1989年5月8日，在贝尔格莱德百万人游行的支持下，米洛舍维奇当选为塞尔维亚共和国主席团主席（总统）。当年6月28日，他在纪念科索沃战役600周年的集会上公然鼓吹“大塞尔维亚精神”的复兴，并预言将会发生武装冲突。不久，他便公然违反1974年联邦宪法和塞尔维亚宪法，取消了科索沃、伏伊伏丁那两个自治省的半独立地位。科索沃阿族公民随后举行了总罢工，米洛舍维奇宣布在全省实施紧急状态，并逮捕科索沃共盟省委主席阿泽姆·符拉西和自治省政府主席优素福·泽伊努拉胡，从组织上摧毁了科索沃的共产主义联盟以及行政和立法机构。当年2月，南斯拉夫《信使报》刊出了1941年参加革命的老战士穆罕默德·苏巴希奇的公开信，信中抗议道：“斯洛博丹·米洛舍维奇：你推行的政策正在危险地毒害各族人民的关系，已经把国家推到了内战边缘。你推行的是分裂党、搞宗派活动的政策，是反铁托的政策，是反革命的政策。斯洛博丹·米洛舍维奇，以革命的名义，你下台吧！”
但时势似乎正站在米洛舍维奇那一边。从1989年起，政治剧变的浪潮席卷了整个苏东阵营。1990年1月召开的南共盟“十四大”上，塞尔维亚共盟代表团企图仰仗人口优势，推行一人一票的议会普选制度，遭到克罗地亚和斯洛文尼亚代表团的反对。1月22日，后两个代表团自行退场，南共盟自此陷入瘫痪状态。此后各加盟共和国自行演化出一系列社会民主党派，形成了事实上的多党制转型。而在科索沃，米洛舍维奇正进一步强推“塞尔维亚化”的政策，规定阿族学校一律使用塞语教科书，对在政府机构，尤其是学校、研究所、作协和新闻机构中工作的阿族人进行清洗，解雇了12.3万人，同时还取消了科索沃向南联邦主席团派遣代表的资格。
1990年1月29日，科索沃阿族爆发了抗议米洛舍维奇违宪的总罢工，两天后被军队镇压下去。此后不久，克罗地亚共和国境内的塞族居民发动游行，要求将其聚居区并入塞尔维亚，并请求联邦政府向克罗地亚派兵。新当选的克罗地亚总统图季曼和斯洛文尼亚总统库昌立即窥见了其中的玄机：塞尔维亚共和国将以各地塞族居民受到迫害为由，挟持已成僵尸的联邦主席团，出动联邦人民军入侵其他几个共和国，最终将其觊觎的领土直接并入塞尔维亚。由于人民军的大部分军官和一线部队皆由塞族人组成，克罗地亚和斯洛文尼亚要寻求自卫，就必须彻底脱离联邦，组建独立的国防军。
沃伦·克里斯托弗（右二）在美国俄亥俄州代顿市草签《波黑和平框架协议》
1975年夏，除阿尔巴尼亚和安道尔之外的其他33个欧洲国家的元首与美国、加拿大领导人在芬兰赫尔辛基召开欧洲安全与合作会议，会议结束时共同签署了《赫尔辛基最后协议》。这份协议确定了各国在今后应当遵守的10条基本原则，其中第三条是“现有边界不可改变”。因此，尽管斯洛文尼亚和克罗地亚脱离联邦是1974年南斯拉夫宪法规定的权利，但英法等大国担心分离主义浪潮会蔓延到本国境内的北爱尔兰和科西嘉，竭力主张根据《赫尔辛基协议》的精神，继续在南联邦框架内实施调解。1991年1月和3月，联邦主席团两次否决了塞尔维亚提出的向斯、克两国派兵以及全国进入战时状态的动议。但克罗地亚境内克拉伊纳地区（Krajina）的塞族人已经宣布“独立建国”，米洛舍维奇更是强行中止了克罗地亚代表梅西奇接任联邦主席团主席的程序（按宪法规定轮替），使南联邦中央机构陷入了瘫痪。1991年6月25日，克罗地亚和斯洛文尼亚两国一致宣布援引1974年宪法中的脱盟条款，实现完全独立，南联邦的土崩瓦解就此开始。
来自境外的裁断