清朝雍正年间，古城县九口塘村的河滩里被大雨冲出一具尸体，本县首富、生员杨同范前来县衙报案，声称尸体是他本村同族杨三姑，一个月前被丈夫涂如松暗害，请县太爷严惩凶手，为民申冤。
知县汤应求不敢怠慢，立刻委派刑房老书吏李献宗和仵作李荣前去验尸。
老书吏李献宗为人正直，办事认真，李荣干了多年的仵作，也是秉公执法。就在李荣背起勘验用具刚要出门时，杨同范闪身拐了进来，他从怀中掏出一根金条放在桌上，说：“九口塘河滩里的尸体，确是被涂如松所害的杨氏，李爷不会有违民意吧！”李荣不动声色地回答：“没有勘验过，怎好人云亦云！”接着他把金条塞还给杨同范，出门而去。 两人赶到尸体放置地点，看到尸体已经腐烂，又被野狗撕咬过，身份已经很难辨认。但李荣凭着丰富的勘查经验，从尸体的一双脚骨上，断定此为一具男尸；再从毛发骨骼上，进一步证实是个还未成年的男子。李献宗把勘验结果细细校对，并签下“此系男子之尸”六个字，然后关照地保把尸体收殓埋葬，并在坟前立杆标记。
返回县衙后，两人立刻将验尸结果向汤知县作了禀报，李荣也说出了杨同范行贿被拒之事。李献宗办案多年，积累了一些经验，提出自己的看法：“我估计杨三姑还活在世上，而且与杨同范脱不了干系，不管杨同范是什么意图，先找到杨三姑再说！”汤知县点头称是，命他查找杨三姑的下落。
李献宗很快查知：杨三姑在嫁到涂家之前就和同村生员杨同范勾勾搭搭，后来杨同范迫于父命，抛下杨三姑迁到城里，虽说家有三妻四妾，可对杨三姑却情有独钟，而杨三姑这时刚好遇上涂家找媳妇，经媒婆说合，迅速成了亲。成亲后杨三姑三天两头回娘家，据说无非是找个借口，其实是和情夫杨同范相会，老实巴交的涂如松忍无可忍，就和杨三姑争吵起来，杨三姑一气之下离家出走，再也不见踪影。这次是不是也躲在杨同范府内，李献宗准备明日再行探查。
谁知第二天，湖广总督迈柱将一个名叫高仁杰的派到古城县担任主审官，审理这起九口塘尸案。这个高仁杰是迈柱的门生，表面和善，内心却很歹毒，当时是广济县的候补知县，正在为找不到实缺而发愁，恰在这时接到了杨同范的重金贿赂，让他借这起尸案将杨三姑的丈夫涂如松置于死地。高仁杰盘算了一下，决定来个一箭双雕，便到总督府走了后门。
高仁杰走马上任，对案子未作任何审理，就把涂如松和汤应求先行扣押，起用另一名仵作薛义。这个薛义也被杨同范收买，受命之后，立即动身来到九口塘河滩，命地保重新挖坟验尸。尸体经过几次翻腾，根本无法再验．而他却装模作样，东戳戳西量量，磨蹭了好长时间，一口咬定是具女尸，还说从肋骨中间，验到了刀伤的痕迹。
一张虚假的验尸公文送到了高仁杰的手上，他心知肚明，立刻发下火签，把李荣拿来拷问。 那些如狼似虎的衙役，见汤应求已经成了阶下囚，就拼命巴结高仁杰，棍棒下去，又狠又重，血肉横飞。就这样，李荣在惨叫声中断了气。
李荣一死，再也没人能说清那具尸体是男是女了。于是，等到戴着手铐脚镣的涂如松被推上公堂，高仁杰不由分说，就先下令打五十大板。涂如松被打得皮开肉绽，即便是铁打的汉子，也难受此等酷刑，他口里喊着：“罢罢罢！死了吧，死了吧！”就招认是自己杀了妻子。
高仁杰得了口供，当场判定杀人犯涂如松死刑，包庇犯汤应求革职充军，李献宗糊涂失职，杖责一百，逐出衙门。他吩咐将一千人犯先行关押，等禀报上司批复后执行。
