1934年10月9日，亚历山大在巴黎被巴尔干臭名昭著的激进主义团体“马其顿内部革命组织”派出的刺客暗杀，由11岁的王储彼得二世继位，亚历山大的堂弟保罗亲王任摄政。保罗企图以给予克罗地亚人更大的自治权来防止内部矛盾激化，但他首先需要应付的是外部压力：1941年3月，希特勒和墨索里尼对贝尔格莱德下达最后通牒，要求南斯拉夫加入轴心国集团，并为德、意军队入侵希腊提供方便。在保罗亲王同意轴心国的要求之后，前陆军总参谋长杜尚·西莫维奇发动了一次政变，将这位亲王软禁起来，扶植保罗二世加冕。10天之后，从罗马尼亚起飞的德国轰炸机遮蔽了贝尔格莱德的天空，轴心国对南斯拉夫的入侵开始了。
面对占据绝对优势的德、意军队，忠于西莫维奇的南斯拉夫正规军仅仅抵抗了11天时间。18岁的彼得二世国王带着少数支持者逃到伦敦，在克拉利奇饭店建立了流亡政府。而在沦陷区，克罗地亚极端民族主义者不出意外地组建了傀儡政权“克罗地亚独立国”，以意大利国王的堂侄斯波莱托公爵为国王，实际统治者则是克罗地亚法西斯运动“乌斯塔沙”（Usta～a）的领袖帕韦利奇。至于科索沃，它的主体部分被划给了意大利，和已经被墨索里尼占领的阿尔巴尼亚合成一体，边缘部分则由德国和保加利亚瓜分。
对定居在科索沃地区已有250年之久的阿尔巴尼亚族人来说，与意属阿尔巴尼亚合并恰恰是相对理想的结果——在大塞尔维亚主义者横行于政坛的30年代，信奉伊斯兰教的阿族公民被视为劣等人，遭受了强制迁徙和流放的命运。1935和1938年，南斯拉夫王国政府两次与土耳其签署协议，将科索沃地区的24万阿族人驱逐到土耳其，这一数量占当地阿族总人口的50%以上。轴心国入侵后，剩余的阿族公民不仅争相驱逐新迁入的塞族拓荒者，甚至加入德国武装党卫军、对南斯拉夫游击队作战。在1944年冬季南斯拉夫人民军对科索沃和马其顿的攻势中，阿族武装分子与德军并肩作战，抵抗极为顽强。人民军集中逮捕和处决了数千名当地人，才将对手镇压下去。如何应对科索沃阿族人的离心倾向，将成为考验新国家领导人铁托的大问题。
科索沃自治省
在约瑟夫·铁托（Josip Broz Tito）这个克罗地亚人看来，少数民族的离心倾向并不会从根本上动摇南斯拉夫国家的基础，它的实际危害远不及大塞尔维亚主义来得严重。正是塞尔维亚沙文主义者蛮横的压迫政策导致了克族和阿族在战时的通敌;而忠于王室的塞族武装“祖国军”出于对少数民族游击队的敌视，竟不惜与德国占领军乃至“乌斯塔沙”合作，沦为历史笑柄。有鉴于此，在对克族和阿族通敌分子加以惩戒的同时，他希望新国家能返回到1917年《科孚岛协议》时的初衷，完整、平等地反映每一民族的政治和社会诉求。
1945年11月29日，经普选产生的新南斯拉夫国会在贝尔格莱德召开第一次会议，宣布废除君主政体，在民主制和联邦制基础上建立一个新国家——南斯拉夫联邦人民共和国（以下简称南联邦）。1946年1月31日，以1936年苏联宪法为蓝本的南联邦宪法获得通过，它将全国领土划分为塞尔维亚、克罗地亚、斯洛文尼亚、波斯尼亚-黑塞哥维那、黑山和马其顿六个人民共和国，各共和国政府隶属而不是平行于中央政府。在塞尔维亚共和国境内设置有两个由非斯拉夫民族构成的独立自治区，其一为西南部的科索沃自治省，其73%的居民是阿尔巴尼亚族，18%为塞尔维亚族，另有一小部分吉卜赛人和土耳其人，绝大多数居民信奉伊斯兰教;其二为北部的伏伊伏丁那自治省，有50万马扎尔族和少量罗马尼亚族、斯洛伐克族定居，各少数民族在国会皆有代表。
若从经典联邦主义的角度看，南斯拉夫宪法规定的体制尚不能算是真正的联邦制，只是一种中央对地方部分放权的尝试。自治省的权力也参差不齐：伏伊伏丁那有自己的最高法院和立法机构，而科索沃既没有最高法院，也不设人民议会，只有一个负责执行中央决议的执行委员会。但它毕竟在历史上第一次承认了南斯拉夫各主要民族之间的平等性，并对流毒甚巨的大塞尔维亚主义进行了抵制，因此获得了大部分民族的支持。铁托相信：随着经济面貌的进一步改善，曾经摧毁上一个南斯拉夫国家的民族离心倾向将被根本性地消弭掉。
需要指出的是，到铁托病逝时的1980年为止，科索沃地区的阿族公民尽管依旧存在一定政治异见，但并非针对南联邦国家本身，而是希望在联邦架构内获取更大的话语权。1967年，一批阿尔巴尼亚族知识分子发起了争取科索沃省脱离塞尔维亚、升格为南联邦第七个共和国的运动，他们质问：“为什么37万的黑山人可以有自己的共和国，而120万阿族人连完整的自治权都没有？”当年9月，科索沃全省各地爆发了大游行，遭到塞尔维亚共和国政府的镇压，许多阿族人被逮捕判刑。铁托本来已经同意将科索沃升格为共和国，但在塞尔维亚共和国的强烈反对下最终作罢。不过经过此次冲击，科索沃省的自治权得到了扩大，建立了省最高法院和人民议会，实现了与伏伊伏丁那省同等的自治权限。1974年南联邦第三次修改宪法后，更是规定阿尔巴尼亚语在科索沃与塞尔维亚语同列为官方语言，阿族有权使用自己的民族标志（如山鹰旗），而不必受警察的盘问。