藤野严九郎生于日本福井县，世代为医，藤野严九郎是藤野家第六代医生。他生于1874年7月1日，9岁时父亲亡故，由大哥二哥抚养。严九郎排行老三。他在读小学时，同时跟酒井藩校教师野坂先生学习过汉学。1892年4月，从福井学校中途退学，进入爱知医学校，1896年10月毕业，留校作解剖学教师奈良坂的助手。1897年5月，得到医生开业证明书。同年7月后，在东京帝国大学医学院学习解剖学一年。1901年10月，藤野应聘到仙台医专任解剖学讲师，其时藤野刚刚满27岁。他和敷波重次郎教授担任一年级的解剖学理论，他还担任二年级的解剖实习和局部解剖学。一年级的专业课只有解剖学，一年级的正副班主任大体上照例由敷波和藤野担任。班主任管理的范围很广，据当时仙台医专规定，诸如学生的学习态度、学生的管理教导、出席情况、考试成绩的统计以及教室的整理和保管，都由正副班主任负责。
年7月6日，即大约鲁迅到仙台前两个月，藤野由讲师升为教授。
藤野生活朴素，当时教授上课，来回都坐人力车，而藤野则是步行，他住在空堀町，离仙台医专有步行三五分钟的距离。鲁迅离开仙台前曾到他家去过，他送给鲁迅一张照片，背面写上：“惜别藤野谨呈周君。”鲁迅为了安慰藤野，曾故意说：“我想去学生物学，先生教给我的学问，也还是有用的。”据说后来藤野跟侄子藤野恒三郎说过：“周君是个好学生……但不是当医生的人。看来是为研究生物学才学生理学和解剖学的。”恒三郎说，听藤野先生的口气，他是相信了鲁迅分别时为安慰他而说的想学生物学的话。
年，东北帝国大学成立，1912年仙台医专并入，成为东北帝大医学部，所有校舍、教职员、学生原班未动。1915年决定成立东北帝国大学医科大学，藤野因学历不够，被迫于6月底提出“请求免职”，7月1日降为临时讲师，8月9日被解除讲师职务。
藤野因生活关系，认为可以搞一搞耳鼻喉的工作，到东京三井公司的慈善医院就业。1919年回故乡自立诊所，1945年在福井逝世。