最早的生物工程产品可以追溯到数千年前。那时，农业革命使原始人的粮食有了富余，于是为了贮存粮食，有时也想到要转化一些收获物，后来就发展成今天我们称之为发酵的工艺技术。
除苏米尔人即古代巴比伦人在6000年前就已经掌握了酿造啤酒的技术外，埃及人学会发酵面包是公元前4000年前的事，而我国殷墟出土的商代甲骨文中就有了和现代相似的“酒”字。
那时，人们制造这些东西总是离不开接种、搅拌、温度、时间和产品收取等一系列的操作工序。但是，人们还不知道酶在其中的作用，是微生物含有的某种酶使有机物发生了化学转化。古希腊人就曾把发酵说成是“沸腾”。其他以微生物发酵为基础的生产，如发酵乳制品（包括乳酪、酸奶等）和各种东方食品如酱油、印尼豆酵饼等同样有着古老的渊源；而蘑菇的人工栽培则不太久远，如日本的香菇栽培是在几百年前开始的，现在世界温带地区广泛种植的伞菇大约有300年的历史。
这些大都有数千年历史的发酵产品，可以说是最古老的生物工程产品；那些人们在辛勤劳动中总结出来的微生物发酵技术，正是现代生物工程的萌芽。