从大陆的“领袖”沦落为孤岛的头目，蒋氏的心情无疑是酸楚复杂的，因而疑心重重，这就有了“洪门秘卫队”。
1949年春，北平和平解放，整个祖国大陆全面解放的形势已成定局。同年1月21日，蒋介石在南京宣告“引退”下野，把代总统李宗仁推上前台，收拾残局。5月底被蒋经国吹嘘为“东方的斯大林格勒”、可与“马奇诺防线”媲美的上海失守，蒋介石等待第三次世界大战的反攻战略化成泡影。6月21日下午3时半，蒋介石乘“美龄”号飞机黯然逃往台湾，开始了蒋家王朝父子两代在台湾的统治。
蒋介石深知数十年来，之所以能够打败一切政敌，获得后来的权势和地位，完全靠军队与“特工”两件法宝，因此他深深地知道特务工作的无形威力，并不弱于军队的有形力量。在大陆兵败时，真正与共产党顽抗到底的以特务人员居多，这更证明了对蒋家忠诚的是这班人，因而使蒋对特务工作愈加重视。蒋氏父子退台后，便决定在台湾全面展开特务工作。1949年8月20日，蒋介石在台北圆山成立“政治行动委员会”，该机构的基本任务是：统一所有情报工作，并使之充实强化。蒋亲自指定蒋经国、郑介民、毛人凤、叶秀峰、彭孟缉等人为委员。蒋介石在台复“总统”职后，又指令成立“台湾情报工作委员会”，简称“台情会”，彭孟缉任主任委员。该机构负责协调指挥国民党党政军宪特各情报特务机构。此时“政治行动委员会”改为“总统府资料室”，蒋经国兼任主任，并接管了“台情会”，进而掌握了统治各门派情治机构的权力，其中包括由“中统”演变而来的“法务部调查局”和由“军统”演变而来的“国防部情报局”、“军事情报局”。领袖的长子当特务头子，理应高枕无忧了，但到台之后的蒋介石猜疑之心奇重，他甚至不完全信任那些视他为至高无上领袖的“蒋家特务”，于是在1954年间又成立了一支完全由洪门人士组成，不隶属于任何军政编制的秘密特务组织——“洪门秘卫队”。
洪门是中国近代社会中，规模最庞大、组织最健全的一个秘密会社组织。从成立之初一直到民国初年，它一直都是一个“群众组织”，甚至可以说是中国历代农民起义的继承者。但是，随着国民党1949年来到台湾的所谓“洪门主流”，洪门变成了国民党统治台湾人民的助手，并逐步蜕变为“反共爱国阵线”等极右团体。
据了解内情的官邸人士指出，蒋介石这支秘密护卫队成立得相当隐秘，不但一般的军政首长不知情，就连情治单位高层人员，甚至负责蒋介石个人安全的“梅庄警卫室”，对此都知之不多。据透露消息的权威人士说：“在蒋总统去世之前，我们什么都不能说，现在时代不同了，可以说了。”据他讲述：常年驻守在士林官邸后山上的这支秘密护卫队由蒋介石亲命前国防部部长黄杰之弟、在洪门具有双龙头身份的黄震负责，从洪门各山头一共挑选了200名没有家庭拖累、绝对效忠领袖、孔武有力的壮年汉子组成。负责训练的据说是一名退役的傅姓将军。这支秘密护卫队除了一般的体能训练外，另一特色是每人均具有一项过人的江湖异术，包括气功、诈赌、下毒，等等。这群人平日分散民间，就以这些秘术在特权保护下招摇撞骗。据悉，迄今在台北一带仍有由30名洪门师父组成的麻将老千集团，其中有部分人即为当时“洪门秘卫队”的成员。这些秘密护卫都要经过一番长期的辛苦训炼，以诈赌的人而言，为了锻炼牌桌上偷牌的高明指法，据说每天都得花上一小时将手指头浸在调醋的米酒中，以便指头松软灵活。除了这些特别技能的训练外，还有一项必须的政治学习，就是对蒋介石彻底的、毫不保留的效忠。
经过了一年多的训练后，这支200人的“洪门秘卫队”被分为四组，分别驻守在蒋介石的草山、华夏、士林及蒋经国的七海官邸。他们平日分散于民间，每人一把六发左轮手枪，在任务区域内负责巡逻。这群人虽然没有任何正式的编制，平日亦闲散自在，但实际上，每一组50人内，也有一定的建制，即在文武护卫长下，其余48人每3人分为一小组执行任务。知情人透露：以士林官邸而言，负责文事的护卫长叫黄正时，此人精于五行风水密术，尤精阴阳采补之道，深受老蒋宠爱；负责武功的则为一名谢姓人士。据见过他的人说，他的手指头迄今仍因关节肿大不能伸直，就是年轻时练北派鹰爪功练得过火的“历史残余”。在他年轻时，他的指力据说可以拗断一棵手臂粗的小树。
