克莱·汤普森曾经以为，他永远追不上父亲。毕竟米切尔·汤普森无论是在大学还是在NCAA取得的成就，都让刚刚进入大学的克莱·汤普森叹为观止。
米切尔当初进的是明尼苏达大学，这是当时最好的篮球院校之一。克莱·汤普森所在的华盛顿州立大学，位于华盛顿州威特曼郡的普尔曼市，篮球运动历史悠久，实力却并不出色。就在克莱·汤普森入校前的那个赛季，华盛顿州立大学队时隔63年再次冲进NCAA淘汰赛的前16强，但这支球队只有一人进入NBA，而且还是在第二轮;另一个数据更加糟糕，截至2008年，华盛顿州立大学队一共为NBA输送了14名球员，而这14人中，没有一位场均得分能达到两位数的。
克莱·汤普森与他的家人都很欣赏华盛顿州立大学队主帅托尼·本内特。尽管本内特2006年才成为大学队主教练，但在长达7年的助教生涯中，他颇受好评，被认为是NCAA未来最好的主教练之一。“我看过他的训练课，可以说很完美。”米切尔·汤普森说，“我想克莱会得到很好的教育。”
在2008年夏天，华盛顿州立大学队招募到的最好球员就是克莱·汤普森。
选择华盛顿州立大学队对克莱·汤普森来说，唯一的好处就是他无须打替补。大一时的赛季，他场场首发，场均拿到12.5分，3分球命中率为41.2%，罚球命中率达到90.3%，两项数据都位居全队之首。只是球队整体表现平平，未能进入NCAA的淘汰赛，即使在比淘汰赛略低一个档次的NIT（国家邀请赛）中也是首轮出局。
更糟糕的是，主教练本内特跳槽了。新上任的主帅肯·伯恩此前毫无执教经验，他上任后告诉记者的第一句话就是“我会找克莱谈谈”。他给了克莱·汤普森一个计划表，其中有大量的训练和在某个阶段必须实现的目标。“有些目标我觉得不现实，比如在某个阶段，我应该拿到多少分。天啊，他对我太有信心了。”克莱·汤普森说。
在伯恩的鼓舞下，克莱·汤普森决定试一试。赛季开始后，他在一场邀请赛中轰下了43分，而这只是一个开始，整个赛季，他的得分势头无人可挡。华盛顿州立大学队的球迷，从最开始担心伯恩无法教好克莱·汤普森，到变成了猜测克莱·汤普森是否会提前参加选秀。
“我们当然想留住他，但如果他想提前去NBA，我想我们会尊重他的决定。”伯恩说。
这个时候，向克莱·汤普森说不的，正是米切尔。“我做任何事都会向我的父亲请教，尤其是去NBA这样的大事，这就是我的优势所在。”克莱·汤普森说，“他觉得我还需要磨炼，我也这样想。我想让自己更成熟一点。”于是，克莱·汤普森决定再打一个赛季，又或者说，他想让自己与父亲的距离更近一点。
现实给了他沉重的一击。
2011年3月，克莱·汤普森率领华盛顿州立大学队击败南加州大学队，当天晚上，他就因为被发现车上私藏大麻而进了警局。
克莱·汤普森告诉父亲，大麻不是他的，很可能是他的队友放进去的。
“不管怎样，你犯错了。”米切尔说，“你现在要做的不是给自己找任何理由，而是应该承认你的错误。”一天之后，米切尔在电台解说比赛时，再次谈到了这个事情。他说：“我不能推卸责任。我的儿子犯了错，作为他的父亲，我需要向每一位球迷道歉。”
在父亲的影响下，克莱·汤普森承认了错误。“这件事对我的影响很大，当然最直接的影响就是，我再也没有碰过大麻。”克莱·汤普森说，“更主要的是认识到了责任与义务，我不能逃避。我认为有些事儿不能隐瞒。”
克莱·汤普森积极承认错误，并且在接下来的比赛中继续打出好的成绩。尽管大三赛季他再一次无缘NCAA的淘汰赛，但这一次他在季后赛中大放异彩，刷新了华盛顿州立大学队所在的太平洋十校联盟季后赛的得分纪录——单场投中8个3分球，轰下43分。