宁远城新任知县蔡子西这天早晨接到报案，说是手下捕快头目之一的丁二葵不知何故突然暴死在中。蔡知县于是带了仵作等一干人众匆匆赶到死者宅第，见自己的副手孙县丞已然提前到达，并且正在维持着秩序，免得看热闹的人破坏了案发现场。
蔡知县向孙县丞简单问了一些情况后，立即命人着手勘查现场。仵作初步验尸后很快禀告说，丁二葵面色发青，瞳孔放大，初步猜测为属于中毒身亡。蔡知县仔细环视房间里所有东西，没有发现任何能够盛放毒药的器皿，便叫来死者家属协助官府进行检查，期望能找到破案的蛛丝马迹。不料死者的一个小妾抬头间视线落到墙上悬挂的一幅画时，突然惊叫起来：“大人，那张画有问题，老爷……老爷也许是被画中的毒蛇咬死了！”
蔡知县等人闻声定睛一看，它是一幅叫做《灵蛇祈福》的绢布画。只见碧绿的潭水中盛开着一朵七彩莲花，上面盘着一条浑身布满金色鳞片的蛇，正张大着嘴巴，令人感到毛骨悚然的是它的锐利牙齿上还残留着斑斑血迹。看到这种恐怖的画面，蔡知县不由得皱了皱眉，问那个小妾到底发生了什么事。小妾战战兢兢地解释说，这张画是丁二葵前几天买来准备供奉蛇神用的。可她记得很清晰，当丁二葵展开并挂好该画时，上面的蛇温雅地闭着嘴巴，头部高高昂起，仿佛在祈佑主人平安吉祥、福惠终生，可不知为什么它现在竟然变成了一条嗜血的凶神！
蔡知县听过后倒没有现出什么惊异之态，可其他人却瞪大了眼睛面面相觑。尤其是一脸不安的孙县丞凑到蔡知县面前提醒说：“大人有所不知，本地老百姓世世代代都信奉蛇神，每逢初一、十五都要摆供焚香，祈禳蛇神保佑全家安康。可一旦有人触怒了蛇神，它就会显灵发威而夺其性命。”
蔡知县不置可否地淡淡一笑：“世间真的会有这等事？”说罢命仵作再次对丁二葵尸体进行仔细检验一番，看是否能找到其它帮助破案的线索。谁知仵作查看到死者腿部时，差点惊叫出声来，居然有一对无比清晰的蛇的毒牙印！而且用银针测过血样后，断定丁二葵确实死于蛇毒！
不仅众人对此瞠目结舌，就连蔡知县也不禁感到满心疑惑。难道果真是画上的蛇夺去了丁二葵性命？可丁二葵在哪方面冲撞了蛇神而遭致残忍的惩罚呢？尽管蔡知县作了精心地调查和了解，仍迟迟未能解开丁二葵身死之谜。饱读诗文的他并不完全相信所谓的蛇神显灵杀人之说，冥冥之中觉得案情并非如此简单，也许有更多的蹊跷隐藏在幕后。
蔡知县正在苦苦思索如何能查获杀死丁二葵的真凶之际，又一起同样的离奇命案骤然发生。宁远城首屈一指的富户金虎在家中被毒蛇咬死，凶手就是挂在其卧室中的一幅《百蛇图》，画上的数十条蛇居然在夜间悄悄复活爬到金虎床上活活咬死了他。等家人发现这幕惨景时，金虎早已绝气身亡，而那些嘴上沾染鲜血的毒蛇又重新回到画面中，瞪大凶残的绿眼睛看着死者。
蔡知县根据仵作验尸获知，金虎的尸体上果然密布着大大小小几十对毒蛇牙印，而且喉管处也几乎被勒断，以至其舌头暴吐，双眼凸出。其情状可谓惨不忍睹。蔡知县盯着那幅诡异的《百蛇图》，怎么也想不明白，就算山野中的蛇是一种具有灵性的动物，那么画中的它们也会具有如此神奇的灵性吗？
由于相继发生两起蛇画夺命事件，整个宁远城变得人心惶惶起来。人们恐惧地认为，惨遭身死的丁二葵、金虎或是没有及时认真供奉，或是亵渎了蛇神才遭致报复的。因此市面上的各种供拜之物竟然出现了脱销现象，人们不吝钱财地买下这些东西，天天焚香跪奉，唯恐惹怒了蛇神而遭来血光之灾。
蔡知县知道如果不尽快澄清案情真相，就难以稳定躁动不安的民心。他于是找来孙县丞，要求其尽快查清那些蛇画的来源。孙县丞领命后，很快回复说那些蛇画是从距城二十里外的青蛇观中购得的。
通过孙县丞的详细讲述，蔡知县晓得青蛇观是一座废弃的前朝道观。据说曾有一位带兵的将军路过并夜宿该道观时，不知什么原因亲手杀死了一条赤练蛇。当夜道观便着了火，烧死了那名将军和许多未来得及逃生的道士。从此，只剩下少许残屋的青蛇观便越发邪气起来，以至于再也没有人敢去供奉香火。但在几年前，从外地又来了一个须发皆白的老道人，居然将那些残屋休憩后不信邪地入住其中。可能是该道人善会驱邪避灾的法术，住在那里倒也相安无事。而就在半年前，那位老道人外出化缘时领回一个叫觉慧的年轻女道人，说是其当年未出家时失踪多年的女儿总算找到了。令人们称奇的是觉慧有一手作画的绝技，尤其是擅长画蛇，其用妙笔丹青绘出来的蛇简直栩栩如生。恰逢本地老百姓几乎家家虔诚地信奉蛇神，因此有许多人听到消息后络绎不绝地前往青蛇观购买蛇画，包括丁二葵和金虎家的两幅蛇画也是出自于觉慧笔下。
蔡知县为了搞清那些蛇画究竟有什么奥秘之处，就和孙县丞一起去青蛇观查访。果然正如孙县丞所说那样，坐落于深山坳中的青蛇观残破不堪，被大火烧过后焦黑的断墙至今犹存。蔡知县等人刚刚进入院落中时，不禁大吃一惊，只见树枝上、草丛间都爬满了大大小小的蛇。望着陌生的来访者，它们警觉地抬起头吐着血红芯子，发出的咝咝声令人感到不寒而栗。
当听说本地父母官来造访，老道人笑吟吟地迎了出来，并把那些吓人的蛇赶到大门外。双方彼此寒暄了一阵子，蔡知县就径直说明来意，要见一见觉慧和她亲手作的画。老道人稍稍犹豫了片刻，实在不敢违背知县大人的意思，于是唤来了觉慧。
蔡知县上上下下把眼前的女道姑打量了一番，觉得对方虽然眉宇清秀，但闪烁不定的眸子里隐隐透着一丝杀机。当着蔡知县的面，觉慧拿来一卷空白的绢布现场作起画来。时间不长，一幅惟妙惟肖的《飞蛇图》就展现在众人面前，蔡知县和孙县丞禁不住连声称道妙绝。