其实按照正式编制，蒋介石的安全保卫系统成员已为数不少，甚至可以说是到了“密不透风”的地步。一位官邸人士指出，在蒋介石时代，设在士林官邸附近的“梅庄警卫室”，一共有两个营的兵力，由宪兵和海、陆、空各军种组成，统一由当时的情报局局长郑介民调度，因此蒋氏安危可说是万无一失的。然而，在这种情况下，蒋仍暗中设置了这支鲜为人知的“洪门秘卫队”，原因究竟何在呢？
其实这一切和当时台湾的严峻形势有关。从20世纪40年代国民党将领纷纷投诚，乃至特务头子戴笠坠机死亡以来，蒋氏对三军乃至“国特”，一直都不怎么放心，尤其在他刚到台湾不久，台湾民间隐秘的反蒋运动相当激烈。1953年1月，国民党军方在台北县汐止鹿窟山区，竟然发现了一个“中共台湾省工作委员会”武装基地——“台湾人民解放军武装保卫队”。中共非常重视从敌人内部瓦解敌人，中共“中央政治局联络部”以及“华东局”分别从各种渠道向台湾渗透。早在1945年台湾光复不久，蔡孝乾领导的“台湾省工作委员会”就于同年12月设立。蔡领导负责组织的陈泽民、负责宣传的洪幼樵和负责武装工作的张志忠。该组织除陈、洪两位原籍福建、广东外，其他成员都是土生土长的台湾人。仓皇逃到台湾的蒋介石获悉后，大为震怒，把国民党“参谋总长”周至柔一顿痛骂。稍后动用了四个师的兵力，镇压了这支为数仅110人的“游击队”。事后审查获悉“台湾省工作委员会”的任务为下列五项：其一是搜集岛内军政情报；其二向动摇的军政人员策反；其三建立地下组织；其四发展党的组织；其五是秘密政治宣传，在台东偏僻山区，建立武装根据地，利用山区的天然条件，发展游击力量。使蒋介石更为震惊的是该组织正要策反国防部参谋次长吴石中将和陈宝仓中将，设法争取陆军阵前起义；其间谍网遍布东南军政长官公署、保安司令部、空军部队。当时形势危急，台湾恰似一个等待爆炸的火药库。为此，国民党的高级将领几乎全面调动。次年6月，蒋介石连任“总统”，陈诚大幅改组内阁后，除了空军“总司令”王叔铭连任外，其余的“参谋总长”，陆、海军“总司令”及其他各部主管，全部撤换，由蒋介石黄埔一期的学生桂永清出任“参谋总长”。桂因心脏病死亡后，蒋介石竟破格提升特务头子彭孟缉执掌“总长”兵符。据一名曾在蒋介石身边当侍卫的段姓人士透露，在这一段军权转移的过程中，“心有余悸”的蒋介石对台湾的局势，乃至于“国军”的军心，都相当不放心，甚至对随侍在侧的“亲兵”也颇有怀疑。另一名侍卫官举例说：蒋介石经常是独自在一个房间里睡，房门口有个侍卫横着打地铺，在侍卫人员和蒋之间还有一条大狼狗，这条狼狗甚是凶猛，只认识蒋和专司管理狗的另一个人，蒋介石在自己枕下放一支手枪，只要侍卫人员在睡梦中稍一翻身，他就会抽出手枪厉声喊道：“什么事？”
晚年的蒋介石，疑神疑鬼，惶惶不可终日，人们也就不难理解他为什么还要建立这么一支特殊的“洪门秘卫队”了。
据了解，在蒋介石死后不久，这支由他本人直接指挥的秘密护卫队，便失去了靠山，于是“树倒猢狲散”，有部分人老死，有部分人不知所终。但另一说法则截然不同，说是在蒋介石死后，这支“洪门秘卫队”并未烟消云散，以士林官邸后山的50人而言，迄今仍有二三十人在该处安家落户，甚至娶妻生子。一名调到士林官邸当差不久的宪兵队长，对此曾大惑不解，就报告上级要求“拆除违建”。而当时住在士林官邸的宋美龄对此并未采纳，反而一笑置之。这支“洪门秘卫队”的存在，虽成员大多年逾七十而毫无用处，但对孤独而寂寞的蒋夫人而言，这里也许寄托着她对往昔蒋家王朝的部分回忆。