施耐庵人们都认为他是元末明初人，并认为他是中国古代四大名著之一《水浒传》的作者。但学术界对施耐庵是否为水浒传的作者，存在着疑问。
水浒传是根据以往长期流传的宋江起义的民间故事，在说书人的“水浒故事”话本和元朝的水浒传杂剧的基础上，进行再创造完成的。这个流传加工过程中出现的很多作品，并没有作者名字。后世对施耐庵是否为水浒传作者的怀疑正是来源于此。
有人认为施耐庵并没有写过水浒传一书，水浒传的作者应该是罗贯中。罗贯中与施耐庵是同一时代的人，也是一个大作家。罗贯中所作的三遂平妖传里，21篇赞词中有13篇直接被插人到了水浒传中，这足以说明水浒传也是由罗贯中所作。
也有人认为水浒传是施耐庵和罗贯中合作共同写出的。他们查证说在《忠义水浒传一百卷》上题有“施耐庵撰，罗贯中编次”。此外，在天都外臣作序的水浒传上也有“施耐庵集传，罗贯中撰修”的题名。这两个版本，一个是水浒传的祖本，一个是如今能见到的最早的水浒传的版本，有很高的权威性。
但是有人对水浒传的问世时间进行考证后指出，现在可能见到的最早谈到水浒传的文献出现在嘉靖年间，此时距离明朝灭亡已经有100多年了。所以水浒传不会产生在元末明初。
此外在水浒传中提到了很多明朝的建制，而根据可见的史料记载，施耐庵是元末明初人，又怎么可能写出明朝的建制由此，他们判断说施耐庵并没有写作水浒传，并提出水浒传真正的作者应该是郭勋，郭勋的百回本水浒传应该是《水浒传》的最早版本。
接着又有人对施耐庵的真伪问题提出了质疑。有考证说，明朝嘉靖时，还没有公开在小说卷首上写上作者真实姓名的惯例，那么，水浒传上署的“施耐庵”也就可能并不是作者的真实姓名，很可能是为了逃避文字狱而伪造的名字。
看来，施耐庵是否写成了水浒传这部作品，还有很多疑点。“施耐庵”仅仅流传下自己的作品，本人却被埋没了，这也许是时代原因，关于水浒传的真正作者是谁，我们不必过于探究，该探究的应该是这部作品内在的文学价值。