嘉庆又传令廷审。这时朝中官员们已知道嘉庆的心思，无人再敢坚持原判，于是不再认定张寅即是李福达，只说张寅犯有“妖言惑众”罪。嘉庆看了奏章仍不满意，令法司再审，戴罪立功，并亲自派人将最早经办此案的有关官员如马禄、李璋、李理、章纶等人捕系狱中。法司无可奈何，只好推倒原判，称张寅和李福达毫无牵扯，张寅是一良善百姓，因与薛良结有小怨，被薛良诬告。现已将薛良捉捕入狱，予以严惩。
嘉庆知道结果后，仍不满意。他现在要达到的目的是通过此案，狠狠收拾那些他认为暗中心怀不满处处与他作对的大臣们。于是他干脆下令任命自己的亲信桂萼等人接管刑部，都察院，大理寺三个中央级司法部门，并将原先这三个司法部门的最高官员们，如刑部的颜颐寿、王启等人；都察院的聂贤、刘文庄、张润等人；大理寺的汤沐、徐文华等人一网打尽，统统抓进牢狱。顿时三法司群龙无首，乱作一团，剩下的中、下级官员急急如丧家之犬，惶惶如漏网之鱼，整日提心吊胆战战兢兢，不知何时自己也被捉进大牢。
桂萼到任后，即将马禄拿到严刑拷打，马禄咬紧牙关不承认自己有罪。桂萼又搜查马禄的衣物，从中翻出马禄与朝内几位重臣如贾泳、张仲贤、阂楷、张英以及汪渊的私信。于是贾泳赶快引咎辞职，剩下的人一律被捉进牢房。接着，桂萼又公报私仇，上章指责以刘琦为首的十五名大巨拉党结派，横行不法，于是刘琦等十五人也一块儿被关进铁窗后面。大臣汪元锡、余才私下里对此案的审理说了两句不满的话，被桂萼派人侦听到，当即被押了起来。此时朝上朝下一片风声鹤唳，谁也不敢再多说半句，多行半步。
桂粤收拾了朝巨后，开始收拾马禄。马禄起初虽咬牙不承认有罪，无奈桂萼变着法儿地给他上刑，弄得他活不了也死不了，日日夜夜经受万般痛苦。俗话说“人心似铁，官法如炉。”最后马禄为不再受苦求得速死，便按桂萼要求，承认自己陷害张寅，目的是把郭勋牵连进去，替那些挨过皇帝廷杖痛打的朝臣们出气。
桂萼现在开始结案。他上奏称，张寅并非李福达，被刁民薛良诬告。马禄等人与郭勋为仇，借此案兴风作浪，包藏祸心，现已真相大白，可以了结。嘉庆看了表示满意，令其处置与此案有牵涉的群臣。桂曹的处置是:以李璋为首的五名官员永远监禁；以刘琦为首的七名官员发往沪境充军；以聂贤为首的十一名官员削职为民；以颜颐寿为首的十七名官员革职闲住，地方官员革职闲住的又有五人。薛良以诬告罪处死，众证人以伪证罪充军，马禄以“入人于罪”流放，张寅放还归乡。
嘉庆看了奏折后，对处置结果表示赞同，唯独对马禄觉判得过轻，认为要处以死罪。桂萼等人认为张寅虽受牢狱之苦但终未丧命，若杀死马禄，用命来抵罪，恐天下不服，也不合“一命偿一命”的古训。请将马流放到云贵一带人烟稀少之处，永远不准离开当地，任他和他们的子孙自生自灭。大学士杨一清也多次劝解，最后嘉庆皇帝才算照准。
第二年九月，嘉庆怕天下人不服此案的审判结果，为使臣民百姓心服口服，下令编纂《钦明大狱录》一书，书中详细搜集有关此案的各种资料，颁示天下，以塞众口。
在此案的审理过程中，虽然有很多朝臣官员认为桂萼挟嫌报复，陷人入狱，但是因李福达生性奸诈，行踪无定，姓名多变，身世不详等特点，也有不少人怀疑张寅是否真是李福达。其疑点大致有四:
①传闻李福达有朱砂痣、龙虎形，但张寅没有。