张居正在改革的过程中，为了改变赋役严重不均的状况，减轻无地或者少地农民的赋税，后来又下令在全国推行“一条鞭法”。这样，又为明政府的财政增加了不少收入，也减轻了农民的许多负担。
张居正在进行这些改革的同时，还做了许多加强边防的工作。明神宗时发生庚戌之变 ,那时，张居正也在北京，他目睹了俺答军队围困北京的局而，他内心深有感触，他就决心对边防加以整顿，加强力量。
俺答汗的部落多，力量强大，历来是明朝北部边塞的劲敌。庚戌之变发生后，明朝又和俺答部发生过几次交锋，当时在边境的老百姓一直都深受战乱骚扰之害。在穆宗在位第四年的时候，俺答汗把外孙女三娘子从她的未婚夫袄儿都司手里抢来做为自己的妻子，为了消除袄儿都司的怨恨，又将自己的孙子把汗那吉的未婚妻赏给了袄儿都司。这下子触犯了把汗那吉，他在恼怒气愤之下，联络部属阿力哥等人，一起跑到大同归附明总督王崇古那里。王崇古一面善意款留，另方面派人上报朝廷，请求优抚把汗那吉他们。他的建议得到了张居正的赞赏，就极力主张采纳王崇古的建议。于是，明政府封把汗那吉为指挥，阿力哥为正千户。 事情发生后，俺答汗会集各部人马，重兵压境，要求明朝遗还把汗那吉。当俺答汗得知孙儿把汗那吉归顺后受到明王朝的礼遇，心中也就十分喜悦，就从此息兵和好了。
后来，张居正的父亲死了，按照当时的风俗，他必须离职守丧尽孝三年。当时祌宗小皇帝还很年轻，治国没有经验，而且张居正也不甘心因守孝的事，中断自己谋划已久的政治改革。于是，由皇帝出面，下诏书挽留，说是公务需要，不必离职守丧，这在当时是被看作 “夺情”的。这一来，一些反对改革的政敌就用这个做借口，趁机群起而攻之。张居正虽然有宦宫冯保和皇太后的支持，最后由明祌宗做出裁决，把这些反对派惩处了结了，但反对派们的斗争没有止息，张居正就是在多方阻挠和诽议的情况下，推行他的政治改革的。
祌宗十年时，张居正死了。他死后不久，就又遭到反对派的诬陷，结果封号被革除了 ，家产也被抄没。他的长子张敬修被逼自杀，次子张嗣修和他几个孙儿被发配到边远地区充军。就这样，在他执政10年间所进行的一些改革，像皂沫一样地幻灭了。