《青云志》有一部奇幻武侠小说《诛仙》改编而成的电视剧，主人公张小凡命运多舛，感情极其丰富且细腻，性子坚韧而倔强，最终从平凡小子到武艺高强的大英雄。故事中另一看点就是张小凡的爱情故事，究竟喜欢碧瑶多一点还是陆雪琪多一点呢？最终又和谁在一起？
张小凡幼年，偶遇天音寺高僧普智。普智在草庙村被青云逆贼苍松道人重伤，为了完成佛道兼修以参破万年来长生不死之迷的心愿，重伤之下的普智，将天音寺绝技“大梵般若”和噬血珠传于了小凡，服下了“三日必死丸”。
后青云山大竹峰弟子宋大仁把小凡和林惊羽带上了青云山。林惊羽由于天资好，被龙首峰首座苍松道人看上收为弟子，小凡则被大竹峰首座田不易收下。在大竹峰砍黑节竹，苦练三年才有小成，之后进境却是极快，内秀于心的他，并未被人发觉。在大竹峰期间他还展现了高超的厨艺并暗恋师姐田灵儿。后小凡遇到了他一生的伙伴-----三眼灵猴小灰，小凡在追小灰时掉入了一个大坑，在坑中的死潭中发现了摄魂棒，并以小凡之血为媒，与噬血珠合成噬魂，在七脉会武时大放异彩，但在四强之战与陆雪琪交手时因关键时刻不忍下手而败于其剑下，后七脉会武前四名，小凡、陆雪琪、曾书书和齐昊被派往空桑山历练，小凡在客栈山海苑遇见绿衣少女碧瑶。
小凡在万蝠古窟完成任务时被击落死灵渊，陆雪琪为救小凡一同掉入万丈死灵渊下，二人侥幸没死，在死灵渊下生死相依，相互搀扶，共同杀敌。后在无情海边被黑水玄蛇冲散。小凡再次遇到碧瑶，进入滴血洞，并在洞里发现天书总纲和第一卷。后小凡昏迷发烧，在碧瑶的照料、劝慰下恢复神智。小凡助碧瑶解开多年心结，碧瑶对小凡暗生情意。后遇化名万人往的鬼王，得知噬魂来历，悟出“邪魔之物，但我用来斩妖除魔，便是正道”的真谛。
小凡路过被狐妖祸害的小池镇，初次遇到周一仙和小环，算出“乱魔命”。后与金刚门传人石头、碧瑶一起去黑石洞除狐妖，小凡在黑石洞边的满月井中看到了碧瑶。在洞底，他被三尾狐妖那种不能与君同生，便与君同死的精神所感悟，在六尾白狐的要求下，小凡将垂死的白狐和那自杀身亡的三尾狐妖一同投入岩浆中。六尾白狐临死前，将身上的焚香谷至宝“玄火鉴”赠予小凡。小池镇上的百姓修建仙人祠堂，小凡碧瑶石头三人被当作神仙参拜。
流波山一役，魔教大举占领流波山，正道中人断断续续来此阻击魔教。小凡和田灵儿在山洞中无意听到魔教的企图是要得到亘古神兽——夔牛。之后，在正道中人阻止魔教活捉夔牛的过程中，小凡为救田灵儿，在夔牛脚下被迫同时用出了太极玄清道和大梵般若。虽救了田灵儿，却因被怀疑偷学天音寺不传之秘，和使用至邪兵器噬血珠，而遭到正道的怀疑，被罚跪在风雨中，陆雪琪、碧瑶先后找到小凡，并安慰陪伴小凡。
回青云山后，三大门派会审小凡，可是小凡因为信守对普智的承诺，宁死也不肯说出从哪里学得大梵般若和噬血珠的来历。此时刚好遇上魔教进攻青云门，而法相也在此时道出了屠村的真相，小凡才知普智就是屠杀草庙村真正的凶手。由于噬血珠的戾气几年来无时无刻不在影响小凡，得知真相的他陷入疯狂。这时候碧瑶出现，想要带走小凡，道玄祭出诛仙剑阵。碧瑶与小凡逼退正道众人，一同腾空而起，飞向殿外。半空之中的道玄担心留下后患，将诛仙剑奋力劈向小凡，一时间天地变色，碧瑶为救小凡念出痴情咒，以自己一身精血，三魂七魄熔炼成血墙，挡下诛仙剑。合欢铃扣下了碧瑶的一魂。
小凡从此加入鬼王宗，成为鬼王宗副宗主，化名鬼厉。鬼王宗主鬼王将天书第二卷传于小凡。另外，因为小凡（鬼王宗）和秦无炎（万毒门）、金瓶儿（合欢派）是魔门四大派阀年轻一辈当中的佼佼者，因此被共称为魔教三公子（血公子、毒公子、妙公子），在死亡沼泽寻宝时，三公子灭了长生堂。魔门只剩下三大派阀（其他小派阀都被小凡带领的鬼王宗所歼灭）。天帝宝库前，小凡与陆雪琪再次相遇，却不得不刀剑相向，在生死一线之际，小凡拉着陆雪琪一起进入了天帝宝库，在其中发现了天书第三卷，而小灰就把天帝神石吃了下去。
