敌后锄奸
如果没有美国人的到来，戴笠在国民党内部的政治命运，或许已经结束。1942年是他的低潮期，他先后在权力斗争中失利。1月，蒋介石下令军统的所有成员在2月底之前离开中央军事委员会技术研究室，戴笠被排挤出这个国民党内部统一的对日密码破译机构；年底，他又因为缉查林世良走私贪腐一案而站到了整个孔家和宋家的对立面，蒋介石选择了家族利益，判决林世良后，他指责戴笠为了泄私愤越权行事，并最终于1943年7月免除了他缉私署署长的职务，任命戴笠“不共戴天”的仇人宣铁吾接任。而中美合作所的成立扭转了这一局面，戴笠的地位得到了极大的提高，开罗会议期间，罗斯福甚至当面向蒋介石提出，希望能见一下这个中国的“希姆莱”。
抗战之前，戴笠的特务部门主要职能是反共，在抗日战争期间，重心逐渐转移到与日本及各伪政权的斗争上去，他们截获的情报，尤其是开展的暗杀破坏活动，曾经名噪一时。
1938 年，北平、天津、上海、南京等十几个城市先后沦陷，国民党情报人员在各地迅速建立起组织。以上海为例，1939年，已有22个交通联络组、4个电讯台、1个技术室、5个情报组、8个行动大队等50多个单位，在编人员1000多名，承担着情报、行动、策反、反间、技术研究、联络沟通等任务。
情报之外，敌后的破坏行动是国民党情报人员的工作重点。上海《大美晚报》于1939年1月28日刊登的新闻即可窥见一斑：“‘一·二八’沪战纪念前夕，浦东方面，日本海陆军因畏惧中国游击队有所行动，昨日白天，即在各处无形戒严。入晚情况尤紧，各处断绝水陆交通。上南方面，属陆军驻守范围，以南汇至周浦，市区之南码头为据点。由于去岁‘八一三’抗战纪念上南铁路被毁，故昨晚防务吃重于该铁路四周。除原有士兵200余名外，并驱使川沙伪军徐鸿发之一部，前来协助。”在陈恭澍担任军统上海区站长的两年多时间里，进行了50多次行动，破坏日本军事设施，焚毁军需物资。
暗杀更是重要行动。当时上海的报纸有很多报道：“伪组织傀儡，一再被杀，上海郊外所组伪市府，大小伪员亦莫不心惊胆裂。伪市长傅筱庵，伪财政局长周友常，伪土地局长范永增，伪警察局长卢英，伪社会局长兼伪司法处长吴文中，伪公用局长李鼎上等，均非常惧虑，连日秘密计议对策，决定施行种种防范方法。一方面，在四郊请求日军增派哨兵，助以‘伪警’加紧保护；一方面由各委员自行多请保镖。其中傅筱庵胆子最小，在伪府中出入或大小便，均须临时戒严，以防二次遇刺。”
但是，国民党开展“谍战”打击敌人的同时，也暴露了自身力量，遭到重创。1938年底，军统上海区被汪伪特工组织“76号”破坏，第二年春，军统华北区区长王天木任上海区区长并重建组织。上任不久，王天木就被李士群抓获，最终脱离军统投向“76号”。根据他提供的情报，汪伪特工总部破获了军统天津站、青岛站的组织，1941年11月底，又破获军统上海区的全部组织，逮捕了陈恭澍等100多人。李士群还在报纸上披露了军统上海区的全部组织系统和人员名单；而中统上海潜伏组组长苏成德也被李士群收买，他出卖了所有中统在上海的电台、密码以及组织，很多特务因此也投降“76号”。此后，国民党特务组织在敌后的情报体系几乎毁灭殆尽。戴笠的命运，也因此直线下坠。
共产党的谍报活动更加“不动声色”，通过“打进去”和“拉出来”两种方式，渗透到敌人内部搜集情报，策反敌人为己所用，拓宽了情报渠道，隐蔽战线得以不断发展壮大，为抗战提供了重要的情报支援。