故事发生在元朝仁宗延佑元年夏天。陕西人王三和妻子吴氏在京城开了一家小酒馆。吴氏天生丽质，身材曼妙，又做得一手好菜，小两口的生意过得还算顺当。
这一日，王三和妻子商量，决定重置桌椅，扩大规模，也好多挣些银子，准备以后多置些田地，回乡过安稳的日子。很快，王三找到一家木工作坊，和老板李五就相应事项达成一致，王三交了定银，订做数套桌椅。
不久，按照约定，李五带着先期做好的样品来到了王三的小酒馆。说来也巧，王三的表弟张兴正好来京城谋生，暂住在王三家里。张兴也做得一手好木器，看了李五的样品，他找出很多毛病，列出了瑕疵，并鼓动表哥退了约定，由他来亲手打造。张兴这样做，一是自己初来乍到可以展示手艺，以此赢得街坊信任从而立住脚跟；二来还可以为表哥省一笔银子，实在是两全其美。
王三觉得表弟说得有理，就推脱自己不满意李五的手艺，不符合自己的订做要求，要李五退还收取的定钱。李五一听不乐意了，说自己为此准备了大量材料，又专门带样品让事主修正，现在既然反悔，王三应当赔偿自己的损失才是。两人话不投机，竟扭打起来。众人忙将两人劝开，这可惹恼了在京城混饭的李五，他哪里受得了这气，扬言一定要报复王三，让王三等着瞧。
李五离开后，王三召集一帮好友在酒馆吃酒。说起今日打架之事，众人都劝说王三大事化小，小事化了，出些银子让一步就算了。表弟张兴称事情都是因自己而起，便多喝了几杯，时间不大便醉倒在桌上。王三和伙计将表弟搀扶到后院小屋内睡觉，酒过三巡，又都打过了通关，大家有说有笑，带着醉意各自散去了。
第二天早上，发生了一件怪事，王三不见了。妻子吴氏称自己昨晚睡得早，可一直等到半夜也不见王三进屋。表弟张兴酒后睡在后院，天亮才醒来，也不知表哥的去向。想到昨日打架之事，吴氏怀疑一定和木器作坊的李五有关，就找人拟了状纸把李五告到了警巡院。警巡院是元朝在京城设立的地方司法行政机构，主管刑狱诉讼和纠纷。
主办官听了吴氏的哭诉后，觉得事出有因，就命差役把李五拘拿审问，经过严刑拷打，由于忍受不住肉体之痛，李五只好承认自己雇凶杀人，并把具体详情一一道来，并称事后把王三的尸体扔进了城西的河里。可是，验尸官按照李五的招供，却没有在河中找到王三的尸体。
按元代的法律，主办官不亲自验尸，而是由验尸官验尸，然后出具保证书，从而作为定案的依据。这下可忙坏了刚刚上任的主办官，犯人已经招供，眼看着自己侦破了一起命案，上一级长官也催着上报结案，只好硬着头皮让两名验尸官立下军令状，限定十日内找到尸体，否则就要处罚两人。
两名验尸官不敢怠慢，心想不能让刚上任的主子丢了脸面，就抓紧寻找。可是眼看着十天的期限到了，费了好多工夫，仍然没有找到受害人的尸体。主办官下令，用竹板责打他们，之后又设定了五日的期限，两人依然没有找到，又继续严历责打。就这样连续责打了三次。面对无休止的责打，两人一商量，干脆随便弄个尸体用来顶事。
于是，一天傍晚时分，两人准备在河边弄死一个乞丐，但是等了好久，也没有合适的目标出现。这时，正好看到一头驴驮着一个人过桥，那人俯着身子，看不清脸。见天色已晚，两人一拥而上，把俯在驴身上的人推下河，放跑了驴子。
看看河里没有了动静，两人急忙打捞尸体，可是等捞上一看，死人是一名老者，身上有一处致命的刀伤。两人不禁害怕起来，因这老者与王三年龄相差太大，交不了差如何是好。两人便商定把尸体先藏在一臭水沟内，待尸体腐烂无法辨认时再取出。
二
过了一段时间，两人又一次受了板子的责打，便取出已经腐烂的尸体，草草检验后上报主官。
官员闻之大喜，即刻通知苦主前来辨认。吴氏对着腐烂的尸体大哭，并称夫君死状太惨，请求马上为丈夫做法招魂，并把自己的贵重手饰物品一同放在棺材内下葬，好让丈夫早日入土为安。就这样，一桩杀人官司很快定案，并按规定报送上一级官府批准。
上级的官文还没有批复，忽一日，一干民众扭送着一个年轻人来到官府。原来，骑驴老人失踪后，家人一直苦苦寻找。偶然在街上发现一个叫卖驴子的青年，其驴从特征上看与自家饲养的驴子无异。那人自称是捡来的，但又说不清楚具体来历，家人怀疑定是他杀了老人，劫了钱财，得了驴子。
官员立刻过堂审讯此人，但其拒不承认有杀人行为。在动用大刑之后，由于此人身体虚弱，经不起折腾，不久竟然染病死在了牢里。
过了不久，李五的案子终于有了批复，李五最终因谋杀罪被处以斩刑。临刑时，李五大呼冤枉，声嘶力竭，围观人们无不为之动容，但又无可奈何。
一年后，新上任的肃政廉访司王泽在无意中发现了这个案件，觉得疑点较多。仅仅因为几套木器就雇凶杀人有违常理；王三在自家喝酒后失踪，伙计亲人竟全然不知；尸体腐烂严重无法辨认，怎能断定就是本人；李五的表弟张兴又为何多次上书为其表哥喊冤
想到这里，王泽越发感到奇怪，于是在列举了诸多疑点后，具呈案件的始末和疑状，报御史台决定对此案进行复查。
不久，上司同意了他的意见。这日王泽正要传讯吴氏问明当年案发的情形。忽听差役来报，称吴氏小酒馆今晨又发命案，王三的表弟张兴被杀死在酒馆后院的柴房内。现场血泊中遗留屠刀一把。此事越发引起了王泽的怀疑，他当即派差役把吴氏传来问话。
受了惊吓的吴氏，一到大堂，便哭得死去活来，直陈自己命薄，丈夫前年被杀，今日表弟又惨遭杀害，自己也不想活了，说完以头抢地要寻夫而去，一下晕倒在堂上。王泽一边安抚吴氏，并命人将其送还回家，一边让前去验尸的仵作详细说明情况。仵作陈述，张兴死于五更时分，死前曾有打斗迹象，是被屠刀扎伤要害，失血过多而亡。
王泽又派人传来小酒馆的伙计阿福，详细问明早晨酒馆的情况。阿福称王三死后，张兴本打算开的木器小作坊也没了着落，就留在店里帮老板娘打理生意。张兴人很勤快，每日五更时分总要早起到柴房收拾，为一天的酒馆经营做准备。张兴和阿福每天早上还一起出去买菜。昨天由于睡得晚，今日五更时分，不知怎么，阿福听到张兴的一声异常呼叫，阿福也没当回事。起床后，在柴房发现张兴倒在血泊中，这才急忙报官。
看着现场遗留的屠刀，王泽沉思良久。心想，凶犯为什么把刀丢在了现场？又为什么不把尸体藏匿？既有打斗场面，为何无人发现？想了好久，他忽然计上心来，便拟了一纸公文，遍告城内屠户于明日午后自带工具到大堂集合，说官家要举办一起大型活动，屠宰一批活牲，所有屠户必须参与，违者将予以严厉处罚。