从宝库出来后，小凡发现手下多人死于鱼人手里。于是，下南疆调查真相。潜入焚香谷，在玄火坛三层解救了九尾天狐小白。在天水寨，小凡再一次与雪琪相遇，在师门正道和爱情中苦苦挣扎的陆雪琪，十年来常在小竹峰后山中夜幕下舞剑，这一次欲做后一次舞剑，与小凡斩断情丝。剑虽舞完，情丝却无法斩断，陆雪琪伤心而去。小凡与小白前往南疆七里峒寻找救醒碧瑶的方法，被卷入南疆部族纷争，小凡最终找到金族大巫师，可大巫师却在施法的关键时刻身死，碧瑶也因此未能复活成功，鬼王为此三日白头。而后，兽神重生。万毒门在毒神死后，发生了内乱，秦无炎当上了掌门，可是，马上又被兽妖灭门，鬼王宗用计让大量普通教众与合欢派共同对抗兽妖，全部阵亡，合欢派灭门，鬼王宗则保存了实力。金瓶儿侥幸逃脱，后投入了鬼王宗。
之后，陆雪琪因拒绝焚香谷李洵的提亲，被罚在望月台思过，小凡感应到而前往望月台，路中有缘偶遇兽神，小灰亦与饕餮（兽神身边的灵兽）结为好友，小凡希望在死之前见她一面。小凡见到雪琪，要雪琪跟他一起走，却因雪琪一句：“那碧瑶呢？”而作罢。
青云山之战，道玄用诛仙剑重创兽神，小凡被鬼先生引入青云后山，要进入幻月洞府一探究竟。碰到了守在祖师祠堂的万剑一，在万剑一和小凡的打斗中，鬼先生偷袭万剑一，导致万剑一身死，林惊羽发现万剑一遇害，质问小凡，小凡没有辩解，于是兄弟反目成仇。之后，诛仙剑飞回幻月洞府，小凡痛恨这把害死碧瑶的诛仙剑，用噬魂将其击断。可是，诛仙剑也如噬血珠一般，会吸血，小凡因被其反噬精血，身受重伤，在危难之时幸得天音普泓救助，在天音寺见到了坐化的普智，面对这个当年屠杀自己全村的凶手，小凡终究原谅了他，并在天音寺的无字玉壁上习得天书第4卷。
后在镇魔古洞，小凡和雪琪并肩携手共同抗敌，九死一生。借助玄火鉴，消灭了兽神，后二人落在了南疆无名山崖上。劫后重生的他们在如华的月光下不管明天，轻轻拥抱。
而在此之后，被诛仙剑反噬入魔的道玄控制了田不易，在小凡与道玄的打斗当中，道玄利用自己手中控制的田不易重伤了对恩师毫无防备的小凡，陆雪琪为救小凡杀死了田不易。而后，小凡带着田不易的尸身回到大竹峰，师娘苏茹看到丈夫离去也因此而殉情。短时间内经历师父和师娘的双双突然离逝，令小凡对人生感到迷茫，但与周一仙的一番交谈后，让小凡有所感悟。
为了救碧瑶，小凡于天音寺借得乾坤轮回盘，不料却被鬼先生和鬼王用于发动四灵（即夔牛，烛龙，黄鸟和饕餮）血阵，导致狐岐山崩塌，碧瑶肉身与合欢铃消失，小凡只于巨石之下找到一块绿色衣角。小凡知道后悲伤下失魂落魄，被小白救出，带往草庙村。在陆雪琪的照顾和小白的痛心责骂下，小凡慢慢恢复神智，在昏迷中醒过来后，小凡身心已放开，明白到自己需要做的是什么。此时，鬼王得到四灵血阵的修罗之力进逼青云，小凡受到诛仙剑的召唤，来到幻月洞府，在那里他见到了入魔之后的道玄。关键时刻，万剑一出现于小凡与道玄身前，他点化了道玄，并告诉小凡，他才是诛仙剑的真正主人。而诛仙剑就是传说中的第五卷天书。小凡握起诛仙剑终于明白了一切，最终他发动诛仙剑阵将鬼王击败，拯救了天下苍生。
时光悠悠，不知一转眼又是多少光阴流逝，陆雪琪接任了小竹峰首座之位，这一日，她来到了那座曾经魂牵梦系的草庙村废墟，而在那里她也再次见到了阔别许久的小凡，两人相视而笑，一阵轻风吹过，屋檐下的铃铛迎风而响，绿色的衣角轻轻飘起，仿佛也带着几分笑意；清脆的铃声，随着风儿飘然而上，回荡在天地之间。诛仙的故事也到此完结了。