到90年代初修复孝陵时，“宁做减法、不做加法”的修缮理念已经在尹庆林的思维里根深蒂固。1993年，国家文物局的专家来孝陵进行工程验收，看到明楼地杖上有一处彩画空缺，便让尹庆林解释。“我回答说因为确定不了原来的彩画是哪种，所以没敢乱画，等以后找到资料再补画上去，结果到现在，那个地方还是空缺的”。尹庆林说。
定陵修缮还带来另一个理念上的变化。尹庆林回忆说，定陵修复完成后最初曾被游客误以为是新修的建筑，这给了他很大触动。“我们在文物修缮上讲究的是天衣无缝，修得要跟过去一点差别没有，而国外在文物修缮方面讲究可读性，要能很明显地看出来，哪个是先天的、哪个是后天修补过的。”因此，在修缮孝陵的时候，尹庆林开始注重“可读性”的表达。“当时，孝陵大殿有四根柱子，其中有三根柱子保存还比较好，但另外一根柱子已经腐烂变形，必须更换。我们把它换掉之后，又重新做了地杖和彩画，一眼就能看出来它是重新修补过的。而其他三根柱子上的彩画虽然已经褪色，不再鲜艳，但仍然按照原样保存下来。”
当然，修复过程中也留下了不少遗憾。尹庆林回忆说，当时很多建筑修复需要用到金箔，可没有金箔指标，只能用钛金粉代替，“刷了钛金粉的描金柱，光线好的时候还金光闪闪的，光线一暗就不行了”。孝陵西配殿修缮时，地砖有不少残损，市面上也买不到同样的砖，本想暂时搁置，日后修补，可是来验收参观的一位领导硬是要求赶快修补好，“最后只好按领导的意思抹上了水泥，现在还能看出来，始终是格格不入的”。
十几年的摸索修复对清东陵的保存起到至关重要的作用，但更多只是集中在文物建筑单体的抢救性修复上，对陵区的周边环境并没有太多关注，直到1997年左右，清东陵的保护进入一个新阶段，开始有了环境治理和整体保护的概念。
“清东陵的保护范围是80公里，清朝灭亡之后，陵区也就无人管理了，越来越多的外来难民逐渐在这里聚集起来，开荒种地，形成村落。很多老百姓的房子就修在中轴线主神路的两边，陵区内还有诸如汽车站、乡政府、派出所等很多现代的建筑，电线杆、高压线也到处都是，整个环境杂乱极了。”王兆华告诉本刊记者。1996年，清东陵准备申报世界文化遗产，这成为治理清东陵周边环境的契机。
环境治理的首要工作是拆迁。“清东陵神路长15公里，不管是老百姓的住房，还是乡政府、汽车站等政府单位，只要建在神路两旁，都要全部拆掉，有的村子离神路太近，还实行了整体搬迁，那两年时间拆掉了1万多平方米的房子，平了1000多座坟头，光补偿款就发放了6000多万元。”王兆华说。房子拆完以后，周围的高压电线也从地上改到了地下，还新栽了几万株树，力图恢复保护区内的植被。到2000年，陵区环境治理基本完成，此后，山川、树木等共生的环境与清东陵的文物建筑本体共同成为保护对象。