然而越是鼓动人心的宣传辞令背后就是越发落差巨大的现实，青少年义勇军在接受高强度的训练时大量出现不能适应的“屯垦病”，战败后关东军仓皇逃跑，义勇军更是被统治集团所抛弃，有的集体被苏军坦克歼灭，有的被抗日武装民众击毙，还有大量冻饿病死。而满怀期望嫁到满洲来的大陆新娘，很快发现在开拓团中没有相应数量的适合结婚的日本移民，因此有许多人嫁给了东北当地的农民。而那些在东北组建家庭、生儿育女的开拓团民，则在1945年日军大溃败的疯狂征兵中，绝大部分被迫与家人分离。
1945年8月，日本宣布战败后，要求全体开拓团移民立即撤。此时开拓团中剩下的绝大多数都是老弱妇孺，而日本政府却无法有效地组织撤离的队伍和方案，只能由开拓团成员自谋出路。关东军的高级将领、家属、在东北的日本高层都纷纷归国，而大量被遗弃的开拓团民则只能步行前往设在齐齐哈尔、哈尔滨、长春、抚顺等地的难民收容所，等待回国的机会。有一部分开拓团员被迫或主动自杀，更多人因贫病交加死在逃难的路上。
“沿途到处可以看到因饥饿和疾病被夺去生命的人们，不仅有儿童、妇女和老年人，还有被击毙的日本军人……陪伴他们的则是战败抛弃在公路上的枪支弹药、坦克大炮，被炸毁的汽车和抛在路边的日本国旗。”松田千卫记下了逃往哈尔滨的路上所见的一切。为了生存，大量的母亲被迫遗弃自己的孩子，有的甚至亲手杀死他们。“一群年轻的母亲把自己的孩子领到河边，说是叫孩子喝水。当把孩子领进河中之后，这些狠心的母亲硬将孩子按在水里……”难民营中也是惨相横生：“11月份以后，天寒地冻，白雪铺地，人死了只好扔到原开拓团储菜用的菜窖里。这个菜窖宽5米、深2米多，到12月下旬，尸体竟将菜窖装得满满的，以至于后来人死了，只好堆放在菜窖的上边。”
直到1946年9月，日本在中国的移民才基本遣送完毕。在此期间，战后开拓团民死亡总数为7.85万余人，其中自杀的有1.152万人。而从在爱川村开始移民试验到战败投降30年间，日本向中国派遣“开拓团”总计33万余人。当少数“幸运”的成员终于历经磨难回国的同时，另有4000多名因被父母抛弃或者父母死亡的日本孤儿被中国人收养，成为战后的遗孤，他们中的大部分人，在战争结束后的漫长年月里，踏上一条漫长的寻亲之路。
〔参考资料：李淑娟：《日本殖民统治与东北农民生活（1931～1945）》；关亚新、张志坤：《日本遗孤调查研究》；（日）满史会：《满洲开发四十年史》；《黑龙江文史资料》第30辑：《梦碎“满洲”——日本开拓团覆灭前后》〕