李献宗被杖责一百大板逐出衙门，跌跌撞撞地回到家中，他不用多想，就认定这是一起冤案。他想起邻近古城的黄安知县陈鼎，为官刚直不阿，决定前去求他相助。
李献宗边走边想着心事，忽听有人喊他，原来是城里摆豆腐摊的老徐婆。她说前天早上杨家大娘子难产，请她帮忙接生，她去后一看情形紧急，就大叫再来人帮忙，丫环急拍墙壁喊三姑，只见从墙壁的暗门里窜出一个浓妆艳抹的年轻女人来，经过一番折腾，孩子总算生了下来。老徐婆认出她就是杨三姑，只是装作不知道。
黄安知县陈鼎，虽为七品小官，却才识过人，他对九口塘尸案早存怀疑，一直在冷眼旁观。这天傍晚，忽听门人来报，古城县被开缺的刑．房书吏李献宗求见，便说快快请进。当陈鼎听完李献宗的叙述后，随即透露了一个消息：皇上批准了总督迈柱关于判处涂如松死刑的上奏，已派湖北巡抚吴应棻前来传旨，估计明天就会路过黄安前往古城行刑。
第二天中午时分，只听鼓乐声起，一群差役手执“肃静”“回避”的大牌慢慢而过，一顶四人大轿，前呼后拥而至。这时李献宗不顾一切地从围观的人群中冲到大轿前，连声喊着“冤枉”跪倒在地，双手将状子高举在头顶。
吴应棻命人接过状子一看，大吃一惊：他奉旨前来，正是为九口塘尸案处斩人犯的，如今竟有人冒死翻案，看来情形非同一般！当天晚上，吴应棻细细地看了这份诉状，同时又对照了总督迈柱的奏报抄件，竟然大相径庭，不觉暗喜在心。原来他此番前来，雍正皇帝另有密诏，要他顺便查访年羹尧同僚迈柱的动静，如果发现异常，立刻上奏。眼前这个案子，正好让他抓住把柄。吴应棻也不按当时的规矩，让李献宗滚钉板验真心了，而是让人悄悄将他带到后堂，客气地进行了询问。
李献宗刚说完，吴应棻就脱口而出：“本官明日就授命陈知县，前往古城杨同范家中，搜拿杨氏就是。”李献宗连忙摆手说：“使不得，使不得！杨同范身为生员，却是古城一霸，有财有势，耳目众多，要是这么明火执仗地去缉拿，他很快就会得知风声，极有可能将杨氏转移，或干脆杀人灭口，到头来赔上我一条命是小事，这个大冤案就再也无法昭雪了！”
吴应棻一听也对，又连忙讨教对策，李献宗随即说道：“巡抚大人暂时不要去古城，以免惊动高仁杰，而密令陈鼎带着捕快，扬言要去查访本县逃往古城的几个暗娟，趁其不备，闯进杨家，捣毁夹墙，一举捕获杨三姑，然后即令陈知县开堂复审。”吴应棻听罢大喜，立刻命人传见陈鼎，要他连夜动身。
这天一早，杨同范刚从杨三姑暗室出来，忽听丫环来报，说有个年轻女子求见。杨同范匆匆洗漱完毕来到客厅，果然有一个天仙般的女子站在那里。可忽然跑进一个家人，报说外面来了一位官员，带着几个公人闯进后宅，要追查一名逃跑的暗娼。
杨同范听说官员带人追查，手忙脚乱地把那女子推进夹墙暗室，转身向外迎去。就在这时，陈鼎已出现在面前，喊了一声“搜！”那些捕快立即推开杨同范，准备动手，可忽听从夹墙里传出喊声：“别难为杨生员了，逃犯是我，就在这里！”众人寻声一拥而上，打开夹墙暗门。杨同范一时惊呆了，只见那女子出来笑嘻嘻地道：“杨生员，多谢指引，麻烦你了！”杨三姑乖乖就擒，杨同范这时才知中计，但为时已晚，一根铁链套上脖子，被带走了。