妈祖的故事：导航使者
在没有灯塔的年代，航海之人最怕海上迷航，在黑夜里撞上了礁石，或者大风浪之中找不到避风港。妈祖经常为海上迷航的船只指点方向，这位女神身着红衣的形象本身便具有象征意义：她是一位伟大的导航使者。相传郑和下西洋时，途经福建洋面遇到风暴，海上浊浪滔天，船只颠簸摇荡，天空漆黑无光，船工们茫然不知所向。郑和想起海神妈祖，仰天祷告。祷告毕，只见在船头隐约出现了一盏红灯，妈祖信步浪尖从容导航。于是船队紧跟前进，脱离危险进入避风港。
另一个故事讲到：大风浪之夜，妈祖发现有一支来自阿拉伯的船队在海上迷失航向，处于危险之中。妈祖便把阿爸、阿妈叫出门，一把火点着了自己家的茅房，燃起熊熊火焰。黑夜中的船队看到了一片火光，于是辨明了陆地方向，将船驶入湄洲湾秀屿港而化险为夷。当外国商人看到妈祖家的残垣断壁时，无不感动流泪。正是这种不避亲疏的博爱胸怀，使妈祖成为一切海上谋生的人们所敬爱的海上女神。
妈祖的故事：机上救亲
妈祖16岁这年秋天九月，有一天，她的父与兄驾舟渡海北上，当时妈祖正在室中精心织布，忽然伏在织布机上闭起眼睛，脸色突变。一手抓梭，一手扶抒，两脚紧踏机轴，拼尽全力在挣扎扶持，惟恐有失。
其母发觉后，十分惊恐，急忙把她叫醒。妈祖于是失手将梭掉在地上。她睁开眼睛，顿足高声哭说：“我父得救，哥哥坠海死了!”其母听罢，十分惊慌，连忙差人打听消息。不一会儿有人来报，妈祖所言果然属实。当时其父在怒涛中，仓皇失措，几次将翻船，若似有人稳住其舵，与她哥哥的船靠近，无奈其兄已是舵摧舟覆了。当时妈祖闭着眼时，脚踏着的是父亲的船，而手抓的是兄船的舵，母亲把她叫醒，梭坠地，兄船舵摧倾覆了，父亲脱险返航，而其兄则被汹涌的浪涛所吞没。兄溺水后，妈祖陪着母亲、嫂嫂和几个村民一道驾船径往茫茫大海寻找哥哥的尸体去了。当时海水汹涌，他们突然发现一群水族聚集海面，大家不由得害怕起来。妈祖说，不要怕，并告诉水族不必迎接。突然水色变清，她哥哥的尸体已浮于海面。这时大家才知道是水神护尸来了。终于把兄尸载回，湄洲岛民无不称赞她孝顺和慈善。此后凡遇妈祖诞辰，半夜即有大鱼成群，环列于湄屿之前，好像拜舞的样子，黎明始散去。
妈祖的故事：护佑舟船
湄洲之西，有一个地方叫文夹(今名文甲)，为湄洲湾出入的要冲。礁石夹杂，分布其地。有一次有艘商船经过这里遭到巨风袭击，船角触礁，海水涌进船舱，情况十分危急，船中人哀号求救，妈祖知道后，非常焦急，忙对村民说：哆头商船即将沉没，应赶快前去援救。可是大家看着狂风巨浪，不敢向前。在这紧急关头，从人群中闪出一个红衣少女，飞步向前，将一束蒲草抛向海里。只见一片白光闪耀刹时间，几根小草变成大杉，海面上立时飘浮起许多根大杉木，托住下沉的船只，商舟有大杉相附，于是不致沉没。不一会，风平浪息，船上的人相庆大难不死，都以苍天相助，互相庆贺。待到将船靠岸，忽发现大木不知去向，经询问乡人，才知化草成杉附舟，乃是妈祖的神奇功力。这就是传说中的《化草救商》。因此每当新船下水，船家总要虔诚地举行一个“请妈祖神”仪式，希望能给新船带来好运气，在危难之中得到海上女神的救助。
话说当时湄洲屿西北方有二神：一聪而善听，号顺风耳。一明而善观，号千里眼。二神经常出没作崇，村民甚受其苦，祈求妈祖惩治。神姑于是混杂在妇女当中上山采摘，经十余日，方与之相遇。二神误以为妈祖是民间女子，将近前，经妈祖将手中丝帕一拂，遂霾瘴蔽空，狂风卷地，两怪仍持斧疾视。妈祖说：敢掷下你们手中的斧么?他们竟然丢下，但再也收不起来，因而咋舌伏法。两年后，二神又出来作崇。这次是在水上出现，乘涛骑沫，沉浮滚荡。当时巫觋都治不了它们。妈祖说：“江河湖海，水德攸钟，彼乘旺相之乡，须以土木方可克之。”于是演起神咒，林木震荡，呼呼作响，沙石飞扬，二神无处躲闪，于是拜伏在地，愿归依妈祖。神姑乃将他们收之为徒，作为耳目，为拯救海难，驱恶扬善效力。