绍兴二十五年（1155年），秦桧病死，被封申王，谥号忠献。其子秦熺力图继承相位，为宋高宗拒绝。秦家从此失势，使长期被压抑的抗战派感到为岳飞平反昭雪有了希望，要求给岳飞恢复名誉。后来宋孝宗为鼓励抗金斗志，给岳飞平反，将秦桧列为致使岳飞之死的罪魁祸首，秦桧后被只夺王爵，改谥缪丑。相传民间为解秦桧之恨，用面团做成他的形像丢入油锅里炸，称之为油炸桧，后来演变成今日的油条。
宋向金称臣、纳贡、割地，金规定宋高宗不许以无罪去首相。秦桧再次任相18年，独揽朝政，排除异己，大兴文字狱，极力贬斥主张抗金的官员，压制抗金舆论，篡改官史。他还任用李椿年等推行经界法，丈量土地，重定两税等税额，又密令各地暗增民税十分之七八，使很多贫民下户因横征暴敛而家破人亡。
在一些资料上有提到，秦桧只有一个正妻王氏，但他的妻子王氏不能生育，因此才领养了儿子秦熺。另有野史记载秦桧有亲生儿子，是秦桧与婢女所生，只能改姓送给人家。当时权倾一时的秦桧因为妻子不能生育，肯定是有侍女小妾等人存在。
关于秦桧正妻王氏的身世，有记载仁宗时候宰相王珪的长女嫁给了著名文人李格非，生下的女儿就是大名鼎鼎的李清照。王珪第四子王仲岏之女嫁与秦桧为妻，因此，李清照是王珪的外孙女，秦桧妻王氏是王珪的孙女，王氏与李清照是姑表姊妹的关系。
但李清照与秦桧夫妻关系冷漠，并曾遭到秦桧兄秦梓的攻讦。即使在身陷诉讼、请托无门时，李清照宁肯求助于远亲綦崇礼，也不愿求助于秦桧。
在杭州的岳祠参拜，可以看见祠堂门口跪着秦桧和他老婆王氏，王氏赤身裸体，一丝不挂。在淮阳“皇都故里”太昊陵中，大院里有双膝下跪的秦桧夫妇，王氏依然是光着身子，袒胸露乳，双峰突起处被游人拍打的很光亮。这是为何呢？为何让一个女人赤身裸体的跪在那里呢？
绍兴十一年(公元1141年)，秦桧唆使人弹劾岳飞，诬指其谋反，高宗下令将岳飞、岳云父子二人打入大理寺狱。朝廷许多官员为岳飞鸣不平，连明哲保身的韩世忠也挺身而出，当面诘问秦桧，说岳飞谋反有什么证据。秦桧支吾道：“其事体莫须有。”韩世忠愤愤说：“莫须有三字，何以服天下!”秦桧的老婆王氏在一旁添油加醋地提醒道：“放虎易，擒虎难。”这个典故被称为“东窗事发”。
绍兴十一年十二月二十九日(1142年1月27日)，高宗下旨，岳飞以毒酒赐死，岳云以军法斩首。高宗、秦桧残害忠良，令人切齿痛恨，秦桧的老婆王氏对老公不但不加以规劝，反而助纣为虐。后人为表达对秦桧夫妇的痛恨，在许多地方为二人塑像，扒光了王氏的衣服，以泄愤恨。
历史上秦桧是病死的。秦桧病危后，高宗曾亲自前往探望。在确定了其病症无法医治、利用价值已终时，便下了旨意：夺去秦桧及其儿子秦熺——秦桧预备的接班人——的官职。当晚，秦桧就一命呜呼。
秦桧风光一世，终不过是高宗的一个棋子而已。当然，高宗利用这颗棋子利用得怎样还是有待讨论的。秦桧死了，赵构活着；秦桧一家都被免官，赵构仍在做他的皇帝。
从后世对秦桧做出的奸险狡诈的评价来看，高宗的计策算是成功了。只是可惜只成功了一半，赵构自己当然不能逃脱历史的法眼，最终被明确地指出：昏君一个。不听话的岳飞成了牺牲品，陪葬的还有大宋的大片江山。