"太平天国"在短短几年内就席卷大江南北，定都"天京"，强烈震撼了大清王朝，几乎将其推翻。但如此浩大轰烈的运动，最终仍然失败，当然原因多多，但最根本的还是其自身迅速、严重的腐败。
洪秀全虽然贵为万岁，但只是皇上帝次子，而杨秀清却是皇上帝的代言人，在神权上杨秀清的地位反高于洪秀全。因此，杨秀清常以"天父下凡"的名义斥责洪秀全，洪秀全虽知这是骗局，但也无可奈何，只能假戏真作。
定都天京之后，洪秀全闭在深宫，耽于享乐，荒于政事，杨秀清更是不可一世，屡为无谓小事斥责、羞辱洪秀全，借以树立自己的权威。
1853年12月杨秀清曾以洪秀全虐待宫内女官为由，赶到天王府当众怒斥洪秀全："尔有过错，尔知么？"洪秀全立即下跪回答："小子知错，求天父开恩赦免。"杨继续怒喝："既然知道错，那就要杖责四十。"众人一再替洪求情，杨仍下令杖责，直到洪秀全俯伏在地表示愿意受杖才算罢了。
有一天深夜，杨秀清并无要事却突然造访天王府，因朝门有好几道，又都已经关闭了，洪秀全出来迎候稍微迟了些，杨秀清就以天父之名要怒杖洪秀全，洪只得跪求："求天父恩赦小子迟延之罪！"对天王尚且如此，杨秀清对其他诸王大小官员更是任意打杀。久而久之，形成许多重大战略和政策都由杨秀清决定、一些典章制度也由他改定、大权由杨总揽的局面。
1856年8月，天京外围敌人威胁解除不久，实权在握的东王杨秀清又假托天父下凡，将天王洪秀全召到东王府，逼洪秀全封他为"万岁"，洪只得答应："东王打江山，亦当万岁。"杨又逼问："东世子岂止是千岁？"洪又回答说："东王既然是万岁，世子自然也是万岁，而且世代万岁。"
面对杨的步步紧逼，洪秀全急忙密诏正在江西作战的北王韦昌辉、在丹阳作战的顶天侯秦日纲立即率部回京诛杀杨秀清。九月一日深夜，韦昌辉率精兵三千赶回天京包围东王府，冲入卧室，将熟睡中的杨秀清杀死。而后血洗东王府，将府中其他官员、卫兵、杨的亲属、仆役等无论男女老幼，全部杀尽。杀戒一开便难封刀，韦、秦之部又滥杀无辜，仅九月四日就屠杀已放下武器的杨秀清余部五千人，一个多月下来共杀两万余人，甚至婴幼儿童也未能幸免，天京城内一片恐怖。
正在湖北战场的冀王石达开听说天京内讧急忙赶回，想要制止韦、秦滥杀。但此时韦昌辉已杀红了眼，不但不听规劝，反而要杀石达开。石达开闻讯慌忙逃出天京，结果，韦昌辉将石达开留在天京的家属满门抄斩。逃出天京后，石达开从湖北调回所部四万精兵攻入天京，斩杀韦昌辉、秦日纲。
经过天京事变，石达开成为众望所归、辅佐朝政的理想人物。但经过这场惊心动魄的事变之后，洪秀全对人更加猜忌，只重用洪氏兄弟，处处防备、排挤、打击、限制石达开。石达开忍无可忍，最后率大批精锐部队出走，六年后终在大渡河被清军围歼。