公元1759年(乾隆二十四年)，清军平定了天山南北，将这块汉代西域都护府、唐代安西都护府的故土，重新归入了大一统王朝的版图。因此，清高宗受新觉罗弘历就以“新附旧疆”之意，将这块达160万平方公里以上的广袤土地，命名为“新疆”……
山雨欲来
乾隆帝平定新疆之后，在南疆的广大地区，清廷仍保留了当地原有的伯克制度。“伯克”(Beg或者Bek)，是突厥语“财主，贵族”的意思，也可以说成“巴依”(Bay)、“贝伊”(Bey)。这些伯克是拥有大量土地的封建领主，国产动画片《阿凡提》里那个贪婪成性的“巴依老爷”，就是一个很典型的低级“伯克”形象。
在平定新疆之初，清政府收取的赋税很少。然而，走过了“康乾盛世”的清王朝日渐衰败，新疆各族百姓受到的压榨与剥削也就变得越加繁重。更有甚者，1862年，为了镇压内地此起彼伏的人民起义，清廷不得不饮鸩止渴，完全断绝了内地所支援新疆的“协饷——这笔一度高达每年400万两白银的巨款。为了筹措经费，清王朝的新疆当局和各级伯克把负担完全转嫁到下层人民身上。终于，到了1864年6月，库车的一群被迫服劳役的百姓发动了起义，这如同是扔进干柴中的一颗火星，从此点燃了连绵十余年的战火!
19世纪60年代，驻扎新疆的清军总兵力只有区区一万五千人。显而易见，如此单薄的兵力布置根本无法应对大规模的起义风潮。因此，库车起义爆发之后，反清风暴迅速遍及天山南北。到了1866年3月初，清廷在新疆大部分地区的统治被推翻，残余清军只得退守塔城、巴里坤与哈密。
大起义虽然颠覆了清朝在新疆的统治，但是起义的领导权却落到了大大小小的伯克手里。这些伯克各自割据，为了争权夺利而相互混战。然而，鹬蚌相争，渔翁得利，尘埃落定之后，整个南疆却落到了一个名叫穆罕默德·雅霍甫的伯克手里，此人在汉文史籍上，被称为阿古柏。
那些分裂祖国的民族败类，往往被称为“卖国贼”，而这个充满感情色彩的蔑称，却不能加诸这个占据了南疆广大土地的阿古柏身上，因为此人是个货真价实的外国人。中国的大片土地却被一个外国人所窃据，
“鸠占鹊巢”正是对这段动荡的历史中最为荒诞—幕的真实写照。
“洪福之汗”
阿古柏大约在1820年出生在中亚名城塔什干(今乌兹别克斯坦首都)附近。当地是多民族混杂区，因此现在已经无法考证此人究竟是乌兹别克族还是塔吉克族。1847年，阿古柏出任浩罕汗国的阿克麦吉特伯克，从此也被称呼为“雅霍甫伯克”，这也是“阿古柏”这个汉译的出处。
通过血腥的征战，窜入新疆的阿古柏相继消灭了天山以南大大小小的“苏丹”、“帕夏”。1867年，阿古柏自称“毕条勒特汗(意为洪福之汗)”，建立了所谓“哲德沙尔汗国”，开始了他在南疆长达十余年的反动统治。
1870年，乌鲁木齐和吐鲁番也被纳入了“哲德沙尔汗国”的“版图”。虽然占据了大片土地，但阿古柏的政权依旧十分脆弱。当时曾窜入喀什噶尔“访问”的俄国军事观察员、30年之后曾在日俄战争中担任俄国“满洲军总司令”的库罗巴特金上尉就认为，阿古柏“没有得到人民的支持”，
“因而，他从一开始执政的时候起，就决定依靠军队的力量，而使它成为这个国家拥有特权的、统治的阶级”。
