清朝雍正年间，陕西华州知州刘淳阳鱼肉百姓，大肆搜刮民脂民膏。刘知州的儿子刘衙内也整天吃喝玩乐，招鸡斗狗。
一天，刘衙内与手下一班衙役去南山根前胡吃海喝，吃饱喝足照例要到山上逛逛，走到半路就被毒蛇咬伤了。华州南山位于秦岭北麓，山上各种毒蛇猛兽不少，每年都有人被毒蛇咬伤或被猛兽攻击，刘衙内被蛇咬伤并不稀奇。众衙役眼看刘衙内口吐白沫，面皮发黑，早已吓得魂飞魄散，七手八脚把他送到华州衙门。
刘知州就一个儿子，眼见他不省人事，又惊又气，把衙役打了一顿板子，然后差他们立即找大夫。谁料刘知州平时官品忒差，竟没人应承。
刘知州急得团团转，这时候，师爷给他出了个主意：“城西陈家铺子的老秀才陈舟同有祖传秘方，专治毒蛇咬伤。”
说起这陈舟同，在当地可算是个名人，他十六岁乡试中了秀才，后来却屡试不第，考到五十多岁还没中举，后来就索性不考了，专门经营祖传的药铺。
俗话说，秀才学医，笼中捉鸡。陈秀才却没有这个天分，一般头疼脑热倒也能将就开两服药对付一下，一旦遇到稍微疑难的症状，他就束手无策。但是陈家治疗毒蛇咬伤的秘方，却相当有名，连周边府县也尽人皆知。方圆数百里之内，任谁家有毒蛇咬伤的患者，送到陈家，倘若还有一口气在，多能起死回生。而陈舟同依着祖训，救人危难，对于无力支付药费的乡民，陈舟同也乐意免费施药，所以陈家在当地落下了好名声。
关于这祖传蛇药，还有一段来历。据说，陈舟同祖上原本是南山山民，以种地打柴为生。一日大雪，陈家祖上打柴回来，见门口躺着一个僧人，已然冻僵，命在旦夕。他将僧人抬回家，救治了数月，僧人才逐渐恢复。
僧人对陈家人说：“我是云游的僧人，来到你们华州地界，不想遇到了强盗，幸亏你施救才得重生。我今要远行，无以为报，却有一个治病救人的方子与你。”说完僧人把方子说给他听，教给他制药炼药的流程，这方子才流传下来了。
刘知州听说，赶紧派人去请。来人到了陈舟同的药铺，陈舟同却说：“真不巧，祖上有规矩，这个药方医民不医官。恕难从命。”
差人回到衙门一报，刘知州气得鼻子都歪了，看着宝贝儿子刘衙内在炕上抽搐，脸色发青，眼见快不行了，就跟衙役说：“给我绑回来！”衙役们一听，有你这句话就得！于是又一次来到陈舟同的医馆，也不跟陈舟同废话，绑了就走。
这下陈秀才倒了霉，平白无故还吃了官司。可是想来想去，也不知道该怎么办，索性等见了刘知州再说。
到了刘衙内的病榻前，陈舟同却皱起了眉头。按道理，只要这刘衙内还有一口气在，吃了他家祖传的蛇药应该能药到病除，可“医民不医官”的祖训陈秀才可不敢忘，这刘衙内虽然不是官，可是个“官二代”，给他治伤必然违背祖训，若治不好，自己便吃不了兜着走。
关于“医民不医官”这一条，陈舟同也问过父亲，陈父也说不出个所以然来，只说是祖上曾经有人给官员治过，前期有效，没几天那官员就一命呜呼，死状与蛇毒发作无异。如果说一次算是巧合，可后来又有两位官员服了该药毒发身亡。而这位祖上也因此惹上了官司，身家性命都赔上了，后人舍命保存了这个药方。这位祖上临刑前才给后人留下了这么一句话。
陈舟同坚持“医民不医官”，不肯施药，刘知州病急乱投医，直接扣了陈舟同，差人给其家人捎话：拿药换人！
刘衙内在榻上呻吟，刘知州心如刀绞，俯下身子为儿子吸毒血。不想自己也头晕眼花，不一会儿，也倒在了地上。
