在一阵火力准备之后，黄帝向蚩尤发起猛攻。
蚩尤率领弟兄八十一人，挥舞石斧和木棒，头戴牛角，身披牛皮，进如锋矢，战如雷霆猛冲黄帝，煞是历害。
虎背熊腰、血胆鹰扬的蚩尤族战士，在呼啸冲杀之中，生死相搏，奋厉逞强，狠剁黄帝族人头。到处是哀嚎，到处是流血。黄帝落花流水，认识到自己所发动的是一场山猫对老虎的进攻。黄帝不断遭受重创，向北退至涿鹿大本营，凭借着一个带有土围子的城固守，用以消耗蚩尤，位置在北京官厅水库以西七十里，涿鹿县地区，叫做黄帝城。
遗址显示，黄帝城有五百米见方，现存三五米高的夯土城围。如果你去那里的话，还可以拣到石斧，也许是黄帝抡过的。
这时应龙向黄帝献策说：“我们筑堤蓄水，再决堤放水，足以把蚩尤的营地淹为汪洋!”
黄帝觉得这个馊主意很好，就让应龙带领一拨工程队在灵山河谷施工，垒石筑坝蓄水。应龙具有驱动地面流水的神力，他截取灵山河水，秘密蓄积水位。可是他的蓄水工程做了一半，却赶上天降暴雨，大坝一下子绝堤了，洪水以排山倒海之势，呼啸飞崩，裂岩荡崖，直冲应龙自己，顺势淹向了黄帝大本营。
蚩尤则灵活转移，不受大害。黄帝之人却都泡在水里，自相践踏，哭天叫地，多成水下之鬼。
大雨月久不息，黄帝泡得受不了了，也赶紧动用自己的神异功能，从天上下载了一位很危险的神祇——女魃(念拔)。女魃长得外陋内慧，是个丑女，穿着青色衣服，眼睛水汪汪，牙齿不是很暴，身高1.85米，跑得有点快，脑袋顶是秃的(因为被烈日烤的缘故)。因为长得丑，老找不到对象，脾气变得火爆，所到之处立刻大旱(所以她又叫旱魃)。女魃从天上一跑下来，雨水顿时止住，积水很快蒸发，把黄帝的人从泽国打捞出来。女魃完成使命之后，却因为能量消耗巨大，上不去天了，从此留在人间为虐，成为旱魃。她跑到哪儿哪儿就土地龟裂，庄稼渴死。人们只好修庙求她，让她搬家走开。她如果不开恩，人们就表演“斩旱魃”的戏吓唬她，方才奏效。后来女魃在人们劝说下，去了河西走廊一带定居，导致当地沙漠化严重，并且她时常跑回北方捣乱。
黄帝请外援请上了瘾，除了女魃，西王母也跑来教他引兵布阵。黄帝以前不懂结阵，被蚩尤的牛角阵击溃，经过西王母面授，他非常有体会，知道打仗不是他所理解的揪头发挖眼睛使劲拿脚踹了。
最后的决战在一个狂风大作的黄沙天进行(就是北京这样的沙尘暴天)。蚩尤属于外来者，不辨东西，黄帝则熟悉本地地形，而且还有传说中的指南车帮助分辨方向。按照司马迁等人的说法，黄帝放出虎、豹、狼、熊、罴(马熊)、貔貅(一种豹子)为前驱，配合几千名战士，以压倒优势的兵力，伴着夔鼓的轰鸣，向蚩尤的残疲之兵发动猛烈冲击，势若狂风骤雨，一举将其击溃。人熊、马熊闻着味儿，把黄沙中疲惫已极的东夷人追着乱咬。蚩尤力竭，被一举擒住。
蚩尤被押到黄帝军中夔鼓下，这是行刑杀人的地方了(后代军队里杀人都在鼓下，因为鼓声传递信号，是军士最瞩目的地方)。蚩尤被杀于夔鼓下，为了预防他变成妖精，黄帝就把蚩尤body肢解，分处安葬，以防他在地下造反。所以今天山东郓城、山东巨鹿县、河北成安、山西运城都有蚩尤冢。