为了笼络其不得人心的政权的支柱一一追随自己亡命入寇新疆的浩罕军人，阿古柏在战领区恢复了落后的军事封建采邑制度。军官们按不同级别领有相应大小的采邑。他们并不拿阿古柏的工资，其收入来自于辖区征收的赋税，数额多少完全取决于这些人的意愿，或者说是良心。可想而知，在这种制度下，“洪福之汗”治下的人民会有什么“洪福”可言?人民常年负担的政项税多如牛毛，甚至在此之外，每星期还要交纳一次保护费，美其名曰“警察捐”。
“塞”“海”之争
1864年，湘军攻下了虎踞龙盘的天京，太平天国运动最终失败，大规模农民起义的高潮逐渐过去，中华帝国首次近代化的努力——洋务运动也开始兴起。当时的史家不无溢美地将这段时期称为“同治中兴”。庞大的帝国在付出骇人的代价一中国人口从1851年的4.36亿减少到1867年的大约2.8亿之后，终于开缓慢地恢复了秩序和元气。
平定了内地农民起义之后，收复阿古柏窃据的新疆地区摆上了清廷的议事日程。1837年11月，湘军将领，时任陕甘总督的左宗棠调兵遣将，准备兵发新疆。
偏偏天有不测风云，东南海疆警报传来。明治维新以后意欲“布皇威于四方”的日本，以琉球船民被台湾高山族居民杀害为借口，出兵台湾。1874年4月，三千日军在恒春登陆，妄图长期盘踞台湾这一中国宝岛。清廷总算做出了及时反应，加强了台海战备，同时日军也因为不服水土而病亡累累，不得不稍许收敛侵略野心。因此中日在10月签订《北京专约》，以50万两赔银换取日本从台湾撤军。
日本侵台事件虽然和平了结，但这一事件却影响到万里之外的新疆的前途。围绕着“海防”与“塞防”孰轻孰重，清政府内部发生了激烈辩论。
鸦片战争以来，大清帝国突然意识到自己面临着“数千年未有之变局”，“数千年未有之强敌”意然是“从海上来”。而大清帝国的水师既不能歼敌于海上，帝国的炮台也不能御敌于海岸，加强海防顺理成章地成为朝野的共识。然而，建设海防需要大笔资金，在清政府财政拮据的情况下，以“海防”为重，停止出兵新疆，把节省下来的经费用于海防就成为朝廷上不小的呼声，所谓“新疆不复，于肢体之元气无伤；海疆不防，则腹心之大患愈棘”。持此论调的便是另一位清廷重臣——直隶总督兼北洋通商大臣、文华殿大学士李鸿章。
就当时的形势而言，1871年，俄国以“代为收复”的名义武力强占了我国伊犁地区，进而要求阿古柏政权臣服。而阿古柏为了得到沙俄的支持，也对自已祖国浩罕的仇敌摇尾乞怜：“我把俄国人看作我最亲爱的朋友!”可以想见，如果清廷不去剿灭阿古柏政权，阿古柏盘踞的大片中国新疆的土地，也会像希瓦、布哈达、浩罕这几个中亚汗国一样变成俄国的下一份盘中餐，而19世纪的沙俄在东方的侵略扩张行动，从来是没有尽头和界限的。
左宗棠在奏折中警告，正因为海疆多事，所以才要一劳永逸地解决新疆的阿古柏政权，以便集中全力经营“海防”。不然，就会“我师退一步，则俄人进一步”，放弃新疆就是自撒藩篱，沙俄必将得寸进尺，不但甘肃和陕西堪忧，就是北路蒙古地区也失去保障，这样北京城也会丧失门户，后果不堪设想。清政府考虑到事关北半个中国的存亡，最终采纳了左宗棠的意见。一场“海防”和“塞防”的争论才告结束。
积粮筹款
1875年5月，清政府任命左宗棠为钦差大臣，督办新疆军务。此时，集结在肃州的清军已经有100多个营。当时，“营”是西征清军编制的基本单位，步队每个营有勇丁大约500人和伙夫200人，马队每个营则
有250人和250匹战马。左宗棠已经握有七万之众的兵力。
