8点30分，甘利洋司发回了第三份电报：“敌军后方似有一艘航母伴随。”紧接着又报称：“再发现敌巡洋舰两艘。”恰在此时，南云部队前卫的“雾岛号”战列舰也突然报告：“发现敌潜艇！”——瞭望哨看到的是美国潜艇“鹦鹉螺号”，这艘孤零零的哨戒潜艇企图向“雾岛号”发射鱼雷，却被对方灵巧地躲过。为避免夜长梦多，南云下令前卫部队的“长良号”轻巡洋舰和“岚号”驱逐舰单独出列，执行反潜搜索任务。
混乱的局面还在继续。就在“鹦鹉螺号”的风波刚刚过去之时，完成第一次空袭任务的友永机群也回到了母舰上空，摇动机翼要求降落。此时“赤城号”和“加贺号”的甲板上正凌乱地排布着尚未装上鱼雷、仍挂着800公斤炸弹的九七式攻击机，“苍龙号”和“飞龙号”的九九式轰炸机也排列得整整齐齐；如果不赶紧腾空甲板、回收第一波攻击队，友永的飞机就将因燃料耗尽而掉进大海。究竟是按原计划继续完成换弹、直至攻击队顺利起飞，还是先腾空甲板、回收第一波飞机呢？升降机的电铃声，扩音器的号叫声，飞机发动机的轰鸣声，信号兵的叫嚷声……种种喧嚣混合在一起，如暴风骤雨一般，令习惯于四平八稳的南云感到坐立不安。
重重压力之下，南云选择了一个看上去最稳妥的方案：8点55分，他下令把甲板上所有已经换上鱼雷的九七式和尚未完成换装的飞机一起送回机库，然后回收友永的第一波攻击机群。第一波攻击队将和其他飞机一起在机库内挂上鱼雷和250公斤炸弹，随后同时出击、一举歼灭美国舰队。由于之前起飞的36架零式战斗机燃料也已告罄，南云下令他们和友永的飞机一起降落加油。这样一来，日本舰队的中高空防御就出现了巨大的漏洞。有鉴于此，南云命令舰队暂时北撤、避敌锋芒。忙碌到9点18分，友永的攻击机已经回收完毕。就在这时，来自“大黄蜂号”的15架TBD“蹂躏者”贴着水面飞了过来。
“大黄蜂号”的第8鱼雷机中队运气很不好：他们在起飞后就与护航战斗机散失，随后又因为南云舰队的北驶而找不到目标。直到9点18分，带队的瓦尔德伦少校才从云层的空隙中找到了“赤城号”的甲板。TBD向母舰通报了日本舰队的最新位置，随后英勇地向日舰发起了突击。结局是悲剧性的：低空布防的日本零式战机将15架飞机全部击落，30名机组成员中只有乔治·盖伊少尉坠海生还，他们发射的鱼雷也无一命中。
“大黄蜂号”的35架SBD和伴随的F4F“野猫”此时正在南方海面上打转。当他们接到关于日舰新位置的报告时，燃料已经不足，不得不在没有进行攻击的情况下掉头返航。35架SBD中有21架回到了母舰，另外14架飞往中途岛机场着陆；10架F4F则因为燃料告罄，提前迫降在了海面上。
15分钟后，“企业号”和“约克城号”的两个中队鱼雷机也到达了日本航母上空。他们的运气与第8中队一样差，26架飞机中只有6架生还，两位中队长林赛少校和梅西少校双双牺牲。南云忠一的“手气”实在是好得发烫：他的舰队在短短半小时内遭到了41架鱼雷机的攻击，却没有被一枚鱼雷命中，还打下了35架来袭者。现在，他还需要一点点这样的运气，因为再过一个多小时，到上午11点，54架九七式攻击机、36架九九式轰炸机和12架零式战斗机就将满载着鱼雷和炸弹起飞，把东边的美国航母及其护卫舰全部送下海底了。
只可惜，他的运气已经用完了。
“命运的5分钟”