陈家人接到信儿，赶紧把药送到了衙门。这时候，刘衙内只剩下一口气，刘知州也昏迷了。众人赶紧给二人喂了药，不出半天，中毒不深的刘知州已然恢复，刘衙内也已经从昏迷中醒过来。
然而才过了一晚，刘知州父子二人就双双毙命。陈舟同知道自己活不成了，刘家父子前脚死，他后脚就进了死牢。
按照清朝律例，陈舟同的案件，华州衙门无权审理，却有权说明情况，并将人犯和案件初审情况上报。陈舟同的卷宗就这样到了陕西巡抚史贻直的手上。
史贻直是雍正朝重臣，与年羹尧是同科进士，为官清正廉洁、爱惜民力。他看了这个案子的卷宗，眉头紧锁，卷宗上说：陈舟同庸医误人，又屡试不第，挟私泄愤云云。
史贻直感到蹊跷：陈舟同与华州知州刘淳阳并无冤仇，至少在科举上，与刘淳阳并无交集。老秀才屡试不第也不至于毒杀两命泄愤。
经过审讯，史贻直觉得案情比较复杂。解释不清楚“医民不医官”的缘由，这个案子就结不了。
史贻直让下属林清去华州彻查，林清心思缜密，又颇通医理。他查阅了陈家保存的医案，发现了一个重要问题：“医民不医官”只是个大致的结论，并非完全准确。因为官员也并非完全不治，而被毒蛇咬伤的普通百姓，也有服了陈家药而无效身亡的。
林清查到最近的无效案例发生在三年前，南山一位山民被毒蛇咬伤，陈家蛇药并无药效。林清于是找到该山民的家人，进行了详细询问，包括其饮食起居等习惯，没有可疑的发现。
回到华州衙门，因为林清是巡抚衙门的差人，华州衙门自然要有所表示，请客吃饭还是必要的。于是，在一大堆官员簇拥下，林清坐在了首席。宴席中有一盅鱼汤，林清不曾见过：“这是什么汤？”众人解释：“林上差怕是外埠人，此乃本地特产——娃娃鱼，肉质鲜嫩，汤汁清香爽口。”林清笑笑：“怕是官员迎来送往，这娃娃鱼汤是少不了的。”众人道：“当地特产，自然招待贵宾。”林清若有所思。
第二日，林清又去州内查了一些蛇毒致死而药方无效的案例，立即明白了“医民不医官”的缘由。
原来，林清查到那位三年前被毒蛇咬伤且服药无效身死的山民有一个饮食习惯，就是喜欢吃娃娃鱼。娃娃鱼又叫大鲵，长在秦岭山中，因叫声酷似婴儿，被当地人称作“娃娃鱼”。该物成长期较长，且生活在深山暗河之中，因此非常珍贵，历来成为华州衙门招待的指定特产。因捕捉不易，价格昂贵，州府各衙门常年高价收购，当地人捕到之后，自然舍不得自己吃，几乎都卖到附近的州府衙门。
凡吃过娃娃鱼的伤者，陈家蛇药就没有药效。为了证实自己的观点，林清找到两只羊做实验，一只喂食娃娃鱼汤，另一只则不喂，然后以蛇毒投食，再用陈舟同的蛇药施救，结果证明林清的勘验结果是正确的。
史贻直这才放心，判陈舟同无罪释放，并把案情原原本本上报。而刘淳阳尽管已经身死，史贻直仍然以“侵扰百姓、恣意妄为、民怨载道、圣恩难泽”等罪名，参了他一本。
陈舟同这才明白，所谓“医民不医官”，并不是说这个药“嫌富爱贫”，而是与娃娃鱼犯冲，一旦被毒蛇咬伤，此药必然无效，而娃娃鱼作为华州衙门招待专用食材，官员必然经常食用，因而服用此药多无效，而平民百姓对于娃娃鱼这样的稀罕物，能吃者甚少，外埠少此特产，也当然没有这般口福，蛇药才能有奇效。
知道了缘由，陈舟同之后治疗毒蛇咬伤，就总是先问病患是否吃过娃娃鱼，才敢施药。又过了几年，陈舟同悉心研究医理，并且在林清的指导下，终于找出了秘方中与娃娃鱼相冲的成分，用其他药材替代，才解决了“医民不医官”的魔咒。