{#_page_#}眼见左宗棠大军即将进军新疆，对新疆土地虎视眈眈的沙俄政府派来函一个以索思诺夫斯基中校为首的“科学贸易考察队”。1875年7月，这个特务使团抵达兰州。
在27天的“考察”期间，他们惊愕地发现，面前的这支清军手中使用的武器不再是古老的冷兵器和早期火器，而是19世纪70年代刚刚研发成功的先进火器，比如德国大名鼎鼎的毛瑟步枪的“开山之作”M1871型11毫米后膛枪与美国制造的“雷明顿一号步枪”。后者也是一代名枪，闭锁牢固可靠，长距离射击极为精确。此枪的量产时间长达51年，光美国的雷明顿正厂就生产了超过400万支，各国的“山寨”产品还不在其内，其中上海江南制造总局也制造了数万支。清军拥有的近代武器不但质量堪比同时期欧洲军队，数量上也毫不逊色。以左宗棠西征军主力、西宁道尹刘锦棠所部老湘军为例，这支一万三千人的精锐部队拥有各种来福枪多达两万支。
目睹清军的强大实力之后，特务使团的团长索思诺夫斯基毫不含糊地得出了结论：“(阿古柏)事业已告失败，这里不过是时间问题，因为交战双方力量对比悬殊太大。”沙俄侵略者随即“友好”地提出愿向大清帝国的西征大军提供粮食一其真实用意则是妄图使这支“仅因为缺粮而不能打仗的军队”依存于俄国人的给养，以迫使清廷在政治上让步。此外，把产自被俄国霸占的中国伊梨地区的粮食出售给中国，可以牟取高达33倍的暴利!这真是“一箭双雕”的如意算盘。然而，经过不懈努力，到了1876年夏季，左宗棠已经搜集了四千多万斤粮食，足可供7万大军食用一年。沙俄的阴谋也因此落空。
不过，从河西运粮到阿古柏占据的乌鲁木齐路程是850公里，运费差不多是粮食原价的20倍，每年仅运费一项就得多支出200万两白银以上，更何况阿古柏的巢穴喀什远在1800公里之外。财政窘迫的清廷下诏“只要边地安宁，朝廷何惜万金。”允许左宗棠自借外债。1876年起，由“红顶商人”胡雪岩经手，左宗棠在上海滩向英国汇丰银行先生以高达1006左右的年息借款4次，总计白银1595万两。借外债(而且是高利贷)打仗，实属不得已而为之，左宗棠自己也承认借外债是“仰鼻息于外人”。但终究避免了因财力不济，使西征大业功亏一篑的严重后果，也算是两害之中取其轻了。
北疆光复
1876年7月下旬，清军大举西进，连同原驻塔城、哈密的部队，清军已在新疆集结80余个营的兵力。坐镇肃州城指挥全局的左宗棠手中尚握有20个营的预备队。
从表面上看，阿古柏的军队实力相当不弱。他的军队总兵力多达5万人，其中骑兵约占三分之一。步兵的武器是火枪，骑兵则使用火枪和腰刀。
除了火绳枪这种当时已经过时的古老火器之外，阿古柏军队从英属印度和奥斯曼帝国获得了1万多支恩菲尔德M1853前装线膛枪和斯奈得——恩菲尔德M1866后装线膛枪。前者在当时虽然稍显落伍，但这种口径0.577英寸的线膛枪曾是当时英军的制式步枪，它的性能可靠，射击精度高，堪称前装线膛枪的完美谢幕；后者则是从前者改造而来，是当时的一流武器。
尽管拥有优良的武器装备，安集延(即浩罕)人在清代也一直有善战之名，连清政府都一度认为阿古柏是“气吞天南之概”的强敌，但此时阿古柏的军队其实只是一只“纸老虎”。一方面，浩罕人在阿古柏的国队里享有特权：军队的15个最高级军官“爱米尔”中，竟有14个人来自浩罕；另一方面，穿着褴褛衣衫和破烂鞋子、被强征来的士兵们则士气低落，逃亡现象时有发生。库罗巴特金就曾一针见血地指出：“从阿古柏军队的士气看，它不适于打硬仗。”
