1942年蒋介石就曾拟派邱清泉远赴印度统率中国驻军，邱清泉欣喜若狂，认为这绝对是一次在域外扬名立功的好机会。但蒋介石反复思量，觉得邱清泉性格粗暴，可能会影响到和美国人合作，最终取消了这个计划，使邱清泉捶胸顿足，万分失望。1944年滇西反攻中，邱清泉智勇双全，打得日军魂不附体，再一次显示出他“邱疯子”本色。邱清泉的战绩虽已远远超过他的师兄宋希濂，但蒋介石却用资历压制他，使黄埔二期的邱清泉总生活在黄埔一期的阴影下，甚是压抑。
抗战胜利后，蒋介石要打内战，但这时缺少干将，于是蒋介石又想起了邱清泉。蒋介石充分利用了邱清泉“建功立名”的心理，并对他“动之以情，晓之以理”，送钱送物，加官进爵，使得邱清泉感激涕零，甘心为蒋介石驱使，向解放区疯狂进攻。1948年，邱清泉中计使友军区寿年兵团被解放军全歼、黄伯韬兵团被围，气得蒋介石大骂邱清泉“与友军相处，不解围，不互救，殊堪痛恨”！之后邱清泉被贬回家休整。不久蒋介石因无将可用，又把邱清泉召回并大加笼络，升任第五军扩编第二兵团司令，邱清泉又一次被蒋介石牵着鼻子走，但他还感恩戴德，大发陈词滥调扬言道：“我与共匪拼命去！”
就这样，蒋介石充分利用了邱清泉这头“顺毛驴”，使其甘心为他所用。邱清泉也“知恩图报”，直到自杀时还面向南面，朝着他的“蒋校长”以示忠诚。据说，蒋介石得知邱清泉全军覆没战死后，气得一枪击毙了身边一条爱犬。
邱清泉早年也曾与共产党接触过，但邱清泉迷信正统，蒋介石又对他大加利诱，使得他对蒋介石言听计从，对共产党大肆迫害，犯下滔天罪行。内战爆发后邱清泉受蒋介石愚弄，为蒋介石火中取栗，疯狂噬咬解放区，共产党与他的深仇大恨越结越深，使得邱清泉更加“难以回头”。
邱清泉在黄埔就读期间就曾接触过共产党，当时在国共合作的大背景下黄埔共产党将领颇多，周逸群就是邱清泉的二期同学。然而邱清泉功利性强，他认为只有跟着蒋介石走才有前途，所以并没与共产党擦出火花。1927年5月宁汉分裂后邱清泉被共产党逮捕关押在军校禁闭室，虽然共产党对他多次规劝，望其“回头是岸”，但邱清泉始终执迷不悟，在关押十余天后又逃脱去南京投奔他的“蒋校长”了。最终邱清泉与共产党反目为仇并大肆迫害。1931年邱清泉赴汉口担任豫鄂皖三省剿匪总司令部政治训练处训练科上校科长。1945年12月1日驻防昆明的邱清泉为镇压由共产党组织的学生运动，惨绝人寰地发动了震惊全国的“一二一惨案”，使共产党对他恨之入骨。
1946年7月，邱清泉先后在冀、鲁、豫、皖、苏等解放区疯狂破坏中共政权和中共党组织，捕杀的中共干部、党员、民兵家属和无辜群众竟达数千人。特别是在中共豫、皖、苏八分区撤退后，邱清泉的第五军更是变本加厉，在永城建立了五家连坐，在当时凡喝共产党一口凉水的都在劫难逃，真是变态之极。直到解放后多年，豫、皖、苏的一些居民每当提到国民党第五军邱清泉时，都还会心有余悸。在此后的中原战场上，邱清泉指挥第五军多次重创人民解放军，与解放军结下了不共戴天之仇，当时解放军一提到邱清泉就咬牙切齿，称其为“杀人魔王”。
1948年11月30日，邱清泉随杜聿明败逃，邱清泉手下兵士完全不顾军纪，败逃途中烧杀抢掠无恶不作，在路过肖县时，更是强抢二百多名妇女充作军妓，实乃天人共愤，而身为指挥官的邱清泉绝对脱不了干系。1949年1月10日，邱清泉被解放军包围于陈官庄，丧心病狂的邱清泉拒不投降，率部突围不果后自杀身亡。据说，当时愤怒的解放军找到邱清泉的尸体时，又补了五枪方才泄恨，然后出于人道主义将他草草埋葬了，到现在都不知道坟墓在哪里。可见解放军对邱清泉的仇恨之深。