真正改变马六甲贸易地位的是荷兰人的出现。1595年，荷兰人的第一支远征舰队开往印度群岛。当时马六甲海峡在军事上全部被葡萄牙人控制，荷兰人另辟蹊径地利用南北半球“咆哮西风带”的西风，通过巽他海峡，进入东印度群岛，将巽他海峡旁边的巴达维亚（即今天雅加达）作为他们继续进攻东方的前哨基地，在那里建立了荷兰东印度公司的总部。以今天的眼光看来，巽他海峡是个浅而窄的海峡。海峡附近的火山活动改变了海底地形，使得水深变浅，海底崎岖不平，阻碍了20万吨以上轮船顺利通行，大部分船只仍然不得不走马六甲海峡。“在风帆时代，这样的航线是十分聪明的。不像蒸汽时代，船只不需要紧贴着海岸线航行来补充燃料。那时候没有苏伊士运河，通过非洲好望角之后，船只可以径直穿过印度洋。并且那时候的船再大，和今天比也很小。”伯士伯格教授说。
荷兰人打破了马六甲海峡政局的平衡，因为无论柔佛还是亚齐，都把荷兰看成了可以结盟的力量。在巴达维亚站稳脚跟之后，荷兰人开始想办法抑制以马六甲为中心的葡萄牙人贸易的发展：1602年，它先是以强大的舰队封锁马六甲海峡的南部海域，截击葡萄牙人的商船，把望加锡、万丹、爪哇、北大年等东部市场置于自己的控制之下。接着它与葡萄牙人的宿敌柔佛建立联盟，共同反对葡萄牙人，从陆上侧翼威胁马六甲。17世纪30年代开始，荷兰人对葡萄牙人发动了第二轮进攻。它从海峡的西北海口阻击葡萄牙人来自印度方面的增援，打击葡萄牙人的贸易活动，争取对孟加拉湾海权及与印度纺织品贸易的控制。到了1639年，荷兰人和亚齐人共同封锁马六甲海峡，拦截葡萄牙的救援船只。当年葡萄牙人是从西向东蔓延而来，荷兰人则是从东向西席卷而去。1640年，荷兰人联合柔佛军队对马六甲进行围城。1641年1月14日，葡萄牙总督向荷兰投降，结束了对马六甲130年的统治。
在殖民者中，荷兰人对马六甲统治时间最久，从1641到1824年，达到183年之久。遗憾的是，因为最开始没能占据马六甲，荷兰人已经把经营港口的重心放在了巴达维亚，马六甲只是众海港中普通一员。“他们强迫商人们要去巴达维亚来做交易，如果你要去马六甲他们就把你赶过去。马六甲只是一个货品收集地，在那里集中当地的土产。它也用于保护海峡通过的船只。”伯士伯格这样说。1824年，英国人与荷兰人签订了《英荷条约》，英国人用苏门答腊岛的明古连交换，从荷兰人手中获得了马六甲，它与英国之前占据的槟榔屿和新加坡一起构成了英国的“海峡殖民地”。不过对于英国人来讲，之前有了槟榔屿和新加坡来控制马六甲海峡的进出通道，已经掌控了东南亚的贸易，对马六甲便放松了经营。马六甲当地作家赛基·贾丁在他的书《马六甲风情》里痛心地写道：“槟榔屿和新加坡，就像是在马六甲的棺材上又加了两颗钉子。”当上世纪20年代初，英国人萨姆塞特·毛姆来到这座城市，他已经强烈地感受到那种繁华不再的景象。他在游记里写：“这座古城充满着怀旧的忧伤，这种忧伤存在于所有昔日重要的城市中，而如今，它们只能生活在对逝去荣耀的追忆中。”
如果殖民者没有来，那么之后马六甲的命运会怎样？我和一位本地文化记者站在圣保罗山的山顶，俯瞰这座城市。我们的身后是一座教堂的遗址——那里在葡萄牙人时代是天主教堂，荷兰人时代是基督教堂，英国人来了之后被改成一座军火库，是个浓缩了400年殖民史的地方。而从山顶极目远眺，可以看见马六甲河对岸的民居，它们都是典型的荷兰连栋街屋，有着“铁剪刀”这样的连接物。殖民者深刻地改变了马六甲的样貌，要知道他们来到之前，那些民居都是覆盖着棕榈叶屋顶木头房屋。这位记者说，马六甲三角洲泥沙淤积，慢慢也就不适合做港口了，这在英国人统治期间就有发觉。“所以作为马六甲人，虽然也会为这座城市几经易手而错失发展机会的历史而唏嘘感慨，却也感到这是一种必然。也许马六甲就是注定某个时期才能够做贸易中心，之后仍然会别的港口所被取代。”
新加坡的“发现”与崛起