1876年8月，收复新疆之战打响。在左宗棠“先北后南”、“缓进急击”的战略指导下，刘锦棠率军直取乌鲁木齐的北方门户古牧地(今米皇)。前往古牧地有大小两条道路可走，大道平坦，但要经过50里缺乏水源的戈壁。途径黄田的小道虽然水源充分，但阿古柏军队早已在此严密设防，企图迫使清军从大道行军，待到清军人马渴乏之时乘机攻击。清军得悉情况之后将计就计，倦装从大路进兵，待黄田守军松懈大意之后乘夜由小道奇袭，阿古柏军猝不及防，狼狈逃回古牧地，清军初战告捷。
8月12日，清军逼近古牧地。清军筑起炮台，用德制克虏伯后膛炮猛轰古牧地城墙。8月17日黎明，南门被4公斤重的开花炮弹轰破，湘军冲进城内展开激烈巷战，以158人阵亡、450人负伤的代价全歼守敌6000余人。清军乘胜进军，在阿古柏从南疆拼凑的5000骑兵尚在增援路上之时，清军已于8月18日光复守备空虚的乌鲁木齐。
收复乌鲁木齐后不久，刘锦棠却不幸身染重病，一时卧床不起。因此左宗棠另派金顺部攻取北疆各地。至11月，阿古柏在北疆的势力已被彻底清除。此时，新疆已经入冬，大雪封山，行军十分困难。清军只得转入休整，从后方抽调人马，补齐前线各部的编制，等待天气好转之后采取下一步行动。
决战天山
以维吾尔民歌《达坂城的姑娘》闻名于世的达坂城，位于乌鲁木齐通往南疆一条穿越天山的隘道中，清军若要南下则必须经过达坂城。在1876年11月到1877年4月这大约半年时间内，阿古柏意识到达坂城周围要发生的战事将决定他的存亡，于是在达坂城新建了坚固的城堡，派“大总管”爱伊德尔胡里率兵5000防守，这些士兵配备了先进的后装线膛枪。在达坂城侧后方的吐鲁番和托克逊，也分别有8500人、20门火炮与6000人、5门火炮把守，三城互成犄角之势，妄图凭借天山天险阻止清军南下的攻势。
另一方面，左宗棠也认识到只要“三处得手，则破竹之势可成”。清军总计调集了在疆的大部分可用兵力多达50个营，大约2万5千人的部队，又配备了强大的炮兵，准备一举歼灭阿古柏军队的主力。
1877年4月14日，病愈的刘锦棠率领清军主力30个营大约1万5千余人及炮队离开乌鲁木齐南下，清军乘敌不备，衔枚急进，17日完成对达坂城的包围。19日夜，清军用3门开花大炮猛轰达坂城，城内的炮台、月城和城垛先后被炸塌，清军乘势发起总攻，全歼城中阿古柏军，俘虏了包括阿古柏“大总管”爱伊德尔胡里在内的1200余人，而清军不过伤亡100余人。
经过4天休整，清军继续前进，26日在托克逊城外与正在四处抢掠的阿古柏军发生激战。结果就如左宗棠事后所说，阿古柏军虽然“火器颇精，洋枪洋炮外亦有开花炮”，但威力不如西征军的大，加之阿古柏军的炮手“又不善放”，以致“一败即不回头耳”。清军仅以90余人伤亡的微小代价，歼敌2000余人，缴获战马数百匹，枪械2000余件。残余敌军烧毁存粮及火药，仓皇南逃，托克逊宣告光复。
在此同时，从哈密、巴里坤一线西进的另一路清军20个营约1万人，也在4月26日兵临吐鲁番城下。慑于清军的强大战力，阿古柏在吐鲁番的守军近
万人开城投降。
仅用了不到半个月的时间，清军就彻底打垮了阿古柏苦心经营半年之久的天山防线，全歼其主力部队，使得南疆门户洞开。如同当时的英国人所评价的那样，左宗棠的西征军“基本上近似一个欧洲强国的军队”。而“和中国人的战术比较起来”，阿古柏的“战术只是一个小学生的战术”。
