。你为了得到更有价值的情报，便投其所好，送给了宋阁老大量的金银珠宝，宋阁老很高兴，从此你变成了他的义子，而他也对你大加提拔，于是你一个庶民百姓，平步青云地成为了朝廷的二品大员，没错吧？“
听了魏源的话，史秦的脸色已经变得惨白：”你，你是怎么知晓这一切的？“”那就让我从你们阴谋进兵朝鲜的事说起吧。“接着魏源便说起了整个事情的来龙去脉。
倭寇欲发兵朝鲜，本是醉翁之意，他们的真正目的就是要以朝鲜为跳板，进攻大明的辽东，然后一举拿下京城。然而他们深深知道大明朝和朝鲜的关系。如果他们在进攻朝鲜的时候，大明派兵来救，他们就会陷入极大的危险之中。所以他们要确定大明朝短时间内绝对不会援助朝鲜。
同时，他们还让另一个潜伏者九间酒楼的老板西泽正南派人残杀百姓，制造混乱。在他们看来，朝野之中的水越浑浊，就对他们越有利。
”你说的都只是经过，我问你是怎么怀疑我的？“史秦恼羞成怒地问。魏源淡然一笑说：”第一次怀疑是宋文等人死后，我发现其他的主和派都坚守庭院，紧张不堪，而你却似乎悠闲自若。只有真正的鬼才不怕人们所说的鬼。当然，这也或许你是一介遇事不慌的大臣。“
”后来我又在宋文的家中发现了一个重要的线索。宋文养着一只名贵的波斯猫，此猫性情凶猛，论起看家护院的本事丝毫不逊于家犬。你每次去找宋文，都会带上它最爱吃的鳜鱼，后来我在宋文管家那里得到一个证实。平时，宋文都只会给它买便宜的鲤鱼，从不买鳜鱼。案发的时候那只猫也死了，身边扔着一条鳜鱼，那只猫吃了没几口就死了。这一点从猫嘴里残留的鱼肉和基本完整的鳜鱼可以证明。仵作也检验过，那条鳜鱼肉中有剧毒。这说明案发的时候你去过宋文府中。
也就从那时候起，我加大了对你的怀疑，就盯上了你，发现你跟九间酒楼的老板来往非常密切。还有，我从你的家丁扔出来的垃圾里发现了一些人的名单，被烧过，可惜没有完全变成灰。后来我在刘刚那里证实，上面的人正是刘刚他们安插在倭寇内部的卧底之士。“
之前，刘刚在朝堂之上向皇帝透露出了这些人，可是没过几天他就得到消息，这些人全部被杀。所以，那天晚上刘刚跑到我的家中对我说他怀疑文武之中有倭寇的眼线。所以我合情合理地再次怀疑到了你。于是我与刘大人定下计策，假意透露出倭寇之中有我朝的眼线，你慌了，马上与西泽正南联系，而我却派人盯上了西泽正南，抓获了他派出的送情报的人，经过审问，他是一名日本人，也交代了你的身份和目的。我不露声色，决定跟你演场戏，我先是散播元朝王族后裔的信息，让你相信有这么一股势力存在，然后派人假冒元朝王族后裔与你联络，并让此人诬陷刘大人他们与他合谋造反。你觉得除掉刘大人他们的机会来了，所以将这一切告诉了皇上，我也假意抓捕了刘大人，然后找了一个死刑犯替刘大人掉了脑袋。这样你们就能放心地去进兵朝鲜。”
“而在此之前，皇帝已经下令让刘大人火速前往辽东率兵入朝鲜，出其不意地击溃了丰臣秀吉。这就是整个事情的经过。”“明白了，这就是一个完美的圈套，你让我相信你们杀刘刚都是真的，让我送出了一份假情报。”史秦沮丧地说。“可惜你明白得太晚了。”刘刚冷冷一笑。
神宗皇帝下令将史秦五马分尸，魏源却出面求情。在他看来，在不知道真中毒还是假中毒的情况下，史秦为了他的倭寇国，不顾自己生死，还是将刘刚举报，也算是一件义举，恳请皇帝赐毒让他自尽。
魏源破案有功，击溃丰臣秀吉有功，皇帝大行封赏，魏源却再次辞官。几年后，倭寇大举入侵大明朝的东南沿海，魏源追随戚继光出兵抗倭，后来战死沙场。