压迫新四军，“设法使其与中央部队自相火并”
1940年末，鉴于两军摩擦甚多，国民政府命新四军在1940年内撤往黄河以北之冀、察两省。至1941年初，国共军队遂在皖南发生剧烈冲突，是为“皖南事变”。关于事变之前因后果，学界已有较充分之研究。唯日军在该事件中扮演了何种角色，似鲜少被言及。
就事变发生之前而言，在新四军方面有一种很大的忧虑，即认为国军有可能借日军之手消灭自己。
如1940年12月，刘少奇、陈毅在给的电报中说：“我江南部队准备即日北移，因国民党人大肆宣传，致敌已增兵封锁扫荡，渡江困难，而李品仙又派三个师……声言要消灭新四军于江北……”后来的军史更将这种忧虑“坐实”为国民政府的“阴谋”：“在新四军正欲开动之际，他们故意泄漏新四军北移时间和北移路线，实际上不啻向敌人告密，使日军在新四军北移路线上加强了封锁。”并指“国民党顽固派精心策划的阴谋”，是要“同日伪军夹击消灭”新四军。
但在国民政府方面，其对日军的担忧，与新四军大不相同。据1940年12月蒋介石侍从室获得的一份日军情报，“沪敌军部参谋长樱井”晋见中国派遣军司令官西尾寿造，曾商议压迫新四军的计划，“对散驻京沪杭地区之新四军，决迫其向皖南退却，并设法使其与中央部队自相火并”“对散驻长江北岸皖豫边境之新四军，决动员第一五、第一一六等师团之一部兵力进袭扫荡”。换言之，日军更愿意通过压迫新四军，造成其与国军火并的态势。
1939年，周恩来(右三)在皖南新四军军部与叶挺(右一)等合影。
依据国军经验，日军扫荡有周期可循，通常每季度一次。国军要进攻新四军，就必须抓住两次扫荡的间歇期。上官云相在此期间做了如下部署：“第二游击区抽出第四十师后，其余各守原防，尽量多控置机动部队，准备应急使用。第二十五军的五十二师和一〇八师，各仅留少数的一部对日寇监视守备，抽出主力准备对新四军作战。第五十军的一四四师、一四五师以及新七师之第二旅，各留一部仍归该军部指挥，对日寇监视守备，抽出主力由刘副总司令雨卿指挥，准备对新四军作战。”可见国军在“围剿”新四军前，对周边日军进行了谨慎防范。
有资料说，皖南事变期间，“日寇看到蒋军防线有隙可乘，曾从南京抽调一部兵力，前锋到达芜湖、湾址以南的九里山地区，另有一股由高淳向郎溪(原四十师防区)进扰”。日军“及至闻悉蒋军在围攻新四军，当又退回原防。”也就是说，日军并未趁皖南事变发动攻势。
攻击国军，“蒋介石要驱逐华中共产军去华北，破坏日本利益”
一度曾判断认为，皖南事变之目的，是国民政府想通过“反共”，使日军停止进攻，“日本会坐山观虎斗”，等“拖过几个月，希特勒就会迫令日本南进，中国就太平了。”
但这种判断很快就被证明是错误的。蒋介石取消新四军番号后仅仅几天，日军就发动了豫南会战，目标是正在与新四军对峙的汤恩伯部。缘故之一乃是：在日本陆相东条英机看来，“蒋政权内部打架固然不能抗战，但日本决不依赖国共纠纷，而是依靠自己力量解决中国事件”“华北是日本的根据地，蒋介石要驱逐华中共产军去华北，破坏日本利益”。为不使蒋介石得逞，日军遂决定出兵阻止国军这一“阴谋”。
同期，中共中央也指示，“必须以长期的游击战来坚持华中阵地，决不能退让，也决不能向华北、华南转移”。同时命原新四军彭雪枫、张云逸、李先念三部“利用日蒋矛盾及目前日寇向豫北、豫西进攻机会”，发展力量。其中彭雪枫“待汤(恩伯)、李(仙洲)、何(柱国)大部向西应战淮西空虚时，渡过淮河，向淮河、平汉间发展”。“如敌军打汤、李、何后，移向在大别山集中的桂军主力进攻，张(云逸)、邓(子恢)就可将主要发展方向移至皖西”。李先念的任务则是在鄂西、豫西“随着日寇的进展向前推进”。
国民政府宣布取消新四军番号的做法，也产生了反效果。中共中央命令彭雪枫等“恢复新四军番号，如将来华北部队南进，亦用新四军番号”，同时“新四军现在是被蒋介石宣布为叛军了，他可不受任何法律拘束(国民党元老中有忧虑浙、赣、皖、豫将遍地皆匪者)。”
简言之，日军虽未直接介入皖南事变，但其不可忽略的存在，于事变前，曾严重影响了国共双方的决策;于事变后，更曾竭力阻止新四军被迫入华北。