摧枯拉朽
1877年5月29日凌晨，穷途末路的阿古柏在库尔勒暴毙。此人的死亡和出生一样是个谜，有说是暴病身亡，有说是被众叛亲离的部下毒杀，而左宗棠上报清廷的奏章认为阿古柏是在遭到清军沉重打击之后，在绝望中“仰药自毙”。
阿古柏死后，他的几个儿子在清军压境的情况下依旧为争权夺利展开内讧。最终伯克胡里在垂死之际的内斗中获胜，在喀什噶尔继承了阿古柏留下的岌岌可危的“汗位”。
阿古柏集团陷入内讧，原本是清军趁机进攻的好机会。可是清军也在吐鲁番一线休整了2个月。吐鲁番是中国有名的火炉，夏季酷热，因此在古代被十分形象地称为“火州”。加之1877年当地气候干旱，当地百姓都说这是多年不遇的酷热。由于天公不作美，清军只得放过大好战机。
就在阿古柏政权形将覆灭的时候，英国人插上了一脚。英国人的算盘是，让伯克胡里交出南疆东部，而南疆西部则将作为一个“独立国家”向清朝“朝贡”，从而保留阿古柏政权作为俄属中亚和英属印度之间的缓冲。左宗棠得悉此事之后愤怒地表示，喀什噶尔就是古代的疏勒，“汉代已隶中华，因我旧土”，清军一定要“尽复旧疆”，“岂容他人饶舌”。清廷支持了左宗棠的正确主张。8月10日，鉴于“刻下已届秋令”，天气开始转凉，断然下令前线清军“克日进兵，节节扫荡”。
8月25日，刘锦棠率领马步32个营为前锋，长驱西进。由于敌军掘开了开都河，在库尔勒前方形成100余里的泛滥区，因此清军行军异常艰难，直到10月份才进入空城库尔勒，敌军在劫掠秋粮后早已西逃。此时，清国携带的粮食大部分于过水泽时丢弃，剩下的也已吃光。一时间，万余将士陷入断粮的困境。所幸在当地维吾尔族百姓的帮助下，发掘出地窑内的数十万斤粮食，才得以转危为安。左宗棠得悉此事之后惊呼：“此局危险之至!”
10月12日，刘锦棠挑选精兵2500人为先锋，穷追敌军。清军势如破竹，一个月疾驰2000里，两次溃敌军，一举收复库车、阿克苏和乌什，所到之处受到各族百姓热烈欢迎，维吾尔史料记载说：“没有一个城镇向皇帝陛下的大军射过一粒子弹。相反，很多城镇的好人还为皇帝的大军做了力所能及的事。”
在清军不可抗拒的攻势面前，阿古柏匪帮内部分崩离析。先是和阗守将向清军请降，紧接着，12年前投降阿古柏的前喀什噶尔守备何步云也宣布反正，率领数百满汉兵民占据了喀什噶尔汉城。由于伯克胡里的住宅也在其中，因此他的亲眷也全部成为何步云的俘虏。
刘锦棠得到敌军内部陷入混乱的情报后，不失时机地发起了全线进攻。清军从南北两路向喀什噶尔发起了钳形攻势。12月17日，两路清实业界同时抵达喀什噶尔，伯克胡里在中国土地上已无立足之地，只得趁夜率残部逃入俄国境内。12月21日与24日，叶尔羌与英吉沙尔先后光复，到了次年(1878年)1月2日，和阗也被董福祥部清军克复。肆虐新疆十二年之久的阿古柏匪帮终于被彻底地从中国领土清除了出去——这一壮举被当时的英国人盛赞为“从一个多世纪前的乾隆时代以来，一支由中国人领导的中国军人所曾取得的最光辉成就”!
1885年9月5日，左宗棠在北京去世，享年73岁，谥号“文襄”，取其襄赞国家之举。
左宗棠的同乡及暮僚杨昌滩曾应邀西行，见路旁遍植“左公柳”，留有七绝一首：
“大将筹边尚未还，湖湘子弟满天山。新栽杨柳三千里，引得春风度玉关。”