1349年，黑死病在西欧流行一年，造成30%～50%的人口死亡。商人在这种疾病的传播中起到了重要作用，因为他们在黑海周围的港口受到了鞑靼族人的传染。威尼斯和米兰首次阻止来自疫区的船只进入他们的港口。拉古萨共和国（the Republic of Ragusa）规定，疑似被感染的旅行者将会被隔离40天。英文“隔离”一词就源出拉丁语和意大利语中的“四十”。到19世纪，各国都在港口和边界设立了形式各异的检疫控制系统。
19世纪，各国开始进行传染病防治合作，考虑制定国际规则。但这并非完全出于卫生需求——英国是全球机制的最积极推动者，其动机是：将近3/4穿梭于欧亚之间的船只都属于英国，各国各自为阵的检疫隔离破坏了国际贸易的顺畅进行。1903年制定的《国际卫生公约》的主要目的就是在阻止疾病从发展中国家蔓延到工业化国家的同时，协调不同的隔离措施，确保工业化国家的海上利益免遭损失。
在此之后，《国际卫生条例》几番修改，但都强调避免对国际交通和贸易的不必要干扰。从全球治理的角度来看，其背后的博弈是：如果不对各国的检疫隔离设置限制，那么为避免经济损失，疫情国家天然具有隐瞒信息的动力。20世纪《国际卫生条例》的一个永恒争议是：各国是否有权采取比条例规定更严格的措施？在2005年版新条例的谈判过程中，各国达成的共识是：它们可以采取更严格的措施，但需要和WHO的官员进行商讨。也就是说，国家的立法主权还是占了上风。
WHO作为疫情严重性的评估者，被推到了风口浪尖上。最初，一些专家批评WHO对疫情的反应不够迅速，没有给予足够的重视，错失了防控良机。但令人没有想到的是，H1N1这种新流感与过去的流感不同，虽然它的流行范围更广，但被证明绝大多数人的症状都比较轻，治疗有效，死亡率低。各国又因此怀疑WHO反应过度，影响了世界经济复苏。
到2010年1月，曾经为6000万国民都预订了H1N1疫苗注射的法国，仅仅接种了500万，迫切希望能够取消5000万支的预定，并能将剩下的几百万份额转卖其他国家。荷兰需要出售1900万支疫苗。德国同药品制造商进行谈判，希望它们能接受自己的5000万支疫苗，瑞典、西班牙和英国也面临一样的情况。美国已经将到手的2.51亿支疫苗中的1.6亿支分配到了私人医生、医院等一些医保机构，它仍然可能面对疫苗的大量积压。各国政府为疫苗的生产投入了数以十亿计的资金，仅仅是法国就投入了12.5亿。人们开始思考：到底谁应该来为这些资金的投入负责？
由47个成员国组成的欧洲理事会（Council of Europe）召开了听证会。理事会质问专业人士，WHO是否有权力宣布“大流行病”。他们认为，这一决定在全球造成了180亿美元的经济损失。他们甚至怀疑，制药企业对WHO的流感预警产生了影响。WHO官员福田敬二否认这种指控。他坚称，WHO的决定是基于科学证据。
WHO的尴尬显示了传染病全球应急的另一根深蒂固的矛盾：传染病的爆发需要全球体系做出快速反应，但这种反应往往基于对疾病的十分有限的认知，对于新型传染病和那些不断变异中的病毒来说尤其如此。“我们有线索，许多线索，但可靠的结论却很少。”陈冯富珍后来说，“宣布流感大流行的决定是一种责任，一种义务。”
埃博拉警报