14点10分，垂死挣扎中的“加贺号”发现附近的海面上伸出了一根潜望镜：那正是引发整个巧合的“鹦鹉螺号”。它向燃烧中的航母发射了3枚鱼雷，其中2枚脱靶，1枚撞上右舷折断。傍晚7点25分，这艘日本海军最大的航空母舰终于发生弹药库爆炸、断成两截沉没，有800名舰员就此丧生。在那之前12分钟，“苍龙号”已经带着包括柳本舰长在内的718人沉入了海底。
“赤城号”的挣扎还在继续。该舰只中了两枚炸弹，当然不会如“加贺号”一般早早被放弃。但因为中弹之处皆是关键部位，状况并不乐观。大火点着了舰桥下方的一架战斗机，随后顺着过道烧进了舰桥，加上无线电中断，军舰已经丧失了指挥能力。10点46分，草鹿参谋长建议把司令旗转移到轻巡洋舰“长良号”上，南云勉强表示了同意。由于舰桥底部的过道起火，指挥人员不得不通过一条绳子从下部舰桥的前窗滑到舷侧的过道上，随后再扶着绳梯下到“长良号”的汽艇上。此时南云再度冲动起来，他表示要恪守日本海军的传统，与旗舰共存亡。草鹿再也按捺不住了，他几乎是贴着南云的耳朵吼了起来：“应当与‘飞龙号’一起继续战斗！”
无谓的坚持停止了，11点06分，所有人都开始了毫无风度的逃命。参谋们一个接一个地抓住绳子往下滑，刚刚病愈的源田实幸运地滑进了汽艇，矮胖的草鹿则差点卡在窗户里出不去，多亏有人推了他一把，不过还是脱手摔到飞行甲板上、扭伤了踝骨。除了青木舰长和三浦航海长留在锚机甲板继续组织灭火外，渊田美津雄是最后一个离开窗口的人。此时绳子已经被火烧着了，渊田被爆炸的气浪高高抛到半空，接着又重重地摔在飞行甲板上，踝骨和双腿都摔断了。两名士兵从浓烟中冲上来，把他抱进绳网、荡到救生艇上。第一航空舰队飞行总队长就此告别了自己的空中生涯，再也没能回到航空母舰上。
航母安魂曲
当地时间10点50分，即南云忠一离开“赤城号”舰桥后4分钟，依然在北方海域游弋的“飞龙号”接到了第8战队旗舰“利根号”发来的电报：“攻击敌航空母舰！”40分钟后，已经转移到“长良号”上的南云也亲自发出指令：“由第二航空战队司令官接替指挥航空作战。”
第二航空战队司令官山口多闻少将笔直地矗立在“飞龙号”狭窄的罗经舰桥中。作为日本海军中公认的新生代猛将，他早就希望甩开刻板的南云大干一场。“飞龙号”的18架九九式轰炸机已经装好了250公斤炸弹，随时可以起飞。麦克拉斯基的SBD也没有发现这艘漏网之鱼，他们在扫荡完南边3艘航母后就掉头返航了。10点58分，“飞龙号”攻击队在6架战斗机掩护下升空，带着第一航空舰队最后的希望朝东飞去。
当日本飞机前进到TF17以西45海里时，美军“约克城号”的雷达发现了他们。弗莱彻少将派出18架F4F前去拦截，有10架笨重的九九式被当场击落，不过另外8架还是在12点整拼死向“约克城号”发起了攻击。该舰被3枚炸弹命中：第一弹在飞行甲板中部炸出了一个3米宽的大口子，引发了机库内的一场小火灾；第二弹投进了烟囱里，炸坏了前部3个锅炉舱的所有烟道；第三弹命中1号升降机附近，引发了前部汽油库和弹药舱的火灾，稍后才被扑灭。20分钟后，“约克城号”的主机停止了转动，军舰瘫痪在了海面上。弗莱彻不得不把指挥部转移到重巡洋舰“阿里斯托亚号”上，并下令由斯普鲁恩斯接管整个舰队，搜寻并击沉日本人的第4艘航母。
与此同时，山口多闻获得了另一个令人震惊的消息：一架原属“苍龙号”的侦察机（这架飞机是南云稍早时派去核实甘利洋司的情报的）临时降落在“飞龙号”上，观察员报告称：美国人的航母不是1艘，而是整整3艘！紧接着，返回母舰的第一波攻击幸存者也证实：美军确实有3艘航母，其中1艘已被他们炸伤。急不可耐的山本马上派友永丈市带10架临时拼凑的九七式攻击机（每架带1枚鱼雷）再度起飞，在6架战斗机掩护下进行第二波空袭。
下午14点26分，友永远远发现机群前方的云层下面有一艘航空母舰，正在以20节航速向南航行。他哪里知道，那并不是什么新的航空母舰，而是顽强的“约克城号”！这艘伤痕累累的军舰在半个小时内就修补好了飞行甲板，紧接着又重启了失灵的锅炉，恢复了航行能力。友永的机群朝这艘幸运的航母直扑过去，在左舷以外500米处投下了鱼雷。14点43分，第一枚鱼雷命中“约克城号”左舷中部，紧接着另一枚鱼雷在同一位置爆炸，破坏了航母的左舷燃油舱。“约克城号”前部的3个锅炉舱和发电机舱再度进水，全舰电力中断，舵机也发生了故障。由于抽水机无法使用，海水开始从左舷的两个破洞处涌入舰体。10分钟后，军舰左倾已经达到26度，飞行甲板边缘几乎接触到了海面，溢出的燃油开始到处泄漏。14时55分，巴克马斯特舰长下令挂起蓝白两色信号旗——“弃舰！”