福莱医生将他的剩余行李，包括标准化箱在天津就地疏散了：一部分存放在瑞士商人在天津建造的仓库里，一部分存放在法租界巴斯德研究所，一部分存放在中国友人家里。疏散前，福莱医生没有打开过标准化箱子。
战争结束以后，装有北京猿人化石的标准化箱子下落不明。中国的无价之宝经美国海军陆战队之手，由北京至秦皇岛，由秦皇岛至天津，最后在天津失踪。
北京猿人化石到哪里去了？一种说法是，标准化箱在秦皇岛被装上了“哈里逊总统”号轮船，但该船不幸在赴美途中沉没。北京猿人化石沉入了海底。有人说，轮船没有沉没，而是中途为日军所截获，化石落入日军之手，后来下落不明。
另一种说法是，北京猿人化石根本就未出北平城，它被埋在美国驻京公使馆的后院里。一个在美国海军陆战队总部门口担任过守卫之职的卫兵回忆说，珍珠港事件爆发前夕，他看到有两人将一箱东西偷偷地埋在院子里，他估计有可能是北京猿人化石。当年埋宝的地方，现在造有建筑物，因而无法挖掘。真假如何，尚是未知数。
还有一种说法是，标准化箱被福莱医生在天津疏散后，最终落入了日本人之手。1942年8月，有两个日本考古学家到北京协和医院寻找北京猿人化石。得知化石被转移的消息，日本华北驻屯军司令部指派专人进行跟踪搜寻，关押、拷问了许多人。两个多月后，有消息说在天津找到了北京猿人化石。
但后来又有消息说，在天津找到的东西与猿人化石无关。孰真孰假，不得而知，日军搜索化石的行动就此中止。有关人员被释放却是事实。从迹象看，日军不见真宝岂能善罢甘休?抗日战争胜利后，有关通讯社报道，北京猿人化石在日本东京被发现，东京帝国大学已清点后交盟军总部保管，即将由盟军总部转交中国。然而中国政府日后从盟军总部接收的物品清单中却没有为世人所瞩目的北京猿人化石。
为此，当时中国驻日本代表团顾问李济曾多次在东京寻找化石下落，盟军总部应中国政府之请亦动员驻日盟军广泛搜寻均未果。
还有一种说法，福莱医生当年分三处存放的行李并未被日军搜去，装有化石的标准化箱仍存放于三处之中的某一个地方。天津市公安局在20世纪70年代初曾进行过调查，获知1949年瑞士商人在天津开设的伯利洋行曾伙同北京总行进行过走私活动，走私物品不详。
年，美国巨商詹纳斯悬赏15万美金，寻找化石下落，世界各地提供了三百多条线索，但一一被否决了。北京猿人化石的下落也许真就成了一个永恒的迷。