大约从16世纪开始，印第安人开始用奎宁治疗疟疾，17世纪早期，奎宁传入欧洲，17世纪末，传入中国。奎宁的出现，有效降低了疟疾的死亡率，但单靠从金鸡纳树里提取的奎宁，量太小，导致药很贵。二战期间，也曾有报告抗奎宁的疟原虫出现，但在当时，这种抗药性疟原虫并没有引起人们很多的注意，主要是因为，当时的科学家已经使用化学合成方法得到了药效更强的氯喹，氯喹的抗疟效果比奎宁高8-32倍，耐奎宁的疟原虫对氯喹仍是毫无抵御力。
二战后，廉价又强效的抗疟药氯喹被分发到全球各地。然而好景不长，1957年开始，在哥伦比亚和泰国相继发现耐氯喹的恶性耐药性疟原虫，之后，这种疟原虫在全球迅速扩散，疟疾导致的儿童死亡率一度急剧上升。1960年代，已经至少有60%以上的疟疾由耐奎宁的抗药性疟原虫引起。越战期间，耐药性疟原虫成了交战双方减员的主要因素。奎宁之后，人们又找到了乙胺嘧啶以及甲基氟氯喹，然而，乙胺嘧啶问世后一年不到，甲基氟氯喹问世后一年，抗药性疟原虫都出现了。
氯喹抗疟的原理是进入疟原虫消化食物的消化泡，阻碍疟原虫的内吞作用，从而干扰了它的复制转录过程，缺乏氨基酸的疟原虫最终就死了。而抗氯喹的疟原虫体内的一个基因突变使得它产生了适当的转运蛋白，从而得以迅速把氯喹排出体外。其他几种抗疟化合物的作用原理与氯喹类似，疟原虫不需要太多突变，便可以轻车熟路应对这些抗虐新药。另外，出于人类目前尚不清楚的原因，虽然东南亚的疟疾流行情况并不是非常严重，但三次抗药性疟原虫的源头都是来自东南亚，而不是在疟疾更猖獗的非洲大陆。
青蒿素的循证医学
作为一种与奎宁的作用机理完全不同的抗疟药物，青蒿素出现在越战期间。今年的诺奖颁奖之后不到一周，青蒿素诞生的故事已经遍布了中文网络，那是一个年轻的科学家使用简陋的研究设备，在“文革”期间筛选了4万多种草药，试验了380多种提取物，最终得到新药的励志故事。青蒿素是化合物中的第191号。媒体不会忘记提到的一个细节是，研究人员都是在自己身上进行人体试验的。
大约在1979年，一份英文杂志《中国建设》中的一篇名为《一种新型抗疟药物》的文章，让西方的抗疟工作者首次听说了青蒿素，这样一种可以对付耐氯喹的抗药性疟原虫的药物–尼古拉斯·怀特就是在那一年与他的同事一起，看到了青蒿素，一种由中国人从植物中提取的有效的抗疟成分。1981年，世界卫生组织（WHO）的工作组到中国来了解青蒿素的情况，屠呦呦被安排向他们汇报了自己的发现。
上世纪的后20年间，青蒿素被引进非洲，然而，当地医生仍习惯使用大量的奎宁来应对恶性疟疾。怀特认为，原因可能在于这种新药来自中国，而不是来自有规范成熟的制药业的欧洲和北美，这令很多榆木脑袋的非洲本地医生将信将疑。这样的情况几乎一直持续到了2005年，一个里程碑式的研究发表在《柳叶刀》杂志上，由怀特带队的研究团队通过流行病学分析显示，青蒿酯–一种通过注射给药的青蒿衍生物，将重症疟疾的死亡率降低了1/3。这一发现，直接导致了WHO在2006年1月宣布：青蒿素类药物是全球未来遏制疟疾的希望，并明确要求任何一个国家在改变本国现有抗疟政策时，必须使用含有青蒿素类药物的复方或联合用药。
不过，至此，这个世界仍没有完全接受这种上世纪才刚刚出现的抗疟新药，毕竟，传统的抗疟药奎宁已有了400年以上的历史。当时，被改变的只是针对成人疟疾的治疗方法，而对深受疟疾之苦的儿童患者，青蒿素尚未被强制列作首选药物。
又过了5年，2010年11月，怀特的团队发表了他们新的研究结果，驱走了人们对青蒿素作为儿童用药的最后一丝疑虑。那是一场“非洲奎宁VS青蒿素抗疟试验”（AQUAMAT），研究者在全非洲招募了五千多个患病的孩子，2712个给予青蒿酯治疗，2713个仍然使用奎宁。试验结果，青蒿素治疗组的死亡率比奎宁组低22%，这个死亡率差异低于成人组的33%，但试验同样显示，与奎宁组相比，青蒿素组的儿童更不容易发生高热惊厥。至此，青蒿素的有效性才有了坚实的循证医学的证据支持。2010年，因在青蒿素推广应用方面的贡献，尼古拉斯·怀特获得了盖尔德纳全球健康奖。第二年，屠呦呦获得了拉斯克医学奖。