但科学家在对碰撞前后的物质核算中，却有一个惊人的发现：物质不守恒了。这引发了新的疑问。美国学者勒。皮雄等人早在上世纪70年代，就估算出了自印度板块和欧亚大陆碰撞以来地壳缩短造成的地表损失量可能在57×105至62×105平方公里之间，而将这一数据与地壳的增厚量进行了比较之后，有18×105至30×105平方公里的短缩，即二分之一或三分之一的短缩量不能被青藏高原的地壳增厚解释。
学者推论，这部分未对地壳增厚做出贡献的地壳物质必然横向挤出或由下地壳进入地幔而损失。电磁学探测地球内部信号，青藏高原下有神秘地下空间。然而真正要解开这个谜，必须潜入“地下”世界。魏文博表示，只有在地球内部，才能找到能回答陆地内部造山、青藏高原物质流向等本源问题的正确信号。于是，在1995年，一支由来自加拿大、爱尔兰、中国、法国等国的学者组成的国际联合小组运用了电磁学方法，布置了四条超宽频带大地电磁深探测剖面，希望能找到地球内部反馈出的信息。
之所以运用电磁学原理去探究地壳、地幔，是因为地球内部本身存在电磁场信号。魏文博解释，这一原理很简单，频率越高的信号，了解不同深度的地层结构。通过这些信号的收集可以更清楚了解高原底下的“活动”。当然这种信号也受到很多因素的制约，如太阳黑子、太阳风等等。四条超宽频带大地电磁深探测剖面，由西向东，分布在雅鲁藏布江，代表了青藏高原南部由西向东的整个态势：最西的一条电阻率高，导电性差，而东面的三条电阻率低，导电性好。
这一条线东西方向绵延1000多公里，越往东测得的电阻率越低。通过这些信号的收集可以更清楚了解高原底下的“活动”。当然这种信号也受到很多因素的制约，如太阳黑子、太阳风等等。四条超宽频带大地电磁深探测剖面，由西向东，分布在雅鲁藏布江，代表了青藏高原南部由西向东的整个态势：最西的一条电阻率高，导电性差，而东面的三条电阻率低，导电性好。这一条线东西方向绵延1000多公里，越往东测得的电阻率越低。这一过程类似于液压千斤顶，印度板块相当于插入欧亚板块的活塞，把力传递到整个青藏地区使其上升。
与假说一最大的不同是，大陆块体并非俯冲于青藏地壳底部或上地幔软流层内，而是插入到了青藏下地壳中。“这就像撑起的帐篷，俯冲地壳之下的刚性地幔很可能与俯冲地壳发生折离，并且构成了广阔的地下空间。青藏高原东部表现出高导电性，即是地下空间内的海洋造成的。”“地下海洋沿青藏高原东侧的地壳弧形构造分布，位于青海的阿尼玛卿山之下存在着一个广阔的地下空间，初步估算面积约在10－15万平方公里之间。”赵铭博士称，“柴达木盆地原本是高原，其下也存在地下空间，后来坍塌就构成了柴达木盆地。