这个阶段，蒋介石的威望持续高涨，他对外宣布，他走到哪里，哪里就是国家。而衣着优雅有教养的宋美龄则引起了西方记者普遍的好感，他们对她救助伤病员的计划和募捐冬衣的计划都全部予以支持，韩素音说她是集所有中国女性传统美德于一身的人。她从香港定制了特殊的纸张，用于出版她的演讲集，里面都是她关于战争与和平的演说，发行到国外去，这也是她在战争中所做的中心工作之一。
在南方，日军占领了福州和汕头，广州的抵抗也难以维持。这就意味着继续守在武汉已经没有意义了，因为南方的补给不再能通过海路运输到广州然后北上了，作为临时首都的武汉已经没有保卫价值，尤其是敌人占领了离武汉只有90公里的一个峡谷上的堡垒的时候，城里的人开始了大流亡。1938年“双十节”的时候，是蒋在武汉的最后公开露面，24日上午，他要求所有高级将领离开，他们说他不走，他们就不会走。当晚，他和宋美龄在武汉机场会合，炮弹不时落下，这时候，两架准备运送他们走的飞机都因为各种问题而起飞不了，后来是中国全国航空公司的飞机赶来接走了他们。在满城大火和满机场逃难的人群中，蒋夫妇飞到古城长沙，这个兵荒马乱的城市在几天后遭遇了焚城，但是蒋介石声明并不是他的命令，宋美龄随后也出面解释，并不是他们的要求，蒋介石这时候在南岳衡山召开军事会议，他宣布“宁为玉碎，不为瓦全”。敌人只是以烧焦的一座座城市来炫耀武力，可是日本人已经深深陷入泥潭，他们将踏上更加危险的土地。
重要城市的相继陷落，并没有导致中国政府的垮台，长期抗战开始进入僵持局面，四分之三的农村地区，三分之二的人口，始终还在国民政府的控制之下。11月军事会议上，蒋介石宣布，第一阶段的战略任务已经完成了，中国军队已经拖垮了敌人，第二阶段重点在改进部队的作战能力，希望能够转守为攻，一年之后希望发起总的进攻。中国现在的任务是，以坚韧、忍耐、延缓、持久之道，致其死命也。
接下来的7年里，蒋一直是大体遵循这一战术，他同时对任何反攻定下了严格的标准，不能战胜敌军的时候，一定要采取守势。
大迁移到1938年底达到了高潮。一种缓慢进行的变动，正把中国的力量往西集聚，人们源源不断地把物品、设备历经艰辛地从占领区转移到独立区，交通工具什么都包括，既有火车和轮船，也有马和苦力，各种类型的运输能力把半个中国的物质基础搬迁到中国的西部去，峡江里的纤夫艰难地拉绳前进，一座纺织厂放在300个舢板上，一半沉没，又被打捞出来，再次前进，有的工厂在路上走了一年才复工。山路之上，既走着工人，也走着教师和学生，更走着一些不甘当亡国奴的百姓，这似乎就是中国不可征服的地方。
1938年12月28日，史迪威在重庆见到了蒋介石，他和宋美龄住在重庆郊外一处只有十余间房子的官邸，四面是高墙。他们非常热情而坦率地和史迪威谈论了未来的抗战。定都重庆是蒋介石在红军长征时围追堵截中产生的想法，四川，这个中国最大的省份再加上邻近的两省，将会成为国家重建的脊柱，以及长期抵抗日本人的中心，他认定，即使失去别的省份，只要西南几省能保住，那么就能打败敌人、恢复国家，以及完成最后的革命。
一个更为复杂的抗战时代开始了。尽管有这种乐观信心，但是此时的中国，失去了自己九成的工业基础，军火工业需要重建，他的城市税收体系已经崩溃，尽管从北边的蒙古直到南边的海上都有抵抗部队，但却是一片混乱，必须重新在防区征兵。征兵制度越来越扰民，各个村镇开始怨声载道，1938到1945年，有1400万壮丁被征兵，其实并不算高，尤其是与日本和苏联相比，但是旷日持久的战争使普通民众百般逃避征兵，造成军队素质低下，而贪污和滥权，也在毁灭中国军队。
1939年，捷克被德国占领，蒋介石所预期的世界大战即将爆发，届时中日战争所面临的国际格局即将变化，全球的绥靖浪潮即将退去。他分析英国应该早与苏联签订条约，可是，这个重要的建议，并没有被丘吉尔、罗斯福和多数观察家所重视。
主笔/王恺