嘉庆看了奏折后，对处置结果表示赞同，唯独对马禄觉判得过轻，认为要处以死罪。桂萼等人认为张寅虽受牢狱之苦但终未丧命，若杀死马禄，用命来抵罪，恐天下不服，也不合“一命偿一命”的古训。请将马流放到云贵一带人烟稀少之处，永远不准离开当地，任他和他们的子孙自生自灭。大学士杨一清也多次劝解，最后嘉庆皇帝才算照准。
第二年九月，嘉庆怕天下人不服此案的审判结果，为使臣民百姓心服口服，下令编纂《钦明大狱录》一书，书中详细搜集有关此案的各种资料，颁示天下，以塞众口。
在此案的审理过程中，虽然有很多朝臣官员认为桂萼挟嫌报复，陷人入狱，但是因李福达生性奸诈，行踪无定，姓名多变，身世不详等特点，也有不少人怀疑张寅是否真是李福达。其疑点大致有四:
①传闻李福达有朱砂痣、龙虎形，但张寅没有。
②山西五台县一户户主为张子真的人家中，有张寅的名册，而张寅幼时走失，不知生死。到崞县调查时，却发现了李福达的坟地。
③原告薛良品行不端，在乡里不务正业游手好闲，是个无赖，囚此有诬告的可能。
④对证人们经过调查询间，发现他们都是张寅的仇人，亦有可能作伪证。
所以桂萼能将此案翻过来，也不是一味靠皇帝的权势乱来，表面上确有些可做文章之处。
当时刑部有个名叫唐枢的官员，曾上疏嘉庆，力斥上述四点，指出那些疑点并不可信，并在书中条分缕析，言之凿凿，很有说服力。但嘉庆对此案早已先入为主，根本听不进去也无心去听，反将唐枢贬斥为民，革职回乡。其后编《钦明大狱录》也未敢收录唐枢的奏章，但民间均认为唐枢所言在情理之中，十分可信。
李福达一狱，三法司及其他各部，总共约有五十余名重臣获罪遭罚，朝中其他官员大都认为他们冤枉，但无人再敢出头上奏喊冤叫屈，过了两三个月，吴彦、张禄上疏嘉庆，希望重新审理此案，却当即被嘉庆传旨处罚，吓得从朝廷内的朝臣到地方上的地方官，再无一人敢言此事。直到嘉庆十一年，桂萼病死，张德罢官，聂贤等人才被重新召回朝廷起用。
到了嘉庆十六年，因为皇后生了儿子，嘉庆皇帝龙心大悦，下令大赦天下，于是当年那些因被牵进李福达之案而被监禁，罢官的官员们纷纷获释或重加任命，只有马禄仍不得赦免。
直到嘉庆四十五年，四川境内捕获了一名江洋大盗，名叫蔡伯贯。蔡伯贯自称曾学妖术于山西人李同，李同之父即是李大礼，而李大礼之父则是李福达。蔡伯贯供称，他向李同学习白莲教的法术，与李同关系甚为亲密。李同曾亲口讲给他当年李福达入狱险些丧命的事。李同说当时他爷爷咬牙不承认自己是李福达，又通过李大仁、李大义、李大礼求救于郭勋，最后竟得翻案，并将间官马禄判了罪，发到云贵去了。
隆庆元年，御史庞尚鹏将蔡伯贯的供状上奏，此案始得昭雪，马禄才得以回归家乡，此时距发案那年已有四十一年了。