因日军对南京的连日轰炸，留在南京的外籍人士越来越少。德国使馆租借的船，已经在1937年10月3日感恩节这天载着首批离京的人士起航。为了表示庆祝，大使为所有可能出席的在南京的德籍同胞搞了一个船上“感恩节”庆祝活动，拉贝自然也去了。
“库特沃”号上的感恩节活动虽然冒着被日机轰炸的危险，但依然很浪漫。最后大家一起喝着咖啡，唱起《国旗之歌》，三呼“德意志万岁”和“元首万岁”。
“怎么听《国旗之歌》就像听贝多芬的《葬礼进行曲》似的。”拉贝和几个朋友窃窃私语道。可不，因为他们身后的南京城里又传来一阵阵日军空袭的爆炸声。
“谢天谢地，我们仍然活着。”
“感谢上帝，我们仍然健康。”
在上海，中国军队与日本军队打得越来越激烈的那些日子里，这是南京城里的拉贝和市民们每天都在重复的两句话。
然而，毕竟南京已经不再安全，尤其是敌机的轰炸将人们的心情彻底地搅乱了。
现在我们都知道拉贝因为建立“国际安全区”而拯救了数万南京市民的生命，其实在日军进城之前，拉贝还有一个重要的贡献，就是曾被南京人称为“拉贝防空洞”的贡献。
从1937年8月开始，日本人在上海挑起事端并引发“淞沪会战”的3个月里，日军飞机不断袭击南京等地。大轰炸让无数无辜的生命逝于炮火之下，而这也是日本人犯下的屠杀之罪。“南京大屠杀”中日本人“杀害30万中国人”，实际上并没有包含在1937年12月13日日军占领南京之前几个月的大轰炸中死亡的中国平民的人数。而防空洞几乎就是平民唯一可以防身保命的设施。但由于百姓不懂如何来筑建防御设施，有不少人在轰炸带来的震荡之中，遭遇了被倒塌的地洞压死的悲惨命运。
拉贝发现了这个情况，他是德国工程师出身的专业人士，做事严谨认真，技术超群，他将自己修建防空洞的经验在民间广泛推广。“拉贝式防空洞”先是在德国同事、驻京外籍使馆人员及传教士中流传开，后又被南京市民甚至部分守城军队及政府部门的小型防空洞建设所采用，这让许多人免于因防空洞的不坚固而丧命或受伤。
拉贝把自己的这一经验通过书信的形式告诉了朋友，而朋友又通过报纸传播出去：
人们是怎样修建防空洞的？如果他有许多钱，就委托一位中国的防空洞建筑师承办一切，付给他500元至3000元。这样建筑师便可分别按照付款的多少，运来大方木料、厚木板、沙袋、铁轨、陶土、水泥管，以及我也不知道是什么的大堆大堆东西，事情就完了。我是自己操办这事的，就是说，我雇用了10名苦力，吩咐他们挖一个深坑（矩形的），一直挖到双脚浸水为止，坑深1.5米时就出现了水。于是，我们在坑底铺一些墙砖和圆木头，然后再铺上地板。地板上必须留一个洞，以便我们能够取到地下水。你们一定听说过怎样降低地下水位，真是简单极了！只要每天放一只桶或是空的食品罐头瓶下去。我们还在墙边竖了几根柱子，支撑住上面的横梁，再把方形厚木板放在上面，然后覆盖泥土，要许多泥土和沙，堆成一个约1.5米高的土丘，再把妻子的花盆放在上面，我们称这花盆是伪装，日本飞机就不会识别出下面藏着什么。更使日本人不易察觉的是，我们把这个巧妙的地下坑洞建筑在一棵树的底下，树根这时可能就长在它的上面。我们给四周的墙壁蒙上干净的草垫子，开了两个门，一个门供人们进出，另一个门专供运送货物。后来还在这两个门外垒了沙袋路障，保护坑洞不受炸弹爆炸产生的气浪破坏。
在拉贝防空洞入口处，非常醒目地贴着一份“公告”式的通知，用德、中、英文写道：
致我的客人和本